1978年9月6日，學校在省內錄取牧醫專業新生120名（其中高中畢業往屆生113名、初中畢業往屆生7名）；10月18日，省革委會農林局專門發文給學校和各地區“五七農大”，要求做好“文革”後首次恢複招收的統配中專生的入學工作。蘇州地區40名學生，推遲到11月18日、19日才入學，經補課1周後插入蘇北地區的2個班，不久又重新混合編為3個班正常教學。此後學校逐步做到了以教學為主，注意抓好教學基礎工作和正常的教學秩序工作。
1978年底，全校師生員工熱烈歡呼黨的十一屆三中全會勝利召開。1978年12月，學校黨組織由支部改為總支，葉斌同誌任黨總支書記、校長，梁錦芝同誌任副書記、副校長（至1980年11月退休，後改離休），仲質偉同誌任副校長（至1990年6月）。為了充實學校領導班子，1980年4月，成平同誌從泰縣水利局調入學校任副校長（至1990年6月）。
1979年1月6日，揚州地委發文恢複“江蘇省泰州畜牧獸醫學校”校名，並明確學校隸屬揚州地區行署領導，黨政關係仍委托泰州市代管，戶口、油糧關係遷回泰州市。
1979年底至1981年初，校黨總支根據上級指示，給1961年被錯誤對待的5名學生徹底平反。
1981年夏，“文革”後首次招收的78級118名學生，經省農林廳統考3門課程後準予畢業，統一分配工作（此外，1人因考試作弊不予畢業；另1人因病休學1年，於1982年畢業分配工作）。
4.砥礪前行，穩步發展
1982年9月9日，揚州地區行署向省政府請示，要求將泰州畜牧獸醫學校明確為以省直接領導，或由省、地雙重領導，以省領導為主。1982年11月20日，省政府批複（蘇政複[1982]92號文）同意將泰州畜牧獸醫學校的領導體製改為省、地雙重領導，以省領導為主，並明確學校的規劃、專業設置、人員編製、經費、招生計劃、畢業分配等由省農林廳負責，學校黨的關係委托泰州市委代管。
1983年3月25日，省農林廳邀請揚州市暨泰州市、泰縣有關負責同誌舉行“三權”上劃協調會，並於4月5日發出會議紀要。1982年11月學校“三權”上劃後，根據事業發展的需要，1986年6月，由黨總支建製改為黨委建製，葉斌同誌任首屆黨委書記。
1990年6月，因葉斌校長兼黨委書記離休，故省農林廳黨組任命了學校新的領導班子，即第二代領導集體：仲質偉同誌任校長（1995年2月開始兼任校黨委書記），李義先同誌任校黨委副書記兼紀委書記（至1996年2月，4月退休），周新民同誌任副校長，成平同誌任副處級督導員（至1990年11月離休）。在第二代校領導集體中，1995年2月又增加了吉文林副校長、楊廷桂黨委副書記（列李義先副書記後）。
1982年11月後，在省農林廳直接領導下，學校逐步振興。首先是辦學條件得到了較大改善。至1992年，校舍麵積淨增11688平方米。為了穩定教師隊伍，有利於招賢納士，在葉斌校長和成平副校長等人的努力下，1983年、1985年先後兩次在泰州市近郊征地1.30畝和1.76畝，建市區教職工宿舍36套。
從1983年起至1992年9年，專業增加6個，改變了辦學近30年隻設一個專業的狀況。1983年後，在省招辦統一部署下，由省農林廳主持，實行了全省中等農牧（水產）學校“定向招生，定向分配”的單獨招生辦法，學校的招生規模有所擴大，從1978年的120人增加到1992年的265人，在校生也從1978年的120人增加到1992年的675人。但總的來講，在全省8所農校中泰州畜牧獸醫學校規模是最小的，其主要原因是上級有關部門對學校辦在白馬廟總是感到有些“不踏實”、“不滿意”。
5.精神積澱
在這個時期，牧校人練就了“堅韌不拔的執著精神”。