科索沃國際管理機構的工作還受到與國際組織協調合作的問題的不利影響。這些問題在托馬斯·米爾曼（Thomas Mühlmann）的論文中給予了詳細闡述，主要內容見第418頁及其後幾頁。亦可參見在大衛·馬勒寧斯基（David Maleninsky）的研究：《衝突後的科索沃。關於國際組織在重建科索沃問題上的合作的分析》，維也納大學2005年博士論文。就這個問題而言，人們試圖從波黑問題中汲取經驗，避免所有國際組織跑到一個（聯合國科索沃臨時行政當局特派團）屋簷下。然而這種嚐試顯然沒有成功——聯合國科索沃臨時行政當局特派團沒有相對於駐科索沃維和部隊的優先權——而且這些國際組織單幹的傾向和互相競爭的力度也被低估了。聯合國科索沃臨時行政當局特派團四大支柱部門的設計結構，連同這些部門的不明確分工導致聯合國科索沃臨時行政當局特派團在很多領域的工作嚴重缺乏效率。從進入科索沃開始，聯合國代表、歐安組織、歐盟駐科索沃維和部隊之間就偶爾會發生有關劃定各自勢力範圍的競爭，這導致聯合國科索沃臨時行政當局特派團內部沒有形成一種“我們”的感覺。駐科索沃維和部隊和聯合國科索沃臨時行政當局特派團工作交叉領域也不斷地出現問題，尤其是在2004年3月騷亂局麵中，問題更為突出。一些觀察家就科索沃管理機構內部結構的這些問題提出“內部封阻的機構”這一說法。
在科索沃的國際幹預和國家建設行動所暴露出來的許多弱點和缺陷必須放在“外部力量推動民主化”的基本困境之中來考察。米夏埃爾·伊格納提夫（Michael Ignatieff）指出，在波黑、阿富汗和科索沃的幹預行動中存在一個利用“帝國資金”推進民主化的基本矛盾：“想要通過帝國的金錢來實現民主化的目標，這明顯是一個充滿矛盾的冒險行為。一個真正的民主是不能由外來力量推動的。”在這種固有矛盾的背景下必須考慮這樣的問題，即適合於當地條件的政策、有所區分的條件戰略，經過深思熟慮的重建步驟，法製基礎水平的引入、聯合國和西方幹預國在科索沃或波黑安排的政治民主機構引入和民主化的順序等等這些措施能否得到發展和有效的實施。盡管存在這些困難和失敗——在阿富汗、海地和非洲“失敗國家”這類困難和失敗還要成倍地增加——但我們必須——如科索沃1999年以來顯示的經驗那樣——發展改良過的新戰略：這些戰略應當是一種考慮當地情況的有所區別的政策，要建立在謹慎的權力移交戰略之上，同時為了實現某些民主基本價值要冒險幹涉地方傳統，但同時也要避免以現代化和民主文明自居的傲慢。奧利弗·羅伊（Oliver Roy）最近以阿富汗為例闡述了一種戰略構想，這種戰略充分尊重當地傳統，以它們為出發點實施政策，但仍然要朝著民主價值的方向實現轉型。“東南歐的接受文明啟蒙的政治家們明白，某些在西方已經處於批評和消除階段的社會結構對於建立麵向歐洲的‘標準化的近似值’也許還是有必要的。但是對那些關於強加條件的毫無區別的可行性概念仍然存在根本性的懷疑”，米夏埃爾·達克斯訥這樣陳述。這一過程要求很多的時間、耐心和政治想象力：“在巴爾幹除了進行不太引人注目的、艱難的、花費昂貴的、曠日持久的重建多族裔共存事務沒有別的選擇。”