“天津教案”發生後，法、英、美等國一麵向清政府提出抗議，一麵調集軍隊進行威脅，聲稱不秉公辦案就要攻打紫禁城。同治皇帝非常害怕，一麵要各地嚴格保護教堂，彈壓群眾，避免類似事情再發生；一麵派直隸總督曾國藩前往天津查辦。
曾國藩在去往天津之前，就預感到這次是凶多吉少，特地留下了一封遺書。
曾國藩在同治九年六月初十一到天津，立即發布名為《諭天津士民》的告示，指責天津市民的犯罪行為，警戒市民不要再挑起事端，這引起了天津市民極大的不滿；曾國藩隨後釋放犯法教民，並在奏折中為洋人的行為進行辯護和洗刷，把所有的罪責全部推到天津市民身上。這道奏折傳出以後，全國輿論大嘩，“自京師及各省皆斥為謬論，堅不肯信”，“議譏紛起”，“責問之書日數至”。曾國藩自己也承認：“敝處六月二十三日一疏，庇護天主教本乖正理”，“物論沸騰，致使人不忍聞”。
盡管如此，但曾國藩仍然沒有把老百姓的呼聲放在心上，堅持己見，一意孤行，按照法國人的要求在天津大肆搜捕參加反洋教的群眾，說是要“緝拿凶手”。但天津民眾卻把這些敢殺洋人的人當成英雄，致使曾國藩雖然抓了80多人，但其中供認自己有罪的也沒有幾個人，大家都不願承認自己有罪，也不指認他人有罪。曾國藩認為如果人殺少了，洋人是不會滿意的，也不會泄氣，這個案件也就不會很快地終結。於是一麵對被捕群眾嚴刑拷打，一麵加緊搜捕，一定要湊夠20人。曾國藩認為：“殺人償命是天經地義的道理，何況殺的還是20多個洋人，如果洋人挑釁，對華開戰，那還得了。”他的得意門生李鴻章也認為“要一命抵一命，好盡快了結此案”。曾國藩認為隻有這樣才能使洋人滿意，長保“和局”。他在給清廷的奏折中認為“我們目前的兵力，根本就不是洋人的對手，為今之計，隻有委曲求全，以求自保”。
曾國藩處理“天津教案”的方式是：殺20人，流放25人，把天津的知府、知縣革職流放黑龍江“效力贖罪”；支付撫恤費和賠償財產損失銀49萬兩；派崇厚作為中國特使到法國賠禮道歉。
1871年1月24日，崇厚、張德彝一行抵達法國馬賽。當時，正值普法戰爭法國戰敗之時，法國政府無暇顧及清朝的這個“謝罪使團”，結果崇厚等人在法國一直待了近一年，此事也就不了了之。
“天津教案”辦結之後，曾國藩遭到了輿論的譴責。“詬詈之聲大作，賣國賊之徽號竟加於國藩。京師湖南同鄉尤引為鄉人之大恥”，會館中所懸曾國藩之“官爵匾額”“悉被擊毀”，並將其名籍銷去，即不再承認他是湖南籍人。曾國藩聽到這些之後，後悔不及，自己一世的英明，毀於一旦，這一點，他是怎麼也沒有謀算到的。這也許就是人算不如天算吧。
曾國藩這位“中興名將”、“曠代功臣”，轉瞬之間變成“謗譏紛紛，舉國欲殺”的漢奸、賣國賊，“積年清望幾於掃地以盡矣”。
1872年3月12日，曾國藩因病在南京去世，享年62歲。他就這樣匆匆地走了，他的一生是漫長的，因為他把清朝的曆史延續了60年；他的一聲又是短暫的，62年在曆史長河中隻不過是一瞬而已。但是他到底是一個什麼樣的人呢？
梁啟超說：“自近代以來，或從有史以來，也沒有多少在做人方麵很成功的人，不但在我們國家沒有幾個，就連全世界也沒有幾個，但是曾國藩是其中的一個。他雖然沒有超群絕倫的才華，甚至在當時的諸賢傑中，還顯得很鈍拙，但他一生立德、立功、立言，成就斐然，沒有多少人能與他相比。他很注重自身的修養，勤奮好學，不求一時之‘得’，也不在意一時之‘失’。做人謙遜，毫不張揚，堅苦卓絕，銖積寸累，磨礪萬世之功……”
曾國藩是中國曆史上最具有爭議的大人物。讚揚他的人，稱他為“完人”，似乎與“十全老人”乾隆有得一拚，說他勤奮自勉，功垂古今；說他深得孔孟思想的精髓，猶如孔子轉世。批評他的人，說他是賣國賊，是民族的罪人，隻為了保全自己的名利地位而置“民族大義”於不顧。這樣的大譽大毀之人，在中國曆史上又有多少呢？在世界曆史上又有多少呢？是非功過，都留給後人去評說吧。