雖然，在聽取島內航空界人士對直航的取向時，六家航空公司眾口一詞，明言一旦直航成行，即使賠錢也要飛，以搶占祖國大陸航線的先機，而且島內知名學者也紛紛給予讚同，對直航樂觀其成。但是，台灣當局就兩岸直航作出的應對，卻讓章孝嚴明顯感到這些人對“三通”有太多的顧慮，他們不會給直航任何鬆動。
章孝嚴勢必要調整策略，另做打算。
章孝嚴與朱鳳芝、許榮淑等多位有識之士圍繞包機直航所蘊含的中華民族有歡度春節的傳統文化，出門在外的人有過年家人團圓的鄉情，在祖國大陸的台商有春節回鄉過年的民意，反複作出商議，而後，章孝嚴寫下了《試點包機直航方案》，周全嚴密地就台灣的客機，搭載台灣的民眾，從祖國大陸返鄉，提出了從人道上解決台商返台過年一票難求的問題，解決他們轉機勞頓與返家無門之苦。
對《試點包機直航方案》議定之後，詹清池把方案送至台灣當局主管部門。隨即章孝嚴、詹清池則多次約見有關人士，力陳包機直航的必要。
2002年10月24日上午，童孝嚴向台灣當局的“立法院”遞交了《台商春節包機》提案，獲得了一百四十位“立委”聯署，其中有二十六名民進黨“立委”也在提案上簽名聯署，以大大超過“立法院”半數“立委”的陣勢，將包機直航作出了大步推進。
三天後，詹清池飛往北京，依然經馮卓誌安排接待，麵見國務院台辦經濟局何世忠局長，詳告章孝嚴等運作包機直航的進展，得到了又一次認同和讚許。隨後，按照上海市台灣同胞投資企業協會理事長葉惠德、秘書長謝力軍告知的將有三萬多台商和眷屬春節回鄉的實情，章孝嚴作出了台灣六家航空公司各飛二十班包機，共一百二十班包機接連直航上海的計劃，顯示出了實現兩岸包機直航的氣勢和信心。
接手兩岸包機直航提案，台灣當局主管部門起初持完全反對立場，請來“立委”、“交通部次長”、“國防部”要員召開公聽會，與會的兩位少將重談“安全”陳調，提出了二十八個反對的理由，並拿出了二十八個應變措施。麵臨重壓，章孝嚴機敏地銳言反問：“你們已經有了二十八個應變措施，那就說明包機直航沒什麼問題了。”問啞了發自“國防部”的反對包機直航的雜音。
而台灣當局主管部門雖在11月12日用0052編號新聞稿的形式，發布了《就春節期間兩岸包機直航決策之說明》，在提出了極大的限製後，允諾台灣包機經停港澳地區飛往祖國大陸。但是依然聽從某些讒言，認為前往祖國大陸的台灣客機的國籍登記執照、適航執照、無線電使用執照和機長證、機員證的“三照兩證”查驗會太複雜，沒有兩岸協商不可能解決，想以此來將一百四十位“立委”的提案擱置。章孝嚴又一次站起提出：“你們說必須協商，又無法協商，那麼我來協商。”
11月18日上午11時，他給國務院台辦經濟局何世忠局長發去專函，告知就包機種種技術與實務問題，以“中國台商發展協會”理事長名義，邀請數位人士、航空業界及台商協會代表，將於本月21日赴北京與相關主管單位作先期協調與溝通，以加速具體作業之推動。
在得到了何世忠局長歡迎前來的複函後，11月21日上午，章孝嚴和朱鳳芝、邱鏡淳、江綺文、張昌財等人士，以及詹清池等飛往北京，由海峽旅行社總經理馮卓誌接機，於傍晚時分住進香格裏拉酒店。隨後，中國民航總局台港澳辦公室主任浦照洲以中國航空協會的名義，在東四十條的滬江香滿樓宴請章孝嚴一行，並圍繞兩岸包機直航作了初步商洽和溝通。