王陽明的這一整頓措施果真收到很好的效果。在各路官員的督促之下，官兵們紛紛對各大山寨逃跑的首腦們進行了拉網式的搜索與排查，到六月上旬，各大寨賊首紛紛被擒或被殺。賊首被剿，下麵的小嘍囉們不攻自破，他們四散逃散，潰不成軍。
無論在哪裏的戰場上，無論是戰前、戰中還是戰後，王陽明都主張戰爭中不要濫殺無辜，不以殺敵多寡論英雄。可人在戰場那個特殊的環境裏，見慣了太多的血腥與刀光劍影，人性中那顆善良的種子也很容易在不知不覺中被扼殺。八寨各寨的首腦已被擒獲，餘下的山賊山民們則四下逃竄而去。依王陽明的本意，此時，真的沒必要再對那些人窮追不舍，但形勢卻已經有些失控了。殺紅了眼的官兵們，衝進山寨，放火燒殺，他們原本是來解救那些被山賊困擾的百姓的，可現在，他們卻成了新的殺手，給山民帶來新一輪的噩夢。可憐那些手無寸鐵的山民與山賊餘黨，被一路追殺到橫水江（今柳江）邊，前有水流湍急的江水，後有氣勢洶洶的追兵，江上隻有為數不多的船隻。為了爭船渡江逃命，這些人又開始自相殘殺。落水的，被殺的，一時之間，橫水江邊血流成河，死傷無數。適逢此時天降大雨，風雨聲，人哭馬嘶聲，江水咆哮聲，攪動得天地失色。王陽明親眼看見了那一切，他想製止，可已無人肯聽。他想哭、想喊、想為那些死去的無辜之人贖罪，可一切都太遲了。
那天，若不是那場突然而至的大風雨擋住了官兵們的追殺，死傷的人估計還要多。可那場風雨阻擋了官兵們渡江，也徹底扼斷了山賊們的生路。一場雨，下了足足有十幾天。十幾天後，天晴雨住，王陽明派人四處搜山，眼前景象幾乎讓人暈厥過去：在那片莽莽蒼蒼的深山密林裏，山洞口，山澗旁，絕壁下，數千具屍體橫藉相枕，他們之中，有男有女，有老有少，卻個個兒衣衫襤褸。他們逃無可去，就在那片密林裏被活活餓死，大堆的屍體已經開始腐爛，整片密林上空彌漫著一種難聞的死亡氣息。
八寨之役以這樣慘烈的方式結束了。
戰爭之後，王陽明依舊依照慣例對有功官兵進行了犒賞。七月初十，他也如往常一樣向朝廷上了《八寨斷藤峽捷音疏》（《王文成公全書》卷十五）及他對斷藤峽、八寨戰亂後的政治管理設想與建議，比如他建議將南丹衛城移築於八寨，這樣有利於加強對八寨的管理，斷絕八寨各寨之間的聯絡；他又建議將思恩府改建於荒田，因此地土地肥沃，地勢平坦，宜於民眾生活；他又建議將鳳化縣縣治改建於三裏，添設流官縣於思龍，增築守鎮城堡於五屯。縱觀王陽明的這些建議，一切圍繞一個“民”字，他要考慮到政治管理的便利，更要考慮人民生活的便利，在此基礎上，才有可能談及民心教化。
威脅朝廷安全已久的思、田之亂，斷藤峽、八寨的匪患，都被王陽明徹底平複了，上報朝廷的捷音疏也已呈上，這些地區的重建修複工作也在有條不紊地進行。王陽明卻並沒有多少功成身就的喜悅之感。戰爭的殘酷廝殺場麵還曆曆在目，如刀剜劍割刺痛著王陽明的心。他一生裏最痛恨的就是戰爭，最不願意去的地方就是戰場。可他卻在這條路上越走越遠，從正德十一年到南贛汀漳破賊開始，到江西平定宸濠之亂，到再南下廣西來平定思、田之亂，斷藤峽、八寨剿匪，王陽明動用了他多少智謀，也耗費了他多少心血。而今，他真的成了風中搖曳的那一盞殘燭，他體內的熱血就要流盡，他生命的燭光，就要暗淡熄滅……