在這一階段，為了防止失之空泛，流於形式，不觸及思想靈魂，要本著對黨員負責、對教育活動負責、對黨的事業負責的精神，堅持高標準、嚴要求，來真的、動實的。
第一，嚴格要求。組織黨員認真學習“三個代表”重要思想，學習《黨章》、黨規和黨員先進性標準，學習處置不合格黨員的意見，統一思想認識，明確標準要求。要精心組織好民主評議會，充分做好會前準備工作。確保每個黨員都要接受組織、黨員和群眾對自己的評議，同時，也要評議其他黨員，不遺漏一名黨員。對短期外出流動黨員，原則上要求返回原單位參加民主評議，確因特殊情況不能返回的，經組織同意，可在異地寫出個人書麵剖析材料，對每個黨員提出評議意見，並填寫黨員民主評議表寄回，參加評議。對年老體弱，臥床不起的黨員，可以通過上門了解情況、設立流動票箱或通過郵寄方式參加評議。同時，要吸收一定數量的群眾代表參加評議。原則上，群眾參評人數要占黨員人數三分之一以上，不足三分之一的，要吸收全部群眾參加。
第二，嚴格認定。要堅持正麵教育、自我教育為主的原則，既要突出正麵教育，又要解決黨員中存在的問題；既要讓每個黨員的思想有所觸動，又不能搞人人過關。對每個同誌的評議結果要綜合分析，既要依據這次評議的情況，又要依據其一貫表現和群眾的一貫反映。對評議中反映出的黨員的嚴重問題，要組織力量進行調查核實。確保反饋問題的客觀真實性。要堅持實事求是，具體問題具體分析，把因認識模糊，對黨的方針、政策和決議貫徹執行不力與喪失信仰和黨性立場，反對、抵製黨的路線、方針、政策區別開來；把由於黨組織不健全、活動不正常造成黨員不能履行義務、無法參加黨組織活動與黨員本人主觀上不願意履行義務、不參加黨組織活動區別開來；把由於因能力弱所造成的先進性不突出，與主觀上不努力明顯落後於群眾區別開來；把因年老體弱等特殊原因，難以發揮黨員作用與革命意誌衰退，不發揮作用區別開來。通過一係列嚴謹細致的工作，對每個同誌做出正確客觀的評價。綜合評價共分為優秀、合格、基本合格、不合格四個檔次。
第三，嚴格程序。整個評議過程，要做到環環相扣，一個環節不少、一個步驟不缺，細致工作，確保不出現遺留問題。整個評議基本上分六個步驟；黨員彙報個人總結；組織黨員群眾民主評議；組織填寫(民主測評表)；讓每位黨員和群眾分別進行評議，並做出綜合評價；根據民主評議表現，形成對每個黨員的評議意見；將評議意見向本人反饋，並召開支部大會討論通過；公布評議結果，接受群眾監督。支部會議形成正式意見後，向所在單位上一級黨組織彙報，經審查同意後，提請支部大會通過，並向每個黨員反饋意見。
“黨性分析、民主評議”階段基本結束後，各單位要認真檢查總結這一階段的工作，向先進性教育活動領導小組辦公室寫出階段工作總結和轉入下一階段的請示，經先進性教育活動領導小組辦公室審閱同意後轉入下一階段。
（三）整改提高
針對征求意見、自我剖析中查找出的問題和民主評議中反映的問題，認真製定整改措施，明確整改重點，落實整改責任，並按照《黨章》的要求切實進行整改。屬於黨員個人、基層黨組織和領導機關的問題，要分別製定整改措施。上級機關和黨員領導幹部的整改，要為下級機關和其他黨員作出表率。製定整改措施和進行整改的情況，都要充分聽取群眾意見，並在適當範圍內公布，接受群眾監督。
