抗戰爆發前十年，由於國民黨所代表的社會基礎狹窄，組織上軟弱渙散，派係紛爭不斷，因而不能凝聚各種社會力量，整合社會，導致其在人們心目中的地位日趨下降。抗戰爆發後，隨著東部廣大地區的相繼淪陷，國民黨的統治基礎受到了巨大的打擊，被迫遷到原來屬於地方實力派控製的大西南地區。但是，中國人的民族主義情感是相當強烈的，因此，抗戰的爆發也為國民黨提供了利用民族主義這麵具有強大號召力和凝聚力的旗幟來重整旗鼓的曆史機遇。由於蔣介石對國民黨的現狀一直深為不滿，加之戰時淪陷區的青年大批來到後方，為了振興國民黨，蔣介石在國民黨之外另組了一個新的組織——三民主義青年團（簡稱“三青團”）。它獨立於國民黨的組織機構之外，自成體係，但在國民黨派係林立的爭鬥中，國民黨內部由戰前的黨政雙軌製演變為黨政團並立的多元體製，由戰前以黨政爭奪政治資源為主演化成以黨政團互相傾軋的政治走向，這進一步加速了國民黨內部的分化。
1．黨權進一步弱化
戰前，國民黨在地方的黨政關係是互相爭奪地方的政治資源，內耗嚴重。抗戰開始後，為了振興國民黨，消除地方的黨政對立，國民黨一個重要的政治舉措就是調整黨政關係。在1938年3月底4月初，國民黨相繼召開了臨時全國代表大會和五屆四中全會，會議通過了《改進黨務並調整黨政關係案》，對戰時地方黨政關係作出了調整，對省黨部的規定如下：“（一）采用主任委員製，由中央於省黨部執行委員中指定之，主任委員得由中央委員充之；（二）省黨部以分區指導督察為原則，主任委員留省；（三）省黨部委員得參與省政府會議；（四）省黨部與省政府每月須開聯席會議一次；（五）省黨部監察製度照舊。”對縣及縣以下黨部的規定分別為：“（一）縣黨部設委員若幹人，由全縣代表大會選舉之，即由省黨部呈請中央指定其中一人為書記長；（二）縣黨部委員會議，以書記長為主席，對會議之決議，有最後決定權；（三）縣黨部之工作，須絕對受省黨部委員常駐該區者之指導與督察；（四）縣政府設地方自治指導員一人，由縣黨部書記長兼任之，協助縣長指導地方自治之推進事宜，並增設社會科，受指導員之指導，專司民眾組織與訓練及推進地方自治事宜，其人選必須依照建國大綱遴選曾經訓練考試合格之同誌充任之。”“區黨部與區分部之組織仍舊……區黨部與區分部設委員若幹人，由全區代表大會或區分部黨員大會選舉之，由委員互推一人為書記。”這種黨政關係的調整表現為：戰前省黨部委員不能列席省政府會議，戰時改為省黨部主任委員不僅可以列席省政府會議，而且要求省政府與省黨部每月召開一次黨政聯席會議。抗戰爆發後不久，何鍵調任國民政府內政部部長後，省黨部就被CC係控製。當時省黨部執行委員會主任委員是李毓堯，屬CC派，但不是中央委員。1939年1月，薛嶽接替張治中後，想控製省黨部。薛嶽根據國民黨中央調整黨政關係案所規定的省黨部“主任委員得由中央委員充之”的規定，要求國民黨中央改組湖南省黨部執行委員會。同年冬天，薛嶽出任省黨部執委會主任委員。不久朱家驊又取代陳果夫出任國民黨中央組織部長，朱家驊支持薛嶽打擊省黨部CC係的勢力。薛嶽就利用各地三青團的力量打擊CC係，將李毓堯、陳大榕、蕭逢蔚、劉嶽厚等省執委委員之職相繼免去，控製了省黨部。這樣薛嶽便集黨政軍大權於一身，湖南省黨部也就淪為省政府和軍隊的附庸。戰前湖南省黨政矛盾尖銳的情況在薛嶽主政湖南後也就自然漸漸地得到消弭。同時國民黨中央所規定的每月要召開一次黨政聯席會議，在湖南等省也隻是形式而已，加上省市黨部委員為了提高自己的待遇，往往另有兼職，開會時，省政府往往重政輕黨，討論政府事情多。20世紀40年代，後方各省政府人員編製達五六千人，而湖南省黨部的執行委員和監察委員總共才幾十個人。
至於縣黨部，國民黨中央規定的基本原則是“黨政融化”，即“融黨於政”。國民黨上層認為：“縣黨部書記長的學養、能力、道德、聲望、權力、待遇均不及縣長，民眾對縣黨部難免存有輕視、蔑視心理。”的確，從學養、能力、道德和聲望方麵看，湖南各縣的縣長遠比縣黨部負責人占優。據1941年統計，在湖南省75個縣長中，有52個縣的縣長畢業於國內外各類大學，占總數的近70％，非大學畢業的縣長，都是通過較嚴格選拔後任用的。從職權來看，縣黨部的主要工作是發展基層組織，吸納黨員，管理黨內事務，宣傳民眾，協助縣長推行地方自治，人事權、財權、軍權不沾邊。從機構編製來看，縣黨部人數也遠遠低於地方同級政府。以攸縣為例，1940年攸縣政府機關人員為66人，而縣黨部隻有13人，是政府人員的1／5。在待遇方麵，戰前各級黨部成員比同級政府人員待遇低得多的現狀在戰時不但沒有改變，而且更為突出，一個省黨部書記長的月薪隻有一個行政督察專員月薪的約2／5。至於區黨部和區分部情況那就更不用說了。