王珍招募湘鄉勇，初衷是為在南昌犧牲的諸君複仇。現在複仇的戰場已經轉移到湖北，王珍義無反顧，整裝待發。忽然得到消息：太平軍已從武昌撤退。王珍仍然打算北上，可是在曾國藩的堅持下，駱秉章把援鄂的任務取消了。
曾國藩開始在衡州舉辦水師，提議將陸軍合並為十個營，決定趁此機會將王珍從自己的體係中排除。現在的曾國藩不再願意插手湖南的司法和軍務，一心一意要組建一支曾家軍。這是他建功立業的全部本錢，是他必須死保的武裝力量。為了給自己留下更多的兵員名額，他命令王珍裁撤部隊，隻留下七百二十人。
王珍雖然恃才傲物，但他在官場上起點太低，沒有曾大人那樣的野心，打算遵命裁軍。這時曾國藩又接到聖旨，要求他親自率領六千名湖南鄉勇前往長江下遊作戰。駱秉章認為，曾國藩遲早要率領他的大部隊走人，那麼本省必須盡可能保留更多的勇隊，於是他叫王珍暫時不要裁撤本隊，視曾國藩的情況而定。王珍得了巡撫之令，留在長沙，每日朝夕練兵。
但是曾國藩暫時還未打算出征，王珍一軍的存在總令他感到不安。他又函商駱秉章，令王珍仍照原議進行裁軍。駱秉章決定，讓王珍精選二營留下，餘部全部遣散回家務農。
駱大人和曾大人朝令夕改，王珍隻能歎一口氣，再一次著手裁軍。曾國藩堅持要裁撤王氏鄉勇，勾起了駱秉章對這支部隊的好奇心。他索性擺轎，直奔王珍軍營，檢閱這支令曾大人耿耿於懷的勇隊。王珍給他看了一出精彩的操演，駱秉章一看就舍不下了。原來這是一支戰鬥力超群的武裝力量！老駱當場改變主意，發布一道命令：“此軍不裁，全隊駐紮省城！”
駱秉章已過花甲之年，不會輕易賭氣，也不會做沒來由的事情，他留下王珍的部隊，自有充分的理由。太平軍正在長江上往來無定，湖南省仍然應該狠抓戰備，否則太平軍打進湖南，叫他拿什麼去抵擋？他把王珍的三千四百名湘鄉勇正式納入自己的指揮係統，令王珍繼續統領這支部隊，認真訓練，嚴加約束，聽候調遣，不得違令。
王珍從此獨立於曾國藩指揮的湘鄉勇體係之外，得以獨樹一幟。有了如此寬鬆的平台，他更加狠抓軍訓，增加了魔鬼訓練的項目，令士卒在腳上綁上鐵瓦跑步訓練，又參考戚繼光的兵書，加以變通，創造出獨特的陣法，令部隊操演。
王珍的部屬個個重視陣法，他的部隊成為出產優秀將領的人才基地，其中以蔣益澧和劉鬆山等人尤為突出。他們習得的城牆陣、梅花陣、大鵬陣等，都是殲敵製勝的法寶。王珍著有《陣法新編》，書中變通古人成法，別具心得，當時作為軍事機密保管，沒有付梓。
為了區別於曾家軍和其他部隊，王珍重新改定軍製。長沙的朋友們提出請求，勸他將平日教學的內容寫成講義，便於營官以下的官兵掌握。王珍撰寫《營製》、《職司》、《號令》、《賞罰》、《練法》五篇，題名為《練勇芻言》。胡林翼認為，王珍的軍製與曾國藩的軍製以及他自己的軍製略有不同，但同樣具有嚴謹寬博的特點。這一點也不奇怪，因為王珍曾向曾國藩大談建軍思想，曾國藩在組建湘軍時，肯定借鑒了他的思維。
與此同時，曾國藩也在積極建設自己的武裝力量。江忠源在安徽對湖南鄉勇的增援盼眼欲穿，王珍去不了，他就隻能寄望於曾老師。他們通過信函討論建軍方略，曾國藩采納了他的意見：擴軍並不難辦，籌餉卻是難題；鄉勇容易招募，但帶隊將領難求；陸戰容易取勝，水戰卻需要更高的水平。
江忠源曾派夏廷樾和郭嵩燾在樟樹鎮製造幾十具木筏，在筏上載炮，打算用於衝擊太平軍水師。木筏剛剛造好，將要出發，太平軍已經退出鄱陽湖。曾國藩受此啟發，在衡州仿造木筏，拿到江麵上試用，發現木筏笨拙，掉頭困難，並不適用。曾國藩改變主意，決定購買民船，改造為炮船。
對於長江沿線作戰的大局，江忠源為曾老師提供了第一手的參考資料，同時發表了真知灼見。曾國藩綜合各方麵的情報，終於理清了思路：建立水師是第一要務。
十月二十四日，曾國藩向鹹豐奏報：既然武昌已經解嚴，他決定暫緩增援湖北，留在湖南籌備戰船。太平軍以舟楫為營壘，橫行在千裏長江之上，等到他的水師建成，他便駛往下遊，增援長江流域作戰的官軍。
籌辦水師需要大筆的經費。當時廣東解往江南大營的餉銀經過長沙，曾國藩請求截留四萬兩，作為籌辦炮船、招募水勇的費用。他初步確定湘軍的營製，規定每營三百六十人，使用一百四十名長夫，加起來共為五百人。