在西柏坡期間，周恩來審閱修改了《關於新的政治協商會議諸問題的協議》、《新政治協商會議籌備會組織條例（草案）》、《參加新政協籌備會各單位民主人士候選人名單》、《中華人民共和國政府組織大綱（草案）》、《中國人民民主革命綱領（草案）》等重要文件，積極籌劃著建立一個共產黨領導下的多黨合作的民主的新型國家政權。
周恩來對政治協商會議性質、職權及與國家政權的關係的主要思考是：第一，就政協會議的組織結構來說，它不僅是一種會議，並且要設有執行機構和日常辦事機構。所以政協組織法草案中規定有中國人民政協全體會議；全體會議閉幕時，設立全國委員會，全國委員會要選出常務委員會主持日常工作。第二，全國政協代行全國人大職權的範圍包括：製定具有臨時憲法性質的新民主主義綱領；製定中央人民政府組織法；選舉中央人民政府委員會，並付之以行使國家權力的職權。第三，就政協與國家政權機構的關係來說，“它的全體會議在選出全國委員會後，它和國家政權機構就無直接關係。全國委員會是革命統一戰線的組織，不是國家政權的最高組織。它還要保證執行中國人民政協全體會議的決議及其自身的決議，這是中國革命條件所產生的一種特殊的統一戰線的形式”。
為加速新政協的籌備工作，周恩來同各界民主人士商定成立新政協籌備會。在新政協籌備會召開期間，周恩來身兼數職，擔任籌備會常務委員會副主任，全麵領導籌備會各項工作；擔任籌備會第三小組組長，負責主持起草《共同綱領》；並擔任籌備會的中共黨組幹事會書記，確保中共對籌備會的領導。為保證籌備會各項工作的順利展開和中共對政協籌備會的領導，毛澤東、周恩來等中共領導人在籌備政協會議過程中采取了三項措施：
其一，在安排籌備會委員時要使中共黨員占有優勢。這一點在1949年７月劉少奇率領中共代表團訪蘇期間給斯大林的報告中談得很清楚，他指出，現在政協籌備會已組成，共有籌備委員134人，其中黨員43人，肯定跟我們前進的進步人士48人，中間人士43人，其中中間偏右者隻有16人，在進步人士中有15個秘密黨員。
共產黨對政協籌備會可保障絕對的領導。
其二，在籌備會常委會及工作小組中要使中共居於領導地位。新政協籌備會成立了由21人組成的常務委員會，毛澤東為常委會主任，周恩來、李濟深、沈鈞儒、郭沫若、陳叔通為副主任，李維漢為秘書長。常務委員中有中共黨員７人。在下設的6個工作小組中，有3個小組的主要負責人都是中共黨員。
其三，在新政協籌備會中專門成立了中共黨組幹事會及常委會，以確保中共在新政協籌備工作政策上的一致。周恩來親自擬定了21人組成的黨組幹事會成員名單，具體分工如下：周恩來、林伯渠、李維漢、齊燕銘負責黨派工作；陳雲、薄一波負責財經工作；董必武、陳紹禹負責政法工作；聶榮臻、葉劍英、羅瑞卿負責軍事工作；胡喬木、徐冰、周揚、錢俊瑞、廖承誌負責文教工作；李立三、蔡暢、馮文彬負責工青婦工作；連貫、楊靜仁負責農民、少數民族和華僑工作。幹事會以周恩來、林伯渠、李維漢、徐冰、李立三五人為常委，周恩來為書記。按照規定：凡關於政治性及政策性的問題，必須事先向所屬黨組提出，經過黨組討論或經黨組負責同誌同意後始得向黨外提出；對於黨組的一切決定，應堅決執行；同時在工作中發現的各種問題，也應及時向所屬黨組報告。