就某方麵來說，巴斯德是為雞的“天花”製造了人工“牛痘”。雖然這個實驗與牛痘毫不相幹，但巴斯德仍然稱它為種痘，以表明琴納的理論對他的幫助。從那時起，人們就普遍地用種痘來表示對任何疾病的接種，而把用來接種的物質稱為疫苗。
疫苗究竟是怎樣抵抗疾病的呢？這個問題的答案可能會給我們一把了解免疫的化學過程的鑰匙。
半個多世紀以來，生物學家早已知道抗體是人體能抵抗感染的最主要因素。病毒，實際上幾乎任何一種異物，一旦加入機體的化學過程就稱為抗原。抗體是人體製造的一種抵抗特定抗原的物質，即抗體與抗原結合，使抗原無法發生作用。
一種抗原究竟怎樣引起一種抗體的呢？皮·埃爾利希認為，身體內平時有少量的各種可能需要的抗體存在，隻要入侵抗原與合適的抗體產生反應，通過結合，抗體能夠將毒素中和，使毒素不能參與任何有害於身體的反應，身體就會供給更多的這種抗體。雖然某些免疫學家仍篤信這一理論或其修正版，但這種說法頗令人懷疑。因為動物似乎不可能準備好千千萬萬種抗體以對抗各種抗原。
另外有些人則認為，身體內存在著一般性蛋白質分子，這些蛋白質分子可以改變形狀與抗原結合。也就是說，抗原充當了抗體成型的模板。1940年，泡令提出了這種理論。他認為，各種抗體隻不過是同一基本分子的各種不同形式而已，所不同的是折疊的方式。換句話說，抗體會隨抗原而改變它的形狀，就像手套可隨手形改變一樣。
隨著蛋白質分析技術的進步，1969年，由埃德爾曼所領導的科學家小組終於研究出由1000多個氨基酸組成的一種典型抗體的結構，埃德爾曼因此獲得1972年諾貝爾醫學與生理學獎。
通過結合，抗體能夠將毒素中和，使毒素不能參與任何有害於身體的反應，抗體也可以與病毒或細菌表麵上的一些區域結合。假如一個抗體能夠同時與兩個不同的點結合的話，那麼抗體就可以引起凝集反應，使兩個微生物粘在一起而喪失繁殖或入侵細胞的能力。
抗體的結合會對參與結合的細胞產生標記作用，使吞噬細胞比較容易將它吞食掉。此外，抗體的結合可能促使補體係統更活躍，因而使補體係統能夠利用酶在入侵細胞的壁上穿孔，將入侵細胞消滅。