猶太人定居點
曆來是巴以爭端中十分棘手的問題，是巴以和平進程中的主要障礙之一。它不但涉及土地、水資源以及主權和安全等問題，還涉及以社會團結和安定等敏感因素。根據巴勒斯坦的一貫要求，以必須歸還1967年戰爭期間占領的全部土地，必須拆除全部定居點。以色列在1967年中東戰爭中占領了約旦河西岸和加沙地帶的大片土地後，開始在此修建定居點。此後，以曆屆政府都奉行在巴被占領土上擴建猶太人定居點的政策，並通過征用、封鎖巴勒斯坦人土地等各種手段使定居點的建設不斷擴大，以期改變被占領土區域的人口結構。經過以政府長期努力，定居點建設得到前所未有的發展。即便在1993年奧斯陸協議簽署後，定居點的擴建也沒有停止，甚至在一定的程度上得到加強。定居點的數目也由1967年的3個增加到現在的150個，其中約60個是沙龍2001年上台後新建的，定居者人數約有22萬。目前，以定居點主要集中在加沙地帶、約旦河西岸綠線附近、約旦河穀、西岸南部的希伯倫山區以及東耶路撒冷。根據巴以1993年簽署的奧斯陸協議，定居點擴建隻能在人口“自然增長”的基礎上進行。但以政府在現有定居點仍有很多空房的情況下又新建一些新的定居點，遭到巴勒斯坦方麵的強烈反對。以政府也曾拆除過一些無人居住的非法定居點。這些建築都是定居者未經許可私自修建的，象征性地表明定居者對這一處土地的占有。以政府對具有戰略意義的地帶如戈蘭高地和約旦河穀等地的定居者仍優惠有加。根據中東和平“路線圖”計劃，停建猶太人定居點、拆除2001年3月後建立的所有定居點是以方履行該計劃的第一步。
修建隔離牆
隔離牆是以色列計劃修建的一條用來阻止巴勒斯坦人員從約旦河西岸進入以色列的隔離設施。為了防範巴激進分子的襲擊，以色列內閣2002年6月正式批準在以色列和約旦河西岸巴勒斯坦自治區之間建立安全隔離牆計劃。根據計劃，以色列大致沿著1967年以巴之間的綠線從南到北修建總長350千米的隔離牆，將以色列本土與約旦河西岸地區隔離開來。根據沙龍批準的計劃，隔離牆大部分地段將向綠線以東拓展，一部分巴勒斯坦自治的地區也將被圈進隔離牆內，這勢必造成以色列對巴控地區的新的占領。此外，隔離牆一旦全部建成還將把西岸和巴勒斯坦人視為未來巴勒斯坦國首都的東耶路撒冷隔離開來，這意味著以色列對耶路撒冷的控製將得到強化，拒不歸還耶路撒冷的立場有可能更加強硬。從更長遠來說，在巴以最終地位談判中，以方甚至可能把隔離牆作為一道所謂的巴以邊界強迫巴勒斯坦人接受。以政府決定修建隔離牆的計劃得到絕大多數以色列民眾的支持。以色列各大黨派也都持支持態度。但以色列修建隔離牆的計劃出籠後立即遭到巴勒斯坦方麵的強烈反對，也遭到國際社會的普遍譴責。
洛克比空難案
1988年12月21日，美國泛美航空公司103航班的波音747客機從倫敦希思羅機場飛往紐約，起飛不久便在蘇格蘭洛克比上空爆炸，造成270人喪生。1990年秋天，由美英兩國情報機構組成的調查組宣稱獲得一名利比亞特工人員的日記，認定兩名利比亞人製造了洛克比空難。1991年11月，美英兩國發表聯合聲明，要求利比亞交出凶手。隨後，利比亞拘留了兩名嫌疑犯，但拒絕把他們交給美英兩國。1992年1月，安理會通過731號決議，要求利比亞“立即”配合洛克比空難案的國際調查。3月，安理會通過748號決議，要求利比亞必須在4月15日前交出涉嫌製造1988年和1989年兩起民航客機爆炸案的人員，否則將切斷利比亞同外界的空中往來，並對利比亞實行航空和武器禁運和降低外交規格等製裁措施。4月15日，聯合國秘書長加利宣布，聯合國開始對利比亞實行製裁。1993年11月，聯合國安理會通過883號決議，決定對利比亞采取新的製裁措施，以迫使它交出兩名嫌疑犯。決定凍結其資產並禁止向利比亞出口某些石油設備。1999年3月，利比亞領導人卡紮菲宣布，利比亞接受美英兩國做出的有關保證，並決定最晚在4月6日前將兩名涉嫌製造洛克比空難案的利比亞人移交給設在荷蘭海牙的蘇格蘭法庭受審。4月5日，兩名涉嫌製造洛克比空難案的利比亞人被移交給聯合國代表，並前往設在荷蘭海牙的蘇格蘭法庭受審。同日，聯合國安理會宣布暫停對利比亞的製裁。2000年5月3日，設在荷蘭的蘇格蘭法庭正式開始審理洛克比空難案。2001年1月31日，審理洛克比空難案的3名主審法官做出裁決，宣判兩名犯罪嫌疑人中的一人有罪，另一人無罪當庭釋放。2003年8月，利比亞和美英達成協議，利比亞承認在泛美航空公司空難事件中的責任，譴責恐怖主義，並同意在製裁取消後分批為洛克比空難遇難者親屬支付27億美元的賠償金。9月12日，聯合國安理會通過決議，決定解除聯合國對利比亞實施的製裁。11月24日，英國蘇格蘭高等法院宣布，利比亞情報人員梅格拉希因參加製造洛克比空難被判處27年徒刑。