為了保證保持共產黨員先進性教育活動取得成效，必須製定科學的方法步驟，同時各級黨的組織要加強對先進性教育活動的組織領導。根據我們黨自身建設的曆史經驗，共產黨員先進性教育活動隻有按照科學的方法和步驟來進行，並在整個過程中加強組織領導，才能獲得好的成效。
一、開展先進性教育活動的方法步驟
根據我們黨自身建設的曆史經驗，共產黨員先進性教育活動大致應當經過如下三個階段：一是學習動員階段，即進行深入的思想發動，組織好黨員的學習培訓；二是分析評議階段，即在認真學習的基礎上，組織黨員和黨員領導幹部，全麵總結自己的情況；三是整改提高階段，即針對征求意見，自我剖析中查找出的問題和民主評議中反映的問題，認真製定整改措施，明確整改重點，落實整改責任。
（一）學習動員
學習動員，即進行廣泛深入的思想發動，組織好黨員的學習培訓，使廣大黨員進一步深化對鄧小平理論和“三個代表”重要思想的理解，深化對黨的十六大和十六屆四中全會精神的理解，從國際國內形勢和全黨全國工作大局的高度深化對加強黨的執政能力建設的認識，明確共產黨員保持先進性的基本要求。組織黨員認真學習《保持共產黨員先進性教育讀本》，重點學習十六大《黨章》。根據黨員的實際情況，采取個人自學、專題輔導和上黨課等多種形式，確保學習培訓的效果。黨員領導幹部要積極參加所在黨支部組織的專題學習，參加黨委(黨組)中心組的專題學習。
各級黨組織對這一階段的工作要高度重視，廣泛宣傳，深入動員，精心組織，不斷創新，務求實效。有條件的市(地)、縣(市、區)可召開動員大會，進行集中動員；基層黨組織要在做好思想政治工作、進行廣泛發動的基礎上，召開全體黨員大會，集中進行思想動員。各級黨組織主要領導同誌要親自作動員講話，緊密聯係實際，進一步深化對開展好先進性教育活動重要性、緊迫性的認識，對這一階段工作的指導思想、總體要求、需要把握的關鍵問題和時間安排等，進行具體部署。同時，要做深入細致的思想政治工作，解決黨員的思想問題同解決黨員的實際問題相結合，解除他們的後顧之憂，激發基層黨組織和廣大黨員參與教育活動的內在動力。要確保參與率，保證各單位的全體黨員都參加教育活動。
第一，注重統一思想。開展好黨員先進性教育活動，重要的是思想認識要統一，要不斷提高，這是開展好教育活動的基礎。全體黨員思想認識不斷提高的過程與先進性教育活動推進的過程是緊密聯係在一起的，隨著先進性教育活動的不斷推進，黨員的思想認識也要不斷提高。要針對部分黨員同誌存在的一些思想障礙，認真加以解決，使其深刻認識開展先進性教育活動的重要性、必要性和緊迫性。根據試點階段反映的情況，要著重防止和解決好以下思想疑惑：
一是認為“三講”教育活動剛搞過不久，再搞新的教育活動是否必要?這種思想疑惑主要在一些縣以上黨員領導幹部中存在。六年前，曾經開展過“三講”教育，縣以上黨員領導幹部都參加過。這次開展的先進性教育活動，其內容和對象與“三講”教育活動都有顯著不同。“三講”教育活動是以“講學習、講政治、講正氣”為主要內容，對象是縣處級以上領導班子和黨員領導幹部，主要是解決領導班子和黨員領導幹部在黨性黨風方麵存在的突出問題。而這次開展的先進性教育活動，是以學習實踐“三個代表”重要思想為主要內容，對象是全體黨員，主要解決黨員隊伍在思想上、組織上、作風上存在的突出問題。我們黨每處在一個關鍵時期，都要集中力量抓黨內的學習和教育，做好充分的思想準備和組織準備。現在正處於全麵建設小康社會的關鍵時期，這是一個必須緊緊抓住並且可以大有作為的重要戰略機遇期。在這樣的關鍵時期，在全黨開展先進性教育活動，統一全黨的思想和行動，是非常必要的。
