官軍在揚州片區連連受挫，金陵片區的官軍卻毫無聲息。向榮向鹹豐奏報，說他正在執行一個巨大的計謀，暗中通過內應瓦解城內的賊黨，現在已陸續有幾萬人逃到城外，城內密報，約有三千多人等待著內外夾擊。他正在準備攻城器具，等到大炮撐上炮架，就對城內開火，發起總攻。這是不是他為按兵不動尋找的借口，誰也無法判斷。
武漢戰區的情況更加不容樂觀。太平軍於十一月份重新在黃州集結，對上遊構成極大的威脅。而崇綸對吳文鎔的刁難變本加厲。為了應對敵情，吳文鎔主張從省城派出兵力，走陸路偵探敵蹤，尋機攻擊。之所以不走水路，是因為曾國藩的水師尚未齊備。崇綸馬上唱反調，堅持要立刻雇用幾百艘民船，派出五千兵力，水陸並進。吳文鎔說：“現在城防兵力勻不出五六千人，而民船臨陣必退，反而誤事。”於是崇綸不再理睬吳文鎔，連總督給皇上奏報軍情，他也不肯列名。吳文鎔對這種無賴的態度無可奈何，請求鹹豐將自己罷免，另派重臣接任，或者先讓崇綸兼代總督。
吳文鎔此舉犯了鹹豐的大忌，緊要關頭，鹹豐最恨臣子們撂挑子。臣子們可以互相不買賬，但不能拿臉子給皇上看。鹹豐嚴旨申斥吳文鎔，責成督撫同心協力。他仍令吳文鎔迅速帶兵出城迎戰，令崇綸專辦武昌城內外防守，又令台湧火速趕往德安接手防務，以便青麟調往武昌。
十二月初，吳文鎔決定奉旨出征。這是一個無奈之舉。皇上不許他等待曾國藩組建水師，擔心延誤出征，那麼他隻得領兵趕緊渡江，馳赴黃州前線。他對此次征戰毫無把握，已經懷著必死的決心。他被崇綸逼到這個地步，隻能以死來抗爭崇綸的無理取鬧。
吳文鎔決定從武昌帶走四千兵力。由他先後調往黃州前線的兵力，共計七千多人。他給崇綸留下六千人守城，擔心省城兵力不夠，通知官文從荊州調二千名滿兵來接濟武昌。
吳文鎔正要開拔，崇綸忽然覺得失去了安全感，動員僚屬一起去跟吳文鎔商量：“製軍大人大可不必急於帶大軍出城，先派唐樹義率領水師去黃州就行了。等到軍餉和兵力充備之時，大人再親自前往，如此便可防剿兩不耽誤。”
崇綸出爾反爾，吳文鎔哪裏肯聽！崇綸說服不了吳文鎔，又向皇上告了一狀，說吳總督性情偏執，不聽人言，沒有因時製宜，不搞集思廣益，以致百姓憤怨，官兵離心。
鹹豐接到告狀的折子，也看出崇綸自相矛盾。此人先前參劾吳文鎔閉城坐守，現在又責怪吳文鎔堅持出城作戰。鹹豐非常詫異，崇綸為什麼出爾反爾？為什麼從直隸到江蘇到湖北，官軍領導班子總是在關鍵時刻鬧不團結？唉，也罷，這兩位大員同在一城，一定互不相容，還不如將他們拆散。於是他堅持要吳文鎔趕緊渡江，親赴黃州指揮作戰。
鹹豐正在為各地大員與朝廷離心背德而煩惱，又接到張芾奏報，以江西財政困難為由，請求暫停采買銅鉛運往雲貴。鹹豐覺得此人越來越不聽話，奉到諭旨時不能虛心體會，為皇上分憂，反而“呶呶置辯”，於是決定將他交部議處。
鹹豐罷免了穆彰阿，對他手下的紅人張芾與陳孚恩自然也不喜歡。南昌保衛戰中，這兩名失寵的大臣都在城內，與江忠源合作得不錯，守住了危城。但鹹豐並未因此加賞張、陳，反而指責張芾保奏太濫。張芾凡有所請，鹹豐總要找茬子駁回，並頒諭申斥。這一次的奏章，也許確實帶著張芾的幾分怨氣，但鹹豐比他的怨氣更大，所以張芾撞到了槍口上。
團結一致的湖南
駱秉章在十月份接到衡州和郴州的告急公文，稱兩地有大股會黨起事。他決定將援贛湘軍調回增援，給羅澤南發去命令：江西泰和會黨竄擾湖南茶陵、攸縣等處，令你部立即馳回湖南會剿。駱秉章強調是江西的會黨殺進了湖南，所以要將援贛軍撤回，使張芾那邊不好反對，說明這位老人做官已經到了爐火純青的地步。
江西鎮壓會黨的戰鬥這時已經進入尾聲。李續賓於九月二十日攻破了安福的一座敵營，然後再接再厲，擊敗朱村橋的會黨。緊接著，他得知沔洞和洋山的會黨在永新集結，於十月六日向永新攻擊，幾敗會黨後，追到蓮花，燒毀會黨的五座軍營，將他們逐向湖北。五天之後，會軍從安福撤走，李續賓進占安福城。這時他接到羅澤南的命令，叫他去吉安會師。