在空中通航方麵，1989年起，兩岸民航業界陸續開辦了“一票到底”“行李直掛”等合作業務。2003年起，兩岸空中通航不斷取得突破，從台灣航空公司單方執行“春節包機”到兩岸航空公司雙向、對飛執行“春節包機”，從航機須經停港澳到隻須繞經香港飛行情報區，從“春節包機”到“節日包機”。
在通商方麵，據商務部統計，從1989年到2006年的17年間，台商投資大陸累計金額增加了140多倍。台商不斷深耕大陸市場，兩岸經貿依存度不斷提升，截至2008年4月底，兩岸間接貿易總額累計已逾7500億美元。大陸連續多年穩居台灣最大出口市場和貿易順差來源地。同期，大陸累計批準台資項目超過7.6萬個，實際使用台資逾464億美元[5]。
多年來，盡管兩岸實現了較大規模的通商，實現了局部通航，但卻一直受到重重限製，無法實現基本的或正常的直接、雙向“三通”，空中通航是有限的“節日包機”，海上通航是間接的，通郵是間接的，通商是受限製的，投資是單向的。
2008年3月，台灣局勢發生積極變化，兩岸關係迎來難得曆史機遇。兩岸經貿協商取得重大突破，直接“三通”基本實現。
國民黨重新執政後，兩岸形勢出現重大變化，中斷近十年的海協會與海基會商談得以恢複，並先後在北京與台北舉行了兩次“會長級會談”。
6月在北京進行的兩會商談中，雙方達成兩項重要經濟協議：一是海峽兩岸達成周末包機協議，使得兩岸空中通航由過去的“節日包機”變為“周末包機”；二是雙方達成《大陸居民赴台灣地區旅遊協議》，大陸居民得以正式赴台旅遊。海峽兩岸將就大陸居民赴台旅遊問題繼續進行協商，以促進大陸居民赴台旅遊，帶動台灣經濟增長。
11月初，海協會會長陳雲林率團訪問台北，在台北舉行了一年之內的第二次“陳江會”，實現了兩岸關係發展的曆史性跨越，尤其是兩會簽署了《海峽兩岸空運協議》、《海峽兩岸海運協議》、《海峽兩岸郵政協議》等經濟協議，讓海峽兩岸基本上實現了直接通郵與通航，也就實現了某種程度的直接通商，兩岸經貿關係正常化向前邁出了重要一步。
在海運直航方麵，已經實施境外航運中心運輸、兩岸貨櫃運輸、砂石運輸的權宜輪，均可按協議從事兩岸直接航運運輸；直航港口大陸總計開放63個港口或港區，台灣開放11個港口（包括“小三通”的5個港口）；雙方互免營業稅與所得稅。這一協議讓間接運行近三十年的海峽兩岸海上運輸從此實現直航，將促進兩岸海運業的發展。
在兩岸空運協議方麵，客運包機從年初實現的周末包機到平日包機，實現客運包機常態化；航班由每周36個航班擴大到108個航班，未來則根據市場需求適時增減航班；客運包機航點台灣增加到8個，大陸由5個增加到21個。同時該協議就台灣方麵非常關心的貨運包機做出安排，即雙方同意各自指定二至三家航空公司經營兩岸貨運包機，運載兩岸貨物；台灣貨運包機航點為桃園機場與高雄港機場，大陸為上海浦東機場與廣州機場；雙方每月共有60個往返航班，雙方各占一半。其中的一個重要突破是，新航線的確定，既避開了台灣方麵的軍事禁區，在“截彎取直”的目標下也不必經過第三方航空識別區，從而無須向國際民航組織登記為國際航線，也在兩岸特殊的政治現實下確定為“兩岸特殊航線”。12月15日，隨著兩岸空運直航和每日包機的啟動，台灣媒體早就提出的“兩岸一日生活圈”概念將成為實實在在的生活圖景。並將於2009年6月改包機為定期班機，實現全麵直航。從此，“兩岸千裏一日還”，海峽天塹成為通途，人們輾轉周折往返兩岸終成曆史。兩岸直接“三通”的實現，對兩岸經貿合作與兩岸關係的發展影響深遠。