“被搬家”初期貌似很有效，台灣島“被搬家”的次年，明朝福建“備倭軍”就打了一個打勝仗，在福州殲滅倭寇數百人。之後，隨著明朝國力的日益強大，以及“朝貢貿易”的巨大利潤，日本方麵開始主動禁絕本國倭寇侵擾中國沿海，甚至數次主動派兵抓捕倭寇送給明朝治罪，倭寇之禍，暫且收斂。台灣“被搬家”的效果，看似立竿見影。
確實是立竿見影，隻不過，是反著的……
有關台灣“被搬家”的惡果，明末清初大儒顧炎武看的非常清楚，他在《天下郡國利弊書》裏就曾感歎：台灣被搬家的結果，就是白白讓出了這塊倭寇往來必經的戰略要地。這道理很簡單：台灣地理位置特殊，是倭寇入侵廣東，福建地區的必經之說，島上有人在他要來，沒人在他照樣也要來。你駐兵他會來，你撤了他更來。不止如此，明朝沿海的海盜，逃犯，也紛紛把“禁區”的台灣島當成了避難所，犯了事就隻管朝這跑，明朝海軍來回巡邏跑斷腿，卻一樣是防不勝防。戎馬一生的朱元璋，在“台灣問題”上，卻幹了一件恁傻的事。
當然，“恁傻”的還有那位跟著瞎出主意的黃子澄，他後來輔佐朱元璋的孫子朱允炆，麵對燕王朱棣的叛亂，身為兵部尚書的他卻傻主意不斷，雖然盡心竭力卻總是幫倒忙，害得朱允炆最後活活丟了江山。傻人，放到哪裏總逃不過一個“傻”字。
而在台灣方麵，明王朝的“傻主意”也很快遭報應了——在朱元璋過世僅一年後。
明朝建文二年，即公元1401年，正忙於和四叔朱棣爭皇位的明惠帝朱允炆，背後卻遭了日本人的刀子——是年八月，大批倭寇以台灣島為基地，對明朝福建，浙江，廣東三省再次展開大規模侵擾，此時明王朝東南地區大批軍隊正調往北方參加對朱棣的作戰，沿海防務空虛，倭寇背靠台灣島，來來回回牽著明軍的鼻子走，“兵至倭退，兵退倭兵複又來”，整整兩個月，倭寇連續襲擾明朝東南沿海寧波，溫州，泉州，惠州，海口五大城市，在中國東南沿海輕輕鬆鬆的搞起了“自駕遊”，日本曆史學家田中芳樹在記錄倭寇入侵時承認，當時日本侵擾中國東南沿海，有兩個重要的落腳點，一個是今天毗鄰韓國的對馬島，倭寇以此為基地，竄犯朝鮮半島以及中國遼東半島山東半島地區，另一個就是中國的台灣島。
靖難之役以朱棣的勝利而告終，這位皇帝在位時勵精圖治，明王朝的綜合國力較朱元璋時代又大大增強，對倭寇問題，朱棣也采取軟硬兼施的手段，一麵對日本展開“外交攻勢”，用“朝貢貿易”繼續籠絡日本上層，一方麵也采取強硬措施，全力絞殺竄犯中國沿海的倭寇，特別是永樂十七年，明軍在遼東望海窩全殲了入侵的兩千倭寇，導致日本倭寇元氣大傷，因此他在位時，日本方麵極少有倭寇竄犯，隻能夾起尾巴與明朝做生意。
對台灣島，朱棣也沒忘了惦記著，永樂時代震驚世界的“鄭和七下西洋”，其中有五次都曾在台灣島停留，鄭和艦隊不但在島上補充淡水食物，更接見當地部落首領，宣示明王朝主權。朱棣更通過日本使者轉告當時日本的實際統治者足利義滿，聲稱“澎湖，小流求之民，皆朕子民，不可欺也。”總之這段時間，懾於明王朝強大的國家實力，外加日本此時“北朝”平滅“南朝”，國家短暫統一政治暫時穩定，一時未敢造次，多是老老實實與明王朝做生意。
老老實實了沒幾年，日本人做生意也不老實了。