在這個階段，黨組織要緊緊抓住整改這個關鍵，從關心愛護的角度出發。引導每個黨員針對在教育活動中查找出的問題和黨組織的評議意見，本著有什麼問題就解決什麼問題的原則，製定整改措施，切實加以改正。對評議為優秀的黨員，要給予表彰；對有這樣或那樣缺點錯誤的黨員，民主評議中問題較多、群眾意見較大的黨員，要區別不同情況，或給予提醒和打招呼，或給予嚴肅批評和耐心教育，以幫助他們深刻反思，正確認識和克服缺點，認真整改，以實際行動取得組織和群眾的諒解。對評議為不合格的黨員，要貫徹懲前毖後、治病救人，先教育轉化、後組織處理的方針，既不能失之於軟、失之於寬，讓群眾認為沒有動真格；又不能處置麵過大，搞得人人自危，搞成人人過關。要從實際出發，嚴格政策，嚴格程序，嚴格標準，嚴格把關，確保使被處置的黨員口服心服，使其他黨員從中受到教育和警示，達到處置一人、教育—片的目的。對違法違紀的黨員，要按照有關規定給予相應的黨紀政紀處分。
基層黨組織要針對存在的問題，從黨員、群眾最不滿意的事情改起，從黨員、群眾最希望辦的事情做起，使群眾實實在在地感受到黨員先進性教育活動帶來的變化和進步。能改的要馬上就改，應該解決但一時解決不了的，要向黨員、群眾說明情況並製定逐步解決的措施辦法。
保持共產黨員先進性是黨的建設的永恒主題。因此，這一階段工作最重要、最根本的，是要認真鞏固整改成果，把教育活動中有效的工作措施和改進方法，堅持下去，發揚光大，形成製度，建立長效機製，長期發揮作用。就是說，要通過這次開展先進性教育活動，完善在市場經濟條件下加強黨的建設的各項工作製度，建立保持共產黨員先進性常抓不懈的工作機製。
我們黨曆來重視建立健全保持共產黨員先進性常抓不懈的工作機製。江澤民同誌指出：“切實管好六千多萬黨員，這是當前黨的建設麵臨的一個很突出的重大問題。黨的建設必須從對基層組織和每個黨員幹部的思想、作風和組織性、紀律性的管理與教育抓起，而且要鍥而不舍地抓下去。”“從嚴治黨，關鍵在於建立起一整套便利、管用、有約束力的機製，使黨的各級組織對黨員、幹部實行有效的管理和監督。”[江澤民：《論黨的建設》，中央文獻出版社2001年版，第376、374頁。]黨的十六大報告進一步提出：“適應新形勢，…探索黨員管理工作的新機製新方法”。但是，在實際工作中；如何對黨員實施有效的教育、管理和監督，以確保黨員保持先進性，一直是困擾黨員隊伍建設工作的大問題。
探索適應新形勢的黨員教育管理新機製和新方法，最重要的是，本著便利、用、有約束力的要求，把對黨員的嚴格教育與對黨員嚴格有效的管理和監督結合起來。但當前黨員隊伍建設一方麵存在力度不大的問題，另一方麵又存在著黨員教育與黨員的管理和監督三者之間相互脫節的現象，存在著規範化、製度化落後的狀況。這種情況在相當程度上製約了黨員隊伍建設的整體水平和效果。在黨員隊伍建設中，有必要樹立成本意識和效益意識，把對黨員的思想教育、組織管理和紀律監督有機結合起來，建立健全一整套融黨員教育、管理和監督於一體的黨員隊伍建設新機製，最大限度地發揮教育、管理和監督的綜合效應和整體優勢。
二、開展先進性教育活動的組織領導
開展先進性教育活動，是全黨政治生活中的一件大事。各級黨組織要高度重視，周密部署，統籌安排，精心組織，切實做到把實踐“三個代表”重要思想作為主線貫穿始終，把學習貫徹黨章、黨的十六大和十六屆三中、四中全會精神貫穿始終，把不斷提高思想認識貫穿始終，把激發黨員的內動力貫穿始終，把見實效貫穿始終，把加強領導貫穿始終。
（一）建立領導責任製
