1.風雨坎坷，艱辛守護
由於“天災人禍”，1960～1962年我國國民經濟處於困難時期。為了克服困難，中共中央提出了“調整、鞏固、充實、提高”的八字方針。1962年6月17日，江蘇省人民委員會下達全省一大批學校暫時停辦的指令。
62屆畢業生，不再由國家統一分配工作，一律回原縣適當安排或直接回家鄉從事農業生產（他們中的一部分人，1964年11月由農業部派往新疆從事專業工作）。一二年級學生全部回家鄉參加農業生產，其中118名二年級學生中的大部分，參加了學校舉辦的“專業技能”短訓班（3個月），這些人後來基本上都成為鄉（鎮）級基層牧醫站的工作骨幹。所有二年級學生，後於1984年3月，根據省裏規定由學校給其頒發了《基本學完專業課程證書》，“視同62屆中專畢業生，但不涉及工作調整和參加工作的時間”。
停辦前的1961年，全校教職工隻有76人，由於1962年下半年暫時停辦不得不調出55人，僅留下21人（後又調走1人，還剩下20人）護校。1962年10月，在全省範圍內學校率先成立了“護校委員會”，由泰州市副市長兼公安局長閻必發同誌兼任主任，教導主任周仲仁同誌任專職副主任兼黨支部書記，負責主持學校暫時停辦期間的日常工作。
2.跌宕起伏，艱難支撐
1965年7月18日，江蘇省人民委員會批複同意：學校恢複辦學，仍為省辦、揚州專署領導、日常工作委托泰州市人委代管。1966年春季在揚州地區招收半農半讀、社來社去牧醫專業學生88名。
為了恢複辦學，1965年10月，葉斌同誌從泰州市人委辦公室調回學校仍任主持日常工作的副校長（至1968年4月）及校黨支部書記（至1966年3月），1962年下半年學校停辦時調出的部分教職員工也陸續調回學校。
1966年3月，郭宏茂同誌從部隊轉業來校任專職黨支部書記。
曆經3年停辦的艱辛，終於迎來了“複辦”的春風，教職員工們喜悅的心情溢於言表。
前進的道路是曲折的，學校複辦後不久，晴朗的天空便烏雲密布，即同全國各地一樣，卷入了十年“文革”的漩渦中。
在全國大氣候的影響下，1966年6月25日清晨，教職員工們正在挑水澆剛剛移栽的山芋苗，本校的“文革”開始了——第一批“大字報”貼在校長室的院牆上。此後短短4天，共貼出700多張“大字報”（主要是學生“小將”們寫的），矛頭直指校內所謂的“資產階級反動學術權威”、“反革命修正主義分子”、“資產階級代表人物”、“走資本主義道路的當權派”……正常的教學秩序完全被打亂，直至1976年11月初才勉強“複課鬧革命”。
1968年4月，“校革委會”成立，郭宏茂同誌任主任（直至當年12月調出），戎新餘同學、朱榮炳老師任副主任。郭宏茂主任調離學校後，“校革委會”由朱榮炳副主任主持，直到1970年4月葉斌同誌從泰州市革委會“工宣隊”調回學校任校革會主任為止。此後朱榮炳同誌仍任校革委會副主任（直至1978年12月調出），副主任戎新餘同學1969年1月畢業離校。
1972年12月，鮑友翰同誌到校任校革委會副主任（直至1978年3月調出）。
10年“文革”浩劫，至1976年基本結束。
1978年1月，梁錦芝、仲質偉同誌任校革委會副主任（均任職至年底），同時梁錦芝同誌還擔任校黨支部副書記。
3.歡欣鼓舞，恢複招生
1978年春節後，葉斌校長多次去省農林局，請示上級批準學校恢複招收牧醫專業統配生。在省農林局科教處王教倫處長、馬榮棠同誌、賀倜同誌等人的努力下，1978年秋全省農牧院僅本校率先恢複招生。一年一度的招生工作在停止了13年後恢複了，振奮人心！