司馬遷《史記·凶奴列傳》，謂匈奴先祖淳維是夏後氏之苗裔，亦即匈奴與漢族同為夏禹後代。康有為據此證明滿、漢同出一源，這對革命派宣傳“反滿”、爭取“光複”，是重大的思想障礙。為駁倒康有為，掃除“反滿”宣傳障礙，章太炎首先論證滿族並非匈奴後裔，指出滿族在中國稱東胡，在西方稱通古斯種，與匈奴並非一族，從根本上抽掉康有為為之立論的基礎；進而又從古書上找出“智果自別為輔氏、管氏變族為陰家”的史事，說明“名號不同，譜諜自異”，即使匈奴與滿族有族源聯係，也因匈奴早已遠離華夏，言語、政治、飲食、居處，一切都自異於域內，不得再“謂之同種”了。
康有為以曆史上氐、羌、鮮卑、百越等許多少數民族，“今皆與中夏相雜”，已無從與漢族區別為例，以證明今之滿、漢亦無需再區別。章太炎駁之曰：曆史上五胡“始嚐宰製中華”，但隋唐統一中國，這些民族“著土傳籍，同為編氓，未嚐自別一族，以與漢人相抗”，亦即早已與漢族同化；而今日滿族卻仍保持自己的祭祀、服飾、語言、文字，等等，又有種種特權，不僅未“歸化”漢人，且在“陵製漢人”，當然不能與“五胡”之已與漢族同化相等同。
康有為說《春秋》開始時視吳、楚二國為域外，後來卻平等看待之，以證明滿、漢二族初雖不同，現應視作一樣。章太炎反駁道：吳、楚二國所在之揚、荊二州，本為《尚書·禹貢》所記古代中國疆域“九州”中兩個州，與中原各州“國土種類，素非異實”，文化語言亦無大殊，“豈滿洲之可與共論者乎”？
康有為列舉同治朝以來許多漢人充任京內外大臣，以及清朝廢除明朝“廷杖”、“鎮監”等酷政，用“一條鞭法”代替“大戶加稅”、“開礦”等苛勒，證明滿漢平等，漢人並非滿人之奴隸。章太炎列舉大量史事批駁他：乾隆時福康安“一破台灣而遂有貝子、郡王之賞”；同治時曾國藩等打敗太平天國，使清朝免於覆滅，卻“爵不過通侯，位不過虛名之內閣”；沈桂芬、翁同、李鴻藻、孫毓汶等軍機大臣，更是“階位雖高，猶之閹官仆豎”。而“一條鞭法”名為永不加賦，但“耗羨”、“平餘”卻甚重；徭役雖免，“而舟車工匠，過事未嚐獲免”，這些，“其酷有甚於加稅、開礦者”。
至於“廷杖”雖除，但一係列文字獄卻比“廷杖”要“毒螫百倍”！
康有為極力論證和歌頌光緒帝之“聖明”；章太炎則如同對多爾袞、玄燁、弘曆等那樣，指名痛罵光緒帝“載湉小醜”，用大量事實證明他懦弱無能。康氏引光緒帝的詔令證其一心為國；章太炎則引劉知幾《史通》所說魏晉以後曆代帝王都工於藻飾，“觀其政令，則辛、癸不如，讀其詔誥，則勳、華再出”反擊康氏。康有為以如簧之舌，把光緒帝戊戌受困、庚子蒙難等隻能證明其仁柔無能的遭遇，說成是“幽居而不失位，西幸而不被弑，是有天命存焉；王者不死，可以為他日必能立憲之證”，利用那時國人普遍迷信，給光緒帝塗上一層神秘油彩。章太炎充分利用自己淵博的國學知識，極為巧妙而輕易地駁倒了康氏謬論。他說：“必若圖籙有征，符命可信，則吾亦嚐略讀緯書矣。緯書尚繁，《中庸》一篇，固為讚聖之頌……然而，《中庸》以天‘天命’始，以‘上天之載，無聲無臭’終。‘天命’者，滿洲建元之始也，‘上天之載’者，載湉為滿洲末造之亡君也。此則建夷之運終於光緒，努爾哈赤之祚盡於二百八十八年。
語雖無稽，不猶愈於長素之談天命者乎？”真是令人拍案叫絕的妙文！這類事例不勝枚舉，它們使章氏的文章、演說，典雅古樸，在“反滿”思想中充滿文化氣息。在把自己淵博的國學知識運用於“反滿”宣傳同時，章太炎出於對祖國文化之深厚感情和對民族文化與民族振興密切相關之認識，一直大力倡導弘揚國粹，即以文史為核心的傳統民族文化。
章太炎把國粹視作一個民族、國家能存立於世之基礎：“夫國於天地，必有與立，所不與他國同者，曆史也，語言文字也。二者國之特性，不可失墜者也。”即使國家不幸衰亡，隻要學術不絕，國粹不失，則“民猶有所觀感，庶幾收碩果之效，有複陽之望”。否則，如國學不存，這個民族就永無複興之望。章太炎一生對孔子多有批評和微詞，但始終高度評價孔子整理、保存古代典籍之功績，如曰孔子作《春秋》，然後紀年有次，事盡首尾，以後左丘明、司馬遷、班固等承繼之而史書始粲然大備，矩則相承，令晚世得以識古，後人因以知前，“故雖戎羯薦臻，國步傾覆，其人民知懷舊常，得以幡然反正。此其有造於華夏者，功為第一”。