王陽明將這一切神不知鬼不覺地部署好時，人還在南寧府，而湖廣大軍正在公開地大張旗鼓地由廣西往湖廣撤軍。因為事先已做了周密的安排，這些撤退的湖廣兵一路上看去是偃旗息鼓，連兵馬糧草也未見。那一切假象，深深地迷惑了斷藤峽的賊匪們，他們做夢也不會想到，神兵即將自天而降。
四月初二淩晨，當各路軍隊吹響號角，突然發起對斷藤峽中主要大寨的軍事攻擊時，斷藤峽各大寨還毫無警惕防備。一邊是訓練有素、有備而來的嚴整之師，一邊是戰備鬆懈、毫無防備的倉促應戰，戰場上的力量對比自不可同日而語。盡管進攻過程中也遭受到了賊兵們的負隅頑抗，但對於王陽明的官軍來說，那樣一場戰爭簡直如探囊取物、勢如破竹。到四月十日，第一階段的作戰順利結束，牛腸、六寺、磨刀三個主要大寨的敵人被全部肅清。
初戰告捷，大大鼓舞了官兵士氣。接下來，王陽明又對第二階段的作戰任務進行了部署：他決定於四月十一日深夜，圍剿仙台、花相兩大寨，並對各路官兵的作戰任務與進軍路線進行了詳細部署，約定於十三日拂曉各軍同時發起進攻。有了前麵斷藤峽第一階段的作戰，仙台、花相兩大寨的賊兵都已提高了警惕，有了充分的準備。所以，第二階段的作戰要比第一階段來得辛苦，但總體來說，依然算是進展順利。經過十天的戰鬥，到四月二十四日，這些地方的山賊也被悉數剿除。
至此，斷藤峽之戰基本結束。
相較於斷藤峽之戰來說，八寨之戰要複雜艱難得多。因為八寨分布地域廣，寨多人多，加之地形複雜，平日裏這些山寨之間看似獨占山頭各自為政，但一有事情，他們又能迅速集結聯手。這才是官軍屢攻不克的最大原因。正如王陽明所言，八寨雖為八寨，實則一寨。麵對這樣的對手，王陽明的作戰部署自然也要與斷藤峽有所區別。
與斷藤峽的戰備鬆懈不同，自湖廣兵進駐南寧，八寨就已經提高了警惕，各寨均有所防備，但接下來的事情卻大大出乎他們的意料：王陽明坐鎮南寧，卻絲毫無用兵跡象，倒是大規模撤軍，就連盧蘇、王受被招降的部隊也被遣散回鄉了。大名鼎鼎的軍事奇才王陽明，原來也不過如此，拿他們八寨毫無辦法。八寨緊繃的那根弦又慢慢鬆下來，他們開始試探性地動作，隔三岔五搞一些小規模的搶掠，以觀王陽明的反應。對那一切，王陽明視而不見。八寨的膽子遂日漸大起來。他們故態複萌，到處燒殺搶劫，對於寨內的戰備也漸漸鬆弛下來。
很顯然，對於八寨，王陽明再次熟稔地運用了孫子兵法中欲擒故縱之計。自三月下旬開始謀劃，四月初開始具體部署，到四月下旬，八寨之役才算正式開始。這期間光準備的過程就有一個月時間，與王陽明往日兵貴神速的作戰手法完全不同，可見王陽明對此戰有多慎重。
四月二十二日夜半時分，趁著茫茫夜色，各路軍隊都按照王陽明先前的部署，悄然行軍，摸到各自被指定的作戰位置。由於事先已言明軍紀，大兵過境，沿途的村寨竟然對此渾然不知。二十三日清晨，收網時刻到了，各路大軍向八寨各寨同時發動攻擊。對於早已失了戰鬥警惕的八寨山賊們來說，那又是一場神兵天降似的奇襲。一場原本艱難的戰爭，因了王陽明周密天才的部署，也進行得相當順利。半月之後，八寨各主要山寨已基本被蕩破。
各山寨告破，原本是件讓人欣喜的事，王陽明卻無法喜起來，因為他發現了一個極為奇怪的現象，各山寨雖然被破，各山寨的首腦卻無一例外地不見蹤影。按理說，山寨被攻破，其首腦或被擒或被殺，總得有個下落，現在，他們卻神秘消失，活不見人，死不見屍。更令人憂心的是，戰爭進行到現在，官軍部隊內部先前那種昂揚奮進的士氣也不見了，取而代之的是官兵們的萎靡不振、氣勢銳減。據王陽明多年來的戰鬥經驗而測，他意識到，一定是自己的軍隊內部出現了問題。
經過多方周密調查，王陽明果真發現了問題的根源所在。原來，敵方對我軍大施美人計，敵方各山寨的婦女混入官軍部隊，對官兵大加色誘，那些山寨的首腦就這樣被為美色衝昏頭腦的官兵悄悄放走了。不但如此，因迷戀女色，官兵們的士氣、身體及精神狀況都受到了嚴重的幹擾。如果任那種情況繼續下去，將是非常危險的事情。但王陽明也清楚，在這種用人之際，嚴酷地以軍法來對待這些官兵也不合時宜。他想了一個兩全之策，既能保證提升士氣，又能保證不失民心。王陽明下令各部的領兵官員，攜帶著他的令旗令牌，分別對各兵營進行了一次全麵巡查。凡查出窩藏婦女的官兵，也不對他們立即進行懲罰，而是要求他們戴罪立功，要他們立即去搜山，若能立下戰功，待班師之時，他們窩藏的婦女與財物仍歸其所有，且既往不咎；反之，若因貪戀女色而不效力，則當眾斬首，以嚴明軍紀。