古生物學家們經常爭論翼膜是否也連接到後肢。喙嘴翼龍類的索德斯龍以及蛙嘴龍科的熱河翼龍，還有桑塔納岩層發現的翼手龍類化石，證實至少某些物種的膜有連 的。
然而，現代蝙蝠與飛鼠翼膜的連接方式上有相當大的不同，而不同種類的翼龍類可能也有不同的翼膜連接方式。研究顯示翼龍類的四肢比例有相當大的不同，可能反映了不同的翼展方式。
許多翼龍類有蹼狀腳掌，可能不是全部都有，蹼狀腳掌可能具有氣動上的作用，但也有研究認為蹼狀腳掌是種遊泳的證據。某些現代滑翔動物也具有蹼狀腳掌，例鼯猴。
顱骨、牙齒、頭冠
大部分翼龍類具有修長的喙狀嘴。大部分物種具有針狀牙齒’而某些衍化物種則沒有牙齒，例如無齒翼龍科、神龍翼龍科。某些標本的喙嘴保存了角質組織。
大部分主龍類的眼部前方有數個洞孔，而翼龍類的鼻孔與眶前孔連接，形成一個名為鼻一眶前孔（Nasoantorlaial fenestra）的大型洞孔。這個大型洞孔可能具有減輕重量的功能，有助於飛行。
許多翼龍類的頭頂具有頭冠。第一個被發現頭冠的翼龍類是無齒翼龍，其尖頭冠往後。某些物種的頭冠形狀特殊、巨大，由骨質分叉支撐著角質組織構成，龍科龍。
自從20世紀90年代以來，新發現的化石與研究發現翼龍類普遍具有頭冠，與過去的觀點不同。翼龍類的頭冠主要由角質組織構成，甚至是全部，因此很少在化石化過程中保存下來。
科學家借由紫外線技術，檢驗出翼手喙龍與翼手龍屬的化石也具有頭冠。根據過去的理論，隻有衍化的翼手龍類具有頭冠.而近年發現的翼手喙龍、奧地利翼龍也具有頭冠，證實部分喙嘴翼龍類也具有頭冠。
毛翼龍類並沒有發現羽毛證據，但至少部分翼龍類覆蓋著毛，類似哺乳類的毛，但非同源演化的結果。翼龍類的毛與哺乳類的毛發並不一樣，而是獨特的結構，為趨同演化的後果。雖然在有些例子裏，翼膜上的纖維被誤認為毛，有些化石的頭部與身體上的確有毛的壓痕，例友n索德斯龍，翼龍類的毛不類似現今蝙蝠的毛，這是另一個趨同演化的例子。毛的出現是基於飛行的需求，也顯示翼龍類是溫血。
行走
翼龍類的臀窩是稍微往側上方，股骨頭適度的往內側彎，顯示翼龍類是半直立步態。當它們飛行時，大腿可能抬高到與身體平行的高度，類似現代的滑翔蜥蜴。過去曾有爭論翼龍類在地上移動時，是采用四足方式還是二足方式行走。1980年，古動物學家凱文·帕迪恩（Kevin Padian）指出較的翼龍類有較長的後肢，例如雙型齒翼龍，它們除了飛行以外，行走與奔跑時可能采用二足方式，如同現代的走s。現在已發現大量的翼龍類足跡，呈現出明顯的後肢四趾與前肢三祉的足跡，可證實翼龍類的確以四足在地上移動。較大的翼龍類有較小的後肢與大型的身體前半段，一般認為它們在地麵上移動時使用四肢。
根據目前所發現的翼龍類足跡化石，可以發現它們正在涉水或找食物，還沒有發現可證明它們在飛行或滑翔的足跡化石。大部分的脊椎動物是趾行動物，行走時以腳趾接觸地麵，腳踝不接觸地麵；從足跡化石顯示，翼龍類行走時以腳掌接觸地麵，類似人類與熊，都屬於踱行動物。神龍翼龍科的足跡化石顯示，至少有部分翼龍類行走時采取直立步態，而非往兩側延展的步態。
傳統的觀念認為，翼龍類在地麵的行動相當笨拙、不方便；但研究發現，至少部分翼龍類（尤其是翼手龍亞目）能夠順利的行走、奔跑。與其他翼龍類相比，神龍翼龍科與鳥掌翼龍科的前肢相當長.神龍翼龍科的手臂骨頭與掌骨特別地修長，它們的前肢比例，接近善於奔跑的有蹄類哺乳動物。它們的後肢不適合高速奔跑，但步伐比其他翼龍類更大。神龍翼龍科可能無法奔跑，但它們可以快速、有效率地行走。
借由比較翼龍類與現代鳥類的手掌、腳掌與身體的比例，科學家可以推測翼龍類在地表的生活方式。與神龍翼龍科的體型與後肢相比，它們的腳掌相當小，腳掌長度是脛骨的25%—30%。這顯示神龍翼龍科較適合在幹燥、硬的地麵上行走。無齒翼龍的腳掌較長，長度是脛骨的47）。濾食性的翼龍類（例如梳頜翼龍超科）具有非常大的腳掌，舉例而言，翼手龍屬的腳掌長度是脛骨的69），而南翼龍的腳掌長度是腔骨的84），大的腳掌、脛骨比例代表它們適合在軟而泥濘的地麵行走，類似現代鳥類。
繁衍
關於翼龍類的繁衍行為的資料很少。在中國遼寧省的一個采石場發現了1個翼龍類的蛋，同一個地點也發現了許多著名的有羽毛恐龍。這個蛋被壓扁，但沒有破碎的跡象，顯示這個蛋有皮革質的外殼，如同今日的蜥蜴。胚胎的翼膜已經發展良好，顯示翼龍類出生後不久就可以飛行。索倫霍芬石灰岩發現的非常年輕的個體可以證實，該個體可能飛躍潟湖的中央時，摔落並淹死。目前不確定翼龍類的父母是否會照顧後代，但從它們相對較早的飛行能力，顯示幼年體並非完全依靠親代。