在1927年“四一二”反革命政變之後，包惠僧脫離了中國共產黨。他在《包惠僧回憶錄》（寫於1966年4月11日）中，是這樣自述脫黨的經過的：
作者在北京采訪了包惠僧夫人謝縉雲，她詳細地回憶了中共“一大”代表包惠僧曲折的一生
我約在（1927年）7月20日前後，奉共產黨中央軍委周恩來同誌之命，到南昌待命，並準備接江西省軍委工作。我先到南昌，周恩來同誌後到，他告訴我：“不必在江西作長久之打算，要隨軍南征。”後來，組織派我任《前敵日報》主編。《前敵日報》沒來得及成立，南昌宣布起義。
事有湊巧，我又病了，周恩來同誌叫我在南昌暫時潛伏，如趕不上隊伍，即到武昌去找組織。他給我寫了介紹信，我在南昌一個表親家裏住了一個多月，才化裝逃出南昌，到九江搭船回了我的故鄉黃岡。當時白色恐怖遍地皆是，在鄉下也住不下去，遂到武昌，也沒有找到組織。武漢也待不下去，（我）即帶著妻子逃到江蘇高郵（妻家）暫行避難。在高郵住了兩個多月，風聲不好，才逃往上海。我會見了李達（他此時已脫黨多年）、施存統、馬哲民等。上海的情況很混亂，我遂和這些人一起走了失敗主義的道路，消極脫黨。
自從脫離中國共產黨之後，包惠僧先是在上海賣文為生，辦《現代中國》雜誌，混了三年半。
1931年，借助於與蔣介石在黃埔軍校有過共事關係，包惠僧當上了蔣介石的陸海空軍總司令部的參議。“九一八”事變後，蔣介石任軍事委員會委員長，任命包惠僧為軍委秘書，兼任中央軍校政治教官。
1936年，包惠僧由武官轉為文官，任內政部參事。在陳獨秀臨死前，包惠僧曾去江津看望，那時他便在國民黨政府內務部做事。1944年起，包惠僧任內政部戶政司司長，1947年改任內政部人口局局長。
1948年，蔣介石政府風雨飄搖，從南京撤往廣州，包惠僧申請遣散，帶著家眷到了澳門。
包惠僧麵臨著抉擇：去台灣？去北平？還是留在澳門？
他終於下了決心，回到當年的中國共產黨朋友中去。
他給北平打了電報，表明自己的態度。
如他在回憶錄中所寫：
約一個星期，接到中國共產黨複電，叫我回來。我於1949年11月回到北京。回北京第二天，董老（即董必武）請我吃飯。他對我說：“你回來是黨中央作出的決定。”同年12月25日，周總理請我到中南海吃飯。他同我見麵之後，對我還是以老朋友相待，我們作了長談。
周總理給我的禮遇和溫暖，我幾乎感激得流出淚來。1950年，我在“革大”[2]政治研究院學習一年，12月初畢業後即分配到內務部研究室任研究員。
據包惠僧夫人謝縉雲回憶，1949年包惠僧住在澳門柯高馬路88號樓上。他在9月上旬，給周恩來發去電報，原文如下：
北京人民政府周總理恩來兄鑒：兄等以廿餘年之艱苦奮鬥得有今日，良堪佩慰，尚望以勝利爭取和平，以和平與民更始，吊民伐罪，天下歸仁也。南天引頸，曷勝欽遲，一有便船，當來晤教。弟包惠僧叩。[3]
抵京後，董必武見了包惠僧，埋怨他道：“你那時做了國民黨的官，就不要共產黨的朋友了？”
據雲，那是包惠僧膽小，做了國民黨的官，生怕特務耳目眾多，不敢再與共產黨老朋友來往，故董必武出此言。
周恩來在重慶時曾去國民黨政府的內務部會見部長張厲生，那天，周恩來走出張厲生的辦公室，見到包惠僧，向他表示過歡迎他歸來之意。所以，後來他到了澳門，終於下定決心給周恩來發去電報。
回到北京，周恩來見到包惠僧，作了長談後說道：“你過去不是一個普通的共產黨員。你對黨要有個交代。”
這樣，周恩來安排包惠僧到華北人民革命大學學習。
在“革大”，包惠僧開始清理自己的思想，改造自己的思想。他在學習中十分積極。有一回，學生們去種樹，他這個“老學生”也參加了。在勞動中他暈倒，被抬到校醫務室檢查，查出心髒病。醫生勸他回家休息，包惠僧說：“我回家，就不能完成周總理交給我的學習任務。”他在學校宿舍裏養病、學習，一直堅持到畢業。
筆者見到了包惠僧的畢業證書：
畢業證書研字第0042號
學生包惠僧現年57歲，係湖北省黃岡縣人。在本校政治研究院第2期第4班修業期滿，準予畢業。此證
校長 劉瀾濤
教育長 侯維煜
1950年12月
謝縉雲還拿出另兩份證書，給筆者看。
其一：
1952年8月20日，內務部第22次會議任命包惠僧為本部參事。
謝覺哉 部長
就這樣，包惠僧從國民黨政府內務部局長，經過思想改造，轉為共產黨政府內務部參事。
其二：
任命包惠僧為國務院參事。
總理 周恩來
1957年4月29日