先進性教育活動的領導關係，原則上按照黨組織隸屬關係確定。黨的組織關係在地方的中央所屬企事業單位的先進性教育活動，由地方黨委領導，上級主管部門協助配合。各地各部門的先進性教育活動，黨委(黨組)要全麵負責，主要負責同誌要親自抓，一級抓一級，層層抓落實。要充分發揮機關黨委等基層黨組織的作用，發揮基層黨組織負責人作為直接責任人的作用。中央成立保持共產黨員先進性教育活動領導小組，在黨中央的領導下開展工作。中央先進性教育活動領導小組下設辦公室，負責對先進性教育活動的具體指導。各地各部門也要成立相應的領導機構和工作機構，落實領導和指導責任。對那些軟弱渙散、不能領導先進性教育活動的基層黨組織，要先進行整頓，再開展先進性教育活動。對那些開展先進性教育活動確有困難的基層黨組織，要切實幫助他們解決困難，為他們開展好先進性教育活動創造必要條件。先進性教育活動要本著勤儉節約的精神進行，同時要有必要的經費保證。
（二）建立黨員領導幹部聯係點製度
各級黨員領導幹部都要根據不同批次先進性教育活動的特點，結合各自分工確定聯係點。通過深入聯係點調查研究、督促檢查、具體指導，使聯係點成為先進性教育活動的示範點。要幫助聯係單位進一步理清工作思路，找出工作差距，解決實際問題。
（三）建立督查製度
在第一批次先進性教育活動開展時，中央先進性教育活動領導小組向各省區市、中央直屬機關和中央國家機關各部門以及中央和國務院直屬事業單位、中央金融機構、部分中央企業派出督導組，各地各部門也要向所屬地方和單位派出督導組。在第二批次和第三批次開展時，中央先進性教育活動領導小組向各省區市和有關部門派出巡回檢查組，各地各部門向所屬地方和單位派出督導組或巡回檢查組。督導組和巡回檢查組通過各種有效方式，了解所去地方和單位的先進性教育活動情況，提出建議，督促解決問題，防止形式主義，防止走過場。
要針對教育活動不同階段的特點加強督查。在學習培訓階段，重點圍繞增強學習教育實效抓督查，堅決防止空對空的學習、空對空的議論；在分析評議階段，重點圍繞調動黨內外積極性、找準突出問題進行督查，堅決防止黨性分析表麵化、程式化，民主評議搞形式主義；在整改提高階段，重點圍繞落實整改措施和建章立製抓督查，堅決防止前緊後鬆、整改不見效果和虎頭蛇尾、治標不治本等傾向。
（四）建立群眾監督評價製度
先進性教育活動的有關情況要及時向群眾公布。廣泛征求和聽取群眾意見，充分吸收群眾參與，主動接受群眾監督。在先進性教育活動結束前，采取群眾代表評議和在群眾中隨機抽樣調查等形式，由上級黨組織對下一級的先進性教育活動進行群眾滿意度測評。多數群眾不滿意的，必須及時“補課”。
各級黨組織要在堅持先進性教育活動基本要求的前提下，結合本地區本單位實際，積極探索，大膽創新，運用行之有效的活動方式和載體，豐富活動內容，強化活動效果，使先進性教育活動充分體現時代性和創造性。要搞好輿論宣傳，充分運用報刊、廣播、電視、圖書，互聯網等媒體，大力宣傳開展先進性教育活動的重大意義，宣傳黨員和黨員領導幹部中的先進典型，宣傳先進性教育活動的做法、經驗和成效，為先進性教育活動營造良好的輿論氛圍。
先進性教育活動結束後，各省區市、中央直屬機關和中央國家機關各部門黨委(黨組)要向中央報送總結報告。各地要表彰一批優秀共產黨員。在此基礎上，中央將在建黨85周年前夕，表彰一批全國優秀共產黨員和先進基層黨組織。