日本無疑是當今中國最重要的經濟交往與合作夥伴之一。
在貿易領域，日本自1993年以來連續11年占據了中國第一大貿易夥伴的位置。中日貿易額從1990年的129.3億美元猛增至2006年的2073.6億美元，增長16倍以上。由於2004年以來中國與歐盟和美國貿易的增速比中日貿易更快，這一年起日本已退居中國第三貿易夥伴的位置。盡管如此，中日、中美、中歐三對貿易額相差不大，三者形成了支撐中國外貿的鼎足之勢。況且，歐盟是由27個成員國構成的，因而中歐貿易不能與中日貿易簡單類比，實際上比日本更大的貿易對象國隻有美國。例如，2006年中日貿易額相當於同年中俄貿易額（333.9億美元）的6.2倍、中德貿易額（781.9億美元）的2.65倍，但少於中美貿易（3430億美元）以及中歐貿易(2723億美元）。
據日方統計，2004年，中日貿易額為22.2萬億日元(含日本與香港貿易），日美貿易額則為20.5萬億日元，二戰結束60年來，前者首次超過了後者。這無疑是日本對外貿易結構的重大轉折，也是對日本已固守一個多世紀的“脫亞入歐(美)”心理的強烈衝擊。據日本財務省2006年度貿易統計速報(通關數據），2006年，日中貿易總額（不含日本與香港貿易）為25.43萬億日元，比前一年增長16.5%，中國大陸單獨成為日本第一大貿易夥伴；日本與第二大貿易夥伴美國的貿易總額為25.16萬億日元，日中貿易與日美貿易的差距正在進一步擴大。
近年來，中日貿易的發展呈現出相互依賴日益加深、雙贏結構日趨明顯、日本對中國的依賴程度比中國對日本的依賴程度逐漸加大等特點。據中方統計，20世紀70-80年代，中日貿易在中國外貿總額中所占比重最高時曾達近30%；這一比例1990年下降為11.2%；1996年重新上升到20.7%；此後呈下降趨勢，2006年降至11.8%。另一方麵，中日貿易在日本外貿總額中的比例則從1990年的3.5%上升到2006年的17%。顯然，中日貿易的相互依賴結構已經發生了逆轉，日本對中國的依賴程度已大於中國對日本的依賴程度。近年來，中日貿易拉動日本貿易、“中國特需”拉動日本經濟複蘇的作用日趨明顯。
在直接投資領域，按國別計算(即除了港、台地區對內地直接投資以外），日本多年占據僅次於美國的第二對華投資國的位置。
2005年，日本對華實際投資金額65.3億美元，較2004年增長19.78%，創曆史新高；截至2005年底，日本對華投資累計項目數為35124個，合同投資金額785.7億美元，實際投入金額533.7億美元，占中國吸引外資累計總額lOW：。2006年，日本對華直接投資與上年同比下降29.6%，實際投入金額45.98億美元，居國別第一位。
近年來，日本大型汽車、電子骨幹企業正在改變以往那種對中國寧願出口成品，而不大熱心投資建廠、不願轉移先進技術的消極姿態，開始進行大規模直接投資，而且日益注重把最新技術應用到在華投資企業，並把一部分研究與開發(R&D)中心和開拓新市場的營銷中心也轉移到中國內地來。
日本對華投資的雙贏效果十分明顯，它給中國帶來了資金和先進的技術與管理經驗，提升了中國產品的技術含量和質量，促進了引其產業裝備的技術進步；同時，對華技術出口也延長了日本產品技言術的生命周期，使之獲得豐厚的利益回報；在華投資設廠，也給日本言過剩資金找到了良好出路，獲得了利益回報和產業結構升級的雙重效果。日本對華直接投資在其對外直接投資總額中的比重，1990年為0.6%，2001年上升為4.5%，2006年度則更是上升到12.2%。
日本對華投資也擴大了中國勞動力的就業機會和居民收入。目前，在日資（包括中日合資）在華企業的直接就業人員已經超過100萬人，與這些企業相關的配套、服務、流通企業就業人員則達920萬人。2004年，日資企業繳納稅收約490億元，其對中國經濟增長的2004年，韓國的對華單年度投資額為62.5億美元，首次單年度超過了同年日本的對華投資54.5億美元。
然而，在吸引外國直接投資領域，中國對日本的依賴程度也在相對降低。日本對華直接投資在中國引進外資中所占比重1990年為14.3%，而2005年則下降到10.8%；另一方麵，中國的對日投資雖然起步較晚、規模尚小，但也已開始邁出堅實的步伐登陸日本列島，日本股民也越來越醉心於在中國的發展中圓其“致富夢”，熱心購買中國上市企業的股票。
政府間資金合作是中日經貿關係的又一重要領域。日本政府於1979年12月首次承諾對中國提供以日元貸款為主、以無償援助和技術合作為輔的政府開發援助(ODA)資金。穩定周邊的外交目的、開拓市場的經濟目的、對中國放棄戰爭賠償的回報心理，是日本對華提供政府援助資金的三大動機。迄今為止，日本已為中國的交通、電力、通訊等“硬環境”基礎設施建設領域和環保、扶貧、人才培養等“軟環境”社會發展領域提供了3.2萬億日元以上的政府日元貸款、約3000億日元的無償援助和技術合作，以及數萬億日元的其他形式政府優惠貸款，成為對中國提供政府間經濟合作資金最多的國家。20世紀80年代以來，這些資金在中國經濟的“起飛(takeoff)”階段起到了積極的推動作用。中國經濟的快速發展，為日本提供了巨大的市場，使其對華提供政府援助資金的目的得以充分實現。