湘勇指揮官用宋儒理學武裝指戰員的頭腦，深刻地影響了後世管理軍隊的方法。由此可見，湘軍的創始者們從一開始就注重文化教育和思想建設，在他們的努力下，湘軍形成了自己獨有的軍營文化。
湘勇部隊明確了各級軍官和各兵種的責任製，定編定崗，核查都有依據。營官以下，所有官佐和士卒，以及其他隨營人員，都有相關的職責。營官，是一營的核心，他要挑選並管好哨長和什長；幫辦，是營官的副手，協助營官訓練和督查部隊，負責偵探、糧餉、文書、軍器、武器和名冊功單；侍勇，負責傳達鞭笞和斬首的命令；壯勇，負責差遣勇丁、遞送公文及探信，臨陣則跟隨營官；遊勇，臨陣隨營，由營官指揮，策應各哨，戰鬥部隊中有缺員時便選補上去；護勇，負責掩護正哨長衝鋒，每營設四名；散勇，聽從什長和伍長的指揮；探勇，負責探路和探查敵情；夥勇就是炊事員；長夫就是挑夫。從營官到士卒，形成一個嚴密的金字塔結構。
湘鄉勇的號令以能夠發聲的器械來傳達。王珍采用的響器五花八門，簡直可以拚湊一個戲班。
炮，是最威風的發聲器械。號炮是大家都能聽到的，營官用炮聲向全營官兵傳達命令。天黑睡覺前放一炮，稱為“定更”。天亮起床前放一炮，稱為“醒炮”。吹嗩呐時又放號炮兩聲，表示要互相傳遞消息：開始行軍，或開始操練。連放三聲號炮，表示必須肅靜，上級有命令要下達。晚上突然響炮三聲，是通知大家：敵人來偷襲了，準備操家夥戰鬥。
除了炮以外，王珍用來給湘勇傳達號令的發聲器械，都是中國傳統的民間樂器。他采用了常見的吹奏樂器嗩呐和喇叭，還有打擊樂器鼓和鑼。
嗩呐是哨長之間傳遞信息的工具，吹一聲是召集哨長開會；吹兩聲是命令哨長帶什長一起來開會。
喇叭傳達的命令，關係到生活、行軍和作戰。吹一聲，埋鍋造飯；吹兩聲，準備吃飯；吹三聲，準備收營行軍；連吹數聲，是下令急行軍；如在與敵人酣戰時，喇叭吹作天鵝聲響，便是命令埋伏的部隊出擊，或是命令眾人一齊呐喊。
鼓是用來指揮火力和戰法的。敲三通鼓，表示威嚴；敲鼓邊，是命令槍炮手放炮；在平和的鼓聲中突然重擊一下，是命令大炮開火；鼓聲急促，是命令部隊開始肉搏；鼓聲忽緩忽急，則是下令改變打法了。
鑼是用來退兵的。戰鬥中鳴鑼三聲，是命令部隊拚命頂住敵人的進攻；連鳴不止，表示放棄戰鬥，全線總撤退。
宿營時則有暗號，每夜由統帥發布兩個字作為口令。
湘勇在建設初期就形成了一些紀律和規定。指揮員鼓勵士卒獻計獻策，勤於探索學習，積極偵探敵情，重視軍器的使用。提倡士卒之間培養友情，規定對傷亡者厚加恤養。各級官佐必須明辨功過，賞罰分明。禁止部隊騷擾百姓，傳播謠言，杜絕各種漏洞。軍營出入要嚴密把關，夜晚禁止勇丁私自外出。不許部隊在戰爭中劫掠財物。作戰要慎重，打了勝仗不能驕傲。
以上各項要求，都有具體的命令。僅以禁止騷擾百姓一條為例，命令中說：湘勇所過之處，務須秋毫無犯，不得求買求賣，強賒強借；擅自挪動民間一草一木者，處以斬首；強奸婦女的勇丁，已成奸者，淩遲處死；強奸未遂者斬首；調戲婦女者要從嚴治罪。
王珍對於湘勇的訓練有一套獨特的心得，把訓練的要求總結為十一個方麵：練目，練耳，練口，練手，練足，練心，練膽，練謀，練識，練氣，練精神。
曾國藩認為王珍製定的營製具有獨創性，決定采用，注重訓練鄉勇的膽識和戰技。從這時開始，曾國藩統管著湘鄉勇和其他團練部隊，頒布營製，勤加訓練。
劉長佑與王珍初次聯手
曾國藩在接管團練的同時，著手用嚴厲的刑法整頓社會治安。他委任在籍江蘇候補知州黃廷瓚、安徽候補知縣曹光漢編查保甲。為了表明誠懇的態度，把思想工作做得深入細致，他以書函勸諭各地紳士，不用公牘告示。他日夜寫信，發給各府州縣的士紳。
曾國藩把募練鄉勇的責權高度集中，由自己一肩挑起來，沒有把這項任務交給各地的紳士。他說團練很難籌集經費，不必遍地開花，要選擇合適的地方與合適的人才來辦。各地的急務是清查保甲，分清良民和歹徒，以鋤暴作為安良之法。一旦發現土匪作惡，便可密函報告。隻要向省城密報，他就可以拿出巡撫的令旗，將匪徒就地正法，用不著再給監獄添麻煩。這樣省去了公文旅行的周折，做到無案不破。