特別行政區製度是隨著香港、澳門主權的收回而專門設立的製度，是對中華人民共和國政治製度、國家結構形式的創新，這種創新預示了目前仍然保持著穩定狀態的國家結構形式發生變化和調整的可能性。這種變化和調整可能發生在兩個方向：其一當特別行政區製度的適用範圍越來越大，如與台灣實現統一以後，由於特別行政區在整個國家中所占的比重變得足夠大，因此特別行政區是否仍然能滿足於僅僅充當具有高度自治權的“飛地”，而不試圖謀求在整個國家政治中的發言權和影響力，即當特別行政區製度進一步發展下去的時候，是否存在中央政府與特別行政區政府之間實行聯邦製的可能性？如果特別行政區能夠實際地在國家政治中發揮更大的作用和影響，那麼中央地方關係的基本格局就必然會發生變化。其二是特別行政區製度是否會擴大其適用範圍，不僅僅適用於那些實際獨立存在於中央政府實際控製範圍外的地區，對那些目前雖然處於中央政府實際控製之下，但由於其具有高度的特殊性，且在現有的中央地方關係格局中很難進行妥善安排的地區也實行類似的製度？比如某些民族自治地方和經濟發展具有特別意義的地方。如果在目前的一般地方和民族自治地方也實行類似特別行政區的製度，那麼目前仍然保持著長期穩定的地方政府體製就必然會發生重大的變化。
五、村民自治製度對農村基層政府的影響
村民自治是指生活在農村的農民通過自治的方式實現自我管理的製度。村民自治是在人民公社體製瓦解以後，在農民實行了聯產承包責任製因而具有一定程度的生產自主權的情況下，為組織農民和管理農民而建立的、銜接國家政權與個體農民聯係渠道的製度。由於農民的基本社會存在狀態仍然是個體性的，在人民公社瓦解以後，原先國家政權賴以統製農村和農民的基本政治組織不複存在，因此僅僅依靠在人民公社體製基礎上建立的鄉鎮政權是遠遠不能滿足國家政權對個體農民的治理需要的，建立能夠組織和管理個體農民的自治組織是合乎國家利益的選擇，村民自治既能有效地協助國家政權實現其統治職能，同時也有助於農村自治和民主建設的發展。村民自治製度是在國家政權的推動下逐步建立和發展的。從一定的意義上說，村民自治製度是為適應人民公社解體以後，鄉鎮政府無法填補生產隊組織消失以後的農村基層社會的空白而建立的製度，其基本的製度動機是更好地實現國家政權對農村和農民的管理。
盡管村民自治製度的基本製度動機是更有效地實現國家政權的統治目標，但由於村民自治製度的實行本身賦予了農民對農村事務以一定的參與權，因此村民自治製度也具有影響鄉鎮政府行為的意義和作用。最主要的表現是：由於鄉鎮政府是最基層的政府，其所擔負的廣泛的管理農村和農民的職責，在很多情況下是超出了本身所具有的機構和資源的限度的，必須依靠村民組織的協助和支持。因此，在村民真實參與的條件下所產生的村民自治組織能否與鄉鎮政府形成協調一致的、共同對中央政府和上級政府負責的局麵，成為鄉鎮政府能否實現其職能的關鍵。因此，在有意義的村民自治的條件下，以前僅僅單方麵體現中央政府和上級政府政策意圖的鄉鎮政府，必須在其政策和行政過程中融合農民的利益和要求，鄉鎮政府所處的這種中介地位，在一定程度上修正和打破了傳統的基層政府與社會成員的關係模式。