1949年2月，周恩來對《中國人民民主革命綱領草稿》第二稿進行修改後，把它同《新政治協商會議籌備會組織條例（草案）》、《參加新政協籌備會各單位民主人士候選人名單》、《中華人民共和國政府組織大綱（草案）》等相關文件彙編成冊，定名為《新的政治協商會議有關文件》。
1949年6月15日，中國人民政治協商會議籌備會在北平中南海勤政殿舉行第一次會議，會上周恩來被推選為常委會副主任，並兼任第三小組組長，負責起草《共同綱領》。第四小組負責擬定政府方案，組長為董必武。6月下旬，周恩來用了一周時間在勤政殿親自起草了《共同綱領》第一稿，後經過多次修改，終於形成草案送交政協籌備會全體會議討論。
新政協籌備會準備擬定的《共同綱領》是否以中共草擬的前兩稿《綱領草稿》為基礎呢？周恩來在第三小組成立會上做了說明。他指出：“我們小組負責起草共同綱領，任務繁重。這個共同綱領決定聯合政府的產生，也是各黨派各團體合作的基礎。去年在哈爾濱的各黨派代表曾委托中共方麵擬定一個草案，我們也曾兩度起草。
可是去年工作重心在動員一切力量參加和支援解放戰爭，現在重點卻在建設新民主主義中國及肅清反動殘餘。這是長期性的工作，因此，中共方麵第二次的草稿也已不適用。”因此，新政協籌備會委托第三小組負責《共同綱領》的起草工作。
作為中共中央主要領導人和政協籌備會主要負責人兼第三小組組長，周恩來責無旁貸地負責起《共同綱領》的擬定工作。他以毛澤東在中共七屆二中全會上的報告和《論人民民主專政》一文為基本指導思想，親自執筆起草了綱領提綱和草案初稿。在綱領草擬過程中，周恩來曾數易其稿，最初標題為《新民主主義綱領》，後改為《新民主主義的共同綱領》，最後定為《中國人民政治協商會議共同綱領》。
周恩來起草的《新民主主義的共同綱領》草案初稿，除序言外，分為一般綱領和具體綱領兩部分。具體綱領又分六個方麵，共45條。草案初稿寫出後，第三組本身討論了3次，籌備會常務委員會討論了2次，五六百名政協代表分組討論了2次，經過7次的反複討論和修改，廣泛地吸收了各方麵的意見。相對於周恩來最初起草的《新民主主義的共同綱領》，最後通過的《中國人民政治協商會議共同綱領》做了不少改動，新的《共同綱領》分為七章，總計60條。周恩來闡明：“原先想分成一般綱領與具體綱領兩部分去寫，但那樣寫就太長了。後來決定將一般綱領部分放到序言中，綱領中隻寫具體綱領一部分。”
9月22日，周恩來在政協會議上作了《關於〈中國人民政治協商會議共同綱領〉草案的起草經過和特點》的報告。周恩來解釋《共同綱領》時特意說明：“行使國家政權的機關就是各級人民代表大會和各級人民政府。”他指出：共產黨的目的是“建設一個獨立、民主、和平、統一和富強的新中國。為著這個任務，我們團結國內各民主階級、各民族和國外華僑，結成這樣一個偉大的人民民主統一戰線。”中國共產黨、中國人民解放軍和人民民主統一戰線保證了人民民主革命取得了偉大勝利。他進而闡述了共產黨政權的主要製度和政策：我們的政權製度“是民主集中製的人民代表大會的製度”，我們的軍隊是“人民的軍隊”；我們的經濟政策要“達到發展生產繁榮經濟的目的”，“國營經濟是領導的成分”；我們的文化政策是“民族的形式，科學的內容，大眾的方向”；我們的外交政策為“保障本國獨立、自由和領土主權的完整，擁護國際的持久和平和各國人民間的友好合作”，我們的國家要“成為各民族友愛合作的大家庭”。
在周恩來親自主持《共同綱領》的起草和修改的同時，新政協籌備會第四小組在組長董必武率領下，負責擬定政府方案，分別對國家名稱、國家屬性、最高政權機關及其組織原則等重要問題提出了初步意見。小組第二次全體會議經討論做出如下決議：一、國家名稱定名為中華人民共和國；二、政府組織綱要中需要表明國家屬性；三、國家最高權力機關為全國人民代表大會，采取民主集中製；在全國人民代表大會產生前，由新政協產生的中央人民政府委員會為最高國家政權機關；四、最高行政機關可稱為國務院或其他適當名稱。會議推定董必武、張奚若、閻寶航、王昆侖、張誌讓五人組成政府組織法大綱起草委員會，以董必武為召集人，負責《中央人民政府組織法》的起草工作。起草委員會先後開會三次，並征詢了專家意見，寫成了《中央人民政府組織法》初稿，經籌備會常委會討論和修改，提交籌備會第二次全體會議通過。