良渚玉器中最神秘的是玉琮。關於琮的起源和象征意義可以講是眾說紛紜，最普遍的當推“天圓地方”說，認為其器形表現了古人“天圓地方”的宇宙觀；另外，較多的一種看法是它源於圖騰柱，是圖騰崇拜的體現，主要的依據是筒狀器形且四壁刻有神人獸麵形象；還有一些看法說它源於鐲這種裝飾品，因為最早出現的“鐲式琮”或許就是作為臂圈的；另一說是生殖崇拜的表現；還有說是來源於織機上生產工具的形製。關於琮的用途，也同樣有各種不同的說法：最多的一種和“天圓地方”說相對應，認為琮的方圓表示地和天，中間的穿孔表示天地間的溝通，那麼琮就是古代通天地的象征物；而據“黃琮禮地、蒼璧禮天”的記載，又可以認為琮和璧一起是祭祀天地的禮器；持“圖騰崇拜說”的研究者往往認為它是用來施行巫術的法器；日本學者林巳奈夫推測它相當於後來漢代所說的“主”，應與《儀禮》中祭祀祖先時使用的菹一樣，是祖先靈魂降臨的依憑，簡言之就是祭祖的禮器；由於琮等玉器都出於大墓墓葬中，而《周禮》又有“疏璧琮以斂屍”的記載，這類墓葬被稱為是“玉斂葬”，琮就是用來“斂屍”的，是葬玉製度的表現。另一個有趣的問題是琮的節數和隨葬個數的含義。普遍認為節數即世數，對照殷人祭祀的習慣，每次祭祀先祖的數目有多少，祭祀所用的琮便有多少節。一座墓內通常葬有節數不一的琮數個至數十個，所以這也可能是墓主生前主持祀典次數多少的表現，當然這僅僅是頗具代表性的解釋之一。也有學者認為琮的多少和節數是權力大小的象征。
良渚玉器中個體大數量多的是玉璧，良渚玉璧可以分三類：一類是大量葬於墓內的素麵玉璧，通常製作粗糙，數量幾至幾十塊不等；一類是製作精良，表麵光滑的素麵玉璧，一般一墓僅見一塊，常葬於墓主的腰下或腹上；另一類則是刻有“鳥山”圖案的玉璧。據“黃琮蒼璧”的記載，璧應該是用來祭天的禮器；但在墓葬中出現數量眾多，所以也被認為是財富的一種象征。
玉鉞在良渚玉器中也是重要的器物之一，僅見於大墓墓葬中，很多墓出土了擺放完整的鉞和柄上附件，據此可以複原當時的使用狀態。所謂的“玉鉞”，就是一種禮製化了的斧。因此玉鉞被認為是權杖，也可以解釋為行賞罰之禮的特殊法物。鉞在墓中出現是軍權、神權、統治權合一的表現。
琮、璧、鉞構成了良渚文化玉器係統的主要部分，而其他形態各異、加工精細的玉器品類也同樣體現了這一玉文化神秘而又精致的特點。
關於玉器的製作工藝也已有了係統的研究：切割方法上，有砣切、柔性線鋸、硬性片鋸等幾種可能；鑽孔方法上，孔徑小的為實芯鑽得，工具可能為燧石鑽頭，孔徑大的應是兩麵管鑽法所得，具體的管鑽工具是竹管、骨管，加水蘸砂來進行操作；由於一些玉器出土時尚可見器物上有一層砂粒，由此可知是用砂粒作為介質進行打磨的；最後在紋飾的雕刻方法上，到底采用了何種工具，各家爭議不小，歸納起來有燧石、鑽石、鯊魚牙等好幾種說法。另外，還值得一提的是玉器雕刻的規整程度，據此推測當時應已有尺、規一類的計算定位工具。然而這類問題的討論目前仍處在推測階段，最直接也最可能解決的途徑隻能是在今後的發掘和調查中去尋找關於采料製玉作坊的線索。
良渚玉器在藝術史特別是雕塑史上有它獨特的地位。歸納起來，良渚玉器對原始藝術所起的作用：1）和紅山文化現象生動的動物形玉雕相比（包括石家河的玉器製品也有這樣的特點），良渚玉器顯現了在抽象幾何形造型方麵的高超技藝，也反映了良渚先民高度抽象化的審美意趣；這一點還表現為，拆半圖案和對稱造型在良渚玉器上運用得十分充分；2）在平麵雕刻技法上，開始出現主題紋、地紋相結合，甚至在主題紋上再陰線精刻的形式，可以說，這種雕刻法對三代藝術產生了深遠影響；3）透雕的工藝也應該算是由良渚玉器開始的傳統藝術形式之一。另外，良渚玉器的一些藝術造型特別是獸麵紋、龍紋等，對以後三代青銅器的裝飾藝術產生了很大的影響。可以肯定，良渚玉器在中國藝術史上必然值得書上濃重的一筆。