向榮離開蕪湖之後，才知金陵已經失守。他於二月十八日馳抵江寧縣的板橋，查看近城紮營處所，不料太平軍先在城外挖掘了陷阱，密布竹簽，並在長壽橋左右修築了土城，連紮了幾座軍營，防備非常嚴密。周邊都是小河，無法繞越。向榮發現，東路的孝陵、雄黃鎮一帶地勢寬敞，進攻較易，還可以扼截太平軍進兵蘇州和常州的陸路，當即率部從秣陵關一帶馳往東路，尋找地方紮營，作為進攻基地。但金陵北麵沒有官軍，向榮趕緊派出軍官，迅速通知琦善，請他率部在北岸扼要之處駐紮，設法堵禦，以防太平軍北進。
楊秀清沒有等到琦善抵達金陵北岸，就開始攻擊長江下遊。太平天國從金田發兵之後，一路打到金陵，不過是挪了個地方，所過之處，並未割據一城一池，也沒有建立根據地。他們經過的城鄉，在他們走後，立即被官軍進占。他們來到金陵之後，打算長期盤踞，就必須在金陵周邊建立堡壘，拱衛這個大本營。楊秀清認為，必須趕在清軍主力合圍金陵以前，在長江下遊攻占幾座繁華富庶的都市，既能為金陵提供補給，又能為金陵建立犄角。他跟韋昌輝、石達開商議了一個計劃，決定攻占鎮江與揚州。
二月二十二日早晨，楊秀清派林鳳祥為先鋒，試探官軍在北岸瓜洲和南岸金山一帶的實力。林鳳祥率領一百多艘戰船蔽江而下，直逼瓜洲。
官軍的水師正好集中在瓜洲和金山。楊殿邦從瓜洲派出艇船迎戰，楊文定也從金山派葉常春指揮艇船迎擊。官軍艇船擊破敵船十多艘，迫使林鳳祥退到黃天蕩。林鳳祥下令棄船登上北岸，改為陸軍，按計劃向揚州推進。
楊秀清摸清了官軍的實力，下午三點鍾，親率主力船隊三四百艘向下遊攻擊。葉常春抵擋不住，指揮艇船退到金山腳下駐紮，太平軍衝到瓜洲江麵。楊殿邦令駐守瓜口的二百名徐州兵開炮轟擊，還是阻擋不住攻勢。楊秀清率領一支船隊從運河直趨揚州，林鳳祥也已從儀征陸路北上，直抵揚州城下。
羅大綱率領另一支船隊駛到鎮江附近。羅大綱發布了一份告百姓書，令蘇州、鬆江、常州、鎮江四區百姓從城內撤出，以避戰火，待打完仗後再回城內。
安東將軍平滿大元帥撫轄水陸兵馬羅、參讚軍機大臣撫轄糧餉王，為照得吾主於二十二日定鼎金陵，一切滿賊概行誅戮，雞犬不留，漢官陸建瀛等盡行歸於漢王，本帥不日兵臨城下，蘇、鬆、常、鎮四郡所屬廳州縣等處地方，你等百姓不必驚惶，本大臣深曉天文，以罡星在，太白星在，鬆江、上海，醜夷亦非人類，滬邑難保不作戰場，爾常、鎮百姓各宜退避遠方百裏之外，可保太平。清之民亦漢之民，百姓各祈自諒，待吾主大定之日，再頒發榜文招安，爾等回裏安居樂業，考試行文，各宜知道，毋違曉諭，特示。
楊文定指望陸路官軍助戰，派人登山瞭望，岸上不見一人一騎。羅大綱未知金山官軍的虛實，分兵從鯰魚套登陸，火燒金山。楊文定和葉常春大為恐慌，立即令艇船退過焦山。羅大綱一擊得手，繼續放火，燒了北固，直攻鎮江府城。
據說羅大綱的前鋒中有一隊女兵，為首的名叫蕭三娘，二十多歲，長身猿臂，騎在馬上，左右挽弓。她是蕭朝貴的妹妹，勇悍勝過男將，官軍望風披靡。她的嫂嫂洪宣嬌也得服她幾分，因為洪宣嬌雖能騎馬，卻不能縱馬殺敵，蕭三娘則能在馬上揮師作戰。
蕭三娘來到鎮江城下，見城頭上空無一人，城門大開，官軍副都統已率守軍撤走，蕭三娘兵不血刃地進了鎮江。
北岸的楊殿邦沒有保衛揚州的信心，北撤到高郵、寶應一帶。林鳳祥第二天輕易地攻占了揚州。楊殿邦的防區是運河與淮河流域，他在逃跑途中查看地勢，發現處處城池都處在河堤之下的低窪地帶，毫無把握固守。各路援軍他都指望不上，他便別出心裁地想了個放水斷敵的主意。淮安水利工程可以開閘放水，也可以閉閘蓄水。他向皇上請示：可否開啟所有閘門，泄盡淮水，使敵船無法行駛，敵軍就無法從水路北上。這樣就隻需在陸地堵禦，較為容易。如果敵軍攻到高郵、寶應一帶，他便開決洪湖，使水下注，敵軍就會全軍淹沒。
南岸的葉常春也有自己的擔心。他害怕敵船繞襲下遊，從後背襲擊艇船，也不跟楊文定打招呼，便指揮艇船下行二十多裏。楊文定本來也想後撤，但想到如此避敵無法向皇上交代，於二月二十四日又令艇船回到焦山口外駐紮。但他一到焦山，又後悔不迭。想來想去，還是下令大踏步向下遊撤退，轉移到江陰和靖江一帶江麵，派人繞過揚州向北京報信，等待大軍增援。