二是認為當前黨內還存在著某些形式主義的傾向，這次教育活動會不會搞形式、走過場?教育活動能否做到不流於形式、不走過場，關鍵在加強領導，重點在廣泛發動黨員群眾。各級黨委和黨組要從自我做起，以高度的政治責任感，嚴肅認真地搞好教育活動，堅決反對形式主義、走過場。各單位的黨組織，特別是黨員領導幹部，也要做到這一點，認真搞好本單位的教育活動，抓好每個環節，務求實效。各級各部門教育活動領導小組要組織力量，加強對教育活動的檢查指導，及時聽取群眾意見。發現教育活動不得力的，要明確指出，責令糾正；有不足之處的，要及時幫助彌補；走了過場的，要嚴肅批評，重新補課。隻要我們加強領導，精心組織，深入發動，教育活動是可以收到好的效果的。同時，我們也要認識到，教育活動不是一勞永逸的，通過一次教育活動，不可能把所有問題全部解決。加強黨的建設，提高黨員素質，是一項長期而艱巨的任務。
三是認為現在工作任務很重，搞教育活動會不會耽誤工作?有這種想法的同誌可能不少。我們不否認搞教育活動需要精力，需要時間。但是這項教育活動的根本目的之一就是要加強黨員幹部隊伍的思想政治建設和能力建設，提高黨員幹部的整體素質，把思想和行動落實到全麵建設小康社會的各項工作中去。黨員的素質提高了；積極性調動起來了，黨組織的作用發揮好了，做好各項工作就會事半功倍。從領導角度來講，要善於借這個東風帶好隊伍、搞好結合；推進工作，關鍵是不能搞“兩張皮”，不能教育歸教育、工作歸工作；要做到聯係實際，圍繞中心工作開展教育活動，通過教育活動達到促進各項工作的根本目的。
總之，要使黨員認識到，開展先進性教育活動，不是為活動而活動，而是要為全麵建設小康社會、開創中國特色社會主義偉大事業新局麵提供堅強的組織保證。同時，這次活動對解決好本單位黨員、黨組織存在的某些思想和工作中的問題是一個難得的、極好的機遇，是一個解放思想、解決問題、增強凝聚力的過程，失去這個機遇，就可能失去加快發展、開拓創新的機遇。
第二，注重製度保障。一是要建立學習組織。為了使教育活動更加紮實，更具特色，更好地發揮基層黨組織的積極性、創造性，要確定以基層黨委為基本單位，工作的中心落實在黨支部上，主要由黨支部書記作為集中學習的召集人。在學習過程中，教育活動領導小組成員和辦公室工作人員或聯絡員要經常深入到基層黨委、黨支部列席活動。各基層黨支部書記要率先垂範，以身作則，高度負責，精心組織，提高學習質量，保證學習效果。二是，要豐富學習內容。各基層黨組織要圍繞學習實踐“三個代表”重要思想這條主線搞好學習，要以黨的十六大報告和《中國共產黨章程》為學習重點，以《保持共產黨員先進性教育讀本》為主要教材，同時根據黨員的思想實際和崗位需要，適當增加一些輔助性學習材料，以增強教育活動的針對性。應當注意的是，不能用學習輔導材料代替學習原文，不能用學習本單位工作安排等代替中央規定的學習內容，不能用學習適用技術知識代替學習理論。三要嚴格學習紀律。保證集中學習時間，認真落實中央規定的集中學習時間不少於40學時的要求。製定嚴格的學習考勤製度、請假製度和補課製度，如實記錄每個黨員的參學情況，作為黨性分析、民主評議的一項重要內容，作為考核黨員本人參加先進性教育活動表現的重要依據。要嚴格監督檢查，從而保證時間、人員、內容、質量的落實，做到讀書有筆記、發言有提綱、討論有記錄、學後有心得。領導小組和工作小組要定期不定期對基層黨組織領導班子成員的讀書筆記、學習心得、考勤記錄筆記進行檢查，各基層黨委對所屬黨支部委員進行檢查，黨支部書記對本支部黨員進行檢查。對基層好的經驗和做法要及時予以宣傳推廣，對學習討論不認真、不遵守學習紀律的人和事要進行批評；四是要創新學習方式。堅持多樣性，注重靈活性，確保實效性。要堅持集中學與分散學相結合、學理論與學業務相結合、灌輸教育與形象教育相結合，從本部門本單位實際出發，采取多種方式，組織不同層次的黨員進行學習培訓。