方臘無奈，隻得帶著殘兵敗將向南撤退。先至富陽、新城，隨著宋軍的節節進逼，再帶人退到了睦州的桐廬，在這裏，他總算見到了自己快要恨死了的二兒子方毫。
之所以恨這個兒子，是因為方臘一直不知道這個兒子被控製了，他認為方毫沒有聽他的話，既不按他的指令向南發展，又不在杭州危機時前去救援，因此才使得他的各項舉措失利。
其實方臘根本就不知道一點，那就是他的人數再多，也無法打敗宋軍，畢竟烏合之眾與正規軍的差距還是很大的，也就是，方毫支援不支援結果都一樣。
當然，方臘可不這麼想，他認為兒子不忠不孝才會不聽話的，因而恨上了他，要不是騰不出手來，他早就把他給抓去了。
此時此地見到方毫，新仇舊恨一起湧上心頭，方臘直接上去就是兩腳，試圖先解解恨再。
隻是，當方臘聽完方毫哭訴著明一切，他不由得呆住了，恨恨地了一句：“果然是別有企圖。”
隨即拉起方毫，無奈地道：“大勢已去，我們撤吧。”
不過，方毫卻在這時遞給方臘一張紙條，道：“這是他們讓我交給父親的，可以救父親一命。”
方臘拿過來一看，隻見上麵寫道：“寧海有船，退路隻在流求。”
意思很明顯，那就是在台州的寧海有船隻，坐船可以到達流求，在那裏可以活命。
流求就是後世的台灣島，此時還沒有納入大陸版圖，上麵隻生活著一些土族人，依方臘的勢力完全可以上麵立足，因此，它是退路並無不妥。
隻是方臘看了看，便把紙條撕碎拋去，他嘲笑道：“人行徑，豈能再與其同流合汙？”
從桐廬向南再無退路，這時有兩條路可走，一者如紙條上所，往東奔海，在寧海上船去流求，二者便是往西，前往方臘的老巢青溪縣。
方臘毫不猶豫，選擇了西向而行，直奔青溪縣而去。
青溪縣屬睦州，其下有萬年鎮碣村，此村臨近位於歙、睦兩州邊界處，方臘當年就在這裏當過傭工。
離碣村數十裏處有一幫源洞，洞口朝南偏西。進深十來丈，內裏有兩室，各為丈許尺寸。
因此洞周邊群山巍峨，山石崢嶸，其地勢不但險峻而且隱蔽。被步步緊迫的方臘無處可逃，隻得帶領家人和七萬起義軍逃入了此間。
這是他最後的退路，也是他唯一能掙紮和保留實力的機會了，他隻期望能蒙混過關。
朝廷大軍追擊到這裏實際上也很無奈，他們不知道如何追剿。
這時，裨將韓世忠站了出來，他親率驍勇進入山中，搜索到山洞，把方臘一行堵個正著。
經過一番廝殺，方臘終於被擒獲，同時被擒的還有他的家人和隨從。
時間指向了宣和三年四月，至此，轟轟烈烈的方臘起義，為時僅僅半年便以失敗宣告結束。