陳獨秀也檢查了中央委員會的錯誤：
現在談談中央委員會的錯誤。實際上中央委員會裏並沒有組織，五個中央委員經常不能待在一起，這就使工作受到了損失。
中央委員會也缺乏知識，這是罷工失敗的原因。我們的政治主張不明確。大家都確信中國有實行國民革命運動的必要，但是在究竟應當怎樣為國民革命運動工作的問題上，我們的觀點各不相同。有的同誌還反對加入國民黨，其原因就是政治認識不夠明確。
我們不得不經常改換中央所在地，這使我們的工作受到了嚴重損失。
陳獨秀這裏所說的“有的同誌還反對加入國民黨”，其實包括他自己。為此，陳獨秀在大會上作了自我批評。他說：
陳獨秀由於對時局的看法不清楚，再加上他很容易激動，犯了很多錯誤。
陳獨秀還批評了中國共產黨中央委員張國燾。他說：
張國燾同誌無疑對黨是忠誠的，但是他的思想非常狹隘，所以犯了很多錯誤。他在黨內組織小集團，是個重大的錯誤。
陳獨秀在工作報告中對各地區的黨的工作進行了批評，一口氣批評了上海、北京、湖北和廣州，但是唯獨表揚了毛澤東所領導的湖南的工作：
就地區來說，我們可以說，上海的同誌為黨做的工作太少。北京的同誌由於不了解建黨工作，造成了很多困難。湖北的同誌沒能及時防止衝突，因而工人的力量未能增加。隻有湖南的同誌可以說工作得很好。
廣州的同誌在對待陳炯明的問題上犯了嚴重錯誤，最近他們正在糾正錯誤。
這次大會，對於中國共產黨黨員加入中國國民黨，作出了決議。決議對國民黨進行了這樣的分析：
依中國社會的現狀，宜有一個勢力集中的黨為國民革命運動之大本營，中國現有的黨，隻有國民黨比較是一個國民革命的黨，同時依社會各階級的現狀，很難另造一個比國民黨更大更革命的黨。即能造成，也有使國民革命勢力不統一不集中的結果。
決議也說明了中國共產黨黨員加入國民黨，是共產國際的決定：
共產國際執行委員會議決[3]中國共產黨須與中國國民黨合作，共產黨員應加入國民黨。中國共產黨中央執行委員會曾感此必要，遵行此議決，此次全國大會亦通過此議決。
決議指出：
我們加入國民黨，但仍舊保存我們的組織。並須努力從各工人團體中，從國民黨左派中，吸收真有階級覺悟的革命分子，漸漸擴大我們的組織，謹嚴我們的紀律，以立強大的群眾共產黨之基礎。
我們須努力擴大國民黨的組織於全中國，使全中國革命分子集中於國民黨，以應目前中國國民革命之需要。
決議規定了中國共產黨黨員加入國民黨時的四條注意事項：
一 在政治的宣傳上，保存我們不和任何帝國主義者任何軍閥妥協之真麵目。
二 阻止國民黨集全力於軍事行動，而忽視對於民眾之政治宣傳，並阻止國民黨在政治運動上妥協的傾向，在勞動運動上改良的傾向。
三 共產黨黨員及青年團團員在國民黨中言語行動都須團結一致。
四 須努力使國民黨與蘇俄接近，時時警醒國民黨，勿為貪而狡的列強所愚。
對於中國共產黨作出的中國共產黨黨員加入國民黨這一國共合作策略，後來蔣介石稱之為“寄生”策略。蔣介石在他的《蘇俄在中國》一書中，對中國共產黨的國共合作、統一戰線政策，進行了猛烈的抨擊：
……（中國共產黨）發育的初期，必須寄生於中國國民黨內，施展其滲透、分化、顛覆的陰謀……
不論蔣介石怎麼說，事實證明西湖會議以及中國共產黨“三大”作出的國共合作、統一戰線的方針是完全正確的。
這一重大策略的提出者、共產國際代表馬林，出席了中國共產黨“三大”。
馬林對於中國共產黨，可以說立下兩大功勞：
第一，為了組織召開中國共產黨“一大”，馬林出了大力。在中國共產黨“一大”上，曾以他的洪鍾般的聲音作了長篇講話，對於中國共產黨的創立起了很大的作用。特別是在特務偵察中國共產黨“一大”時，他以多年地下工作的經驗敏銳地察覺並決定轉移到嘉興開會。
第二，製定國共合作方針，使當時幼小的中國共產黨借助於與國民黨合作，迅速得以壯大。
這一回，馬林又在中國共產黨“三大”上作長篇講話，闡明他提議國共合作的意義，對於此後中國共產黨的大發展起了很大的作用。
中國共產黨“三大”選舉陳獨秀為中國共產黨中央執行委員會委員長，陳獨秀、毛澤東、羅章龍、蔡和森、譚平山、李大釗、王荷波、項英、朱少連等九人為中央執行委員會委員。
當時中國共產黨黨員420人。
[1]由於“永豐”艦在這一戰鬥中立下曆史性功勳，在孫中山去世後，被命名為“中山”艦。
[2]《中國共產黨中央文件選集》第1冊，中共中央黨校出版社1989年版。下同。
[3]當時的習慣用語為“議決”，亦即決議。下同。