可以對照先進學，帶著問題學，跟著典型學，親臨現場學，互相交流學；可以規定篇目係統學，重點篇目反複學，專題輔導深入學，寓教於樂靈活學，交流體會啟發學，嚴格紀律督促學；可以向群眾學，向基層學，向實踐學，等等。通過這些教育形式’，使學習內容真正人腦入心。五是要端正學習風氣。在學習中，要引導黨員發揚理論聯係實際的學風，緊密聯係本地區、本單位、本部門工作實際和個人實際，帶著問題進行學習和思考。要做到“四勤”，即“眼勤”，認真通讀原著；“腦勤”，認真思考和領悟；“手勤”，認真做好筆記寫好體會；“嘴勤”，積極發言討論。在學習過程中，黨員領導幹部要以普通黨員的身份參加所在黨支部的學習，嚴格按照規定的學習計劃和時間，帶頭讀書，深入領會，帶頭參加輔導，帶頭發言討論，為廣大黨員做出表率。
第三，加強組織領導。為做好第一階段的工作，各級教育活動領導小組要在充分調研的基礎上，結合上級有關要求，向所屬地方和單位黨組織對思想發動、學習內容、學習紀律等問題提出指導性要求。要加大宣傳交流，充分利用報紙雜誌、電視廣播、電腦網絡、工作簡報等新聞媒體進行廣泛宣傳，做到每期有專題，努力營造一個良好的氛圍。大力宣傳教育活動的最新情況，宣傳黨員隊伍中的先進典型，宣傳群眾對教育活動的意見、建議，宣傳基層黨組織開展教育活動的成效和經驗。切實提高廣大黨員投身先進性教育活動的自覺性，大大激發廣大群眾關心、支持、參與先進性教育活動的熱情。要注意防止不想學、不會學、學不深等問題。從往年教育活動工作的情況來看，一些地方在學習培訓階段表現出來的主要問題和不足有：由於時間緊，工作任務重，學習的內容多，有的同誌在多學點、學細點、學深點等方麵做得還不夠；各單位之間開展活動不平衡；極個別同誌對開展先進性教育的重要性認識還不十分到位，或者說還未完全到位，學習的積極性和自覺性還不夠高；個別人鑽研問題不求甚解，滿足於讀過了、看過了，在深入上下功夫不夠；個別同誌在討論中聯係實際欠缺；個別同誌不能很好地處理工作與學習的關係，學習效果不盡如人意。這些都需要在開展活動中加以防止。
要堅持邊學邊查邊改。這是整個教育活動始終堅持的一條重要原則。從學習培訓一開始，就要聯係調查摸底發現的問題，聯係本單位的工作實際，聯係黨員個人的思想和工作情況，邊學習，邊思考，邊改進。要從廣大群眾意見最大、最不滿意的事情改起，從群眾最希望辦、眼下能夠辦好的事情改起，，讓廣大群眾切實感受到教育活動帶來的變化。
教育活動第一階段的工作基本結束時，各部門、各單位要組織一次“回頭看”活動，對這一階段的工作進行認真檢查，寫出總結和轉入下一階段的請示，經上級教育活動辦公室審查並經領導小組同意後，方能轉入下一階段。要按照時間服從質量的原則，凡是沒有完成學習任務的，凡是自身存在問題找不準的，凡是參學率達不到要求的，凡是思想認識沒有明顯變化的，一律不能轉入下一階段。
（二）分析評議
在認真學習的基礎上，組織黨員和黨員領導幹部，對照《黨章》規定的黨員義務和黨員領導幹部的基本條件，按照“兩個務必”和“八個堅持、八個反對”的要求，全麵總結自己近年來的思想、工作和作風等方麵的情況，重點檢查存在的問題，從世界觀、人生觀、價值觀上剖析思想根源，領導幹部還要從權力觀、地位觀、利益觀方麵進行剖析。有書寫能力的要撰寫黨性分析材料。黨組織要采取適當方式廣泛征求群眾意見，並將征求到的意見如實向黨員反饋；領導機關和黨員領導幹部要多渠道多層次征求有關方麵的意見。在廣泛開展談心活動的基礎上，召開專題組織生活會，黨員之間進行評議，開展批評與自我批評。領導班子還要召開黨員領導幹部專題民主生活會。黨支部根據民主評議情況、征求到的群眾意見和黨員的一貫表現，提出對每個黨員的評議意見。