但是，這一政策，在執行過程中卻相當困難。合同定購既是合同又是任務，這就把商品交換原則與國家行政管理原則混在了一起，實施中難以把握。其次，由於實行的是“死一塊，活一塊”的“雙軌製”，平議差價懸殊較大，一方麵促使農民不願完成或設法逃避定購，另一方麵又給糧食倒賣以可乘之機。
糧食購銷“雙軌製”的最大問題，是隻取消了“統購”，卻並沒有觸動“統銷”，結果購銷價格倒掛更加嚴重，國家財政負擔越來越重，財政補貼由當年的170億元增加到1991年的400億元，翻了一倍多，占了國家財政收入的1/3。財政越是緊張，就越無法再提高糧食的收購價格，而糧價越是不合理，農民就越不願多種糧食。另外，由於減少了定購數量，而統銷數量逐年增加，結果又出現了購銷數量倒掛，以至糧食又反複出現緊張局勢，國家購不足銷，不得不用“議轉平”和進口來彌補。尤其到1989年，糧食供求出現緊張局麵，政府不得已又關閉了幾乎所有的糧食自由交易市場，恢複了國營商業獨家壟斷經營的局麵。而為了保證充足的糧源，統派購名義取消了，實際上卻依然采取的是強製性的征購措施。有些地區為了催農民交糧食，甚至動用了警察和民兵，在倉裏挖，從缸裏倒，群眾反映，現在的合同定購實際上比“統購還統購”。糧食多了是合同製，糧食部門不收；糧食少了是定購製，政府派人強要。農民成了風箱裏的老鼠，兩頭受氣。
這是一次不徹底的改革。“猶抱琵琶半遮麵”，結果國家背上了更加沉重的包袱，糧食市場繼續陷入“賣難”、“買難”的循環之中。
1992年：放開購銷價格和經營
俗話說：家大難當。這對於有十多億人口的中國來說，似乎感受更深。
我們必須保護農民的利益，因而糧食收購價不能不逐年提高，直至與價值基本相符。但我們又必須考慮城市居民的生活，因而糧食銷售價不能不保持穩定，以至二十幾年無變化。
一“穀賤傷農”，“米貴傷民”，為難了中國政府：手背手心都是肉，哪一邊都傷不得！
這就使得中國的糧食流通體製改革，不能不小心翼翼，不能不慎之又慎。
1985年對糧食統派購進行了一次改革，但由於改革不徹底，措施不配套，效果並不明顯。必須向統銷開刀，成為了全社會的共識。國家用大筆的財政補貼維持了25年“一貫製”的統銷價，雖然保持了糧食供應的“超穩定”性，但國家為此付出了沉重的代價。並且也人為扭曲了生產和消費的價格關係。據統計，國家花在糧食消費上的錢要比花在糧食生產上的錢多11倍。
1991年，國務院決定，從5月1日起適當調整糧油統銷價格。這是1966年後的第一次全麵調價。
雖然這是一次較小幅度的調整，一公斤大米仍隻要0.294元，僅增加了0.18元（標一米）。一公斤麵粉也隻要多花兩毛錢，按說沒有什麼大的承受困難。但由於人們對糧食價格的特殊敏感，仍然在全國引起了一場大的波瀾。從4月23日的“解密令”下達，全國便出現了大規模的搶購風潮。幸好這次糧油物資準備充足，因此，雖出現搶購，但未引起大的波瀾，算是有驚無險。5月1日正式實行新價格，人們詳細一看，也就幾分毛把的漲價，很快就穩定了下來。
有了這次的經驗，1992年4月1日，政府再次提高城鎮居民平價口糧，實行購銷同價。西方記者立即電告世界：“中國正在突破價格改革的最後一個禁區”。
糧食提價，是必然的事情，因此在許多人的心裏是預料之中，以至這一次的提價居然平靜得令人不敢相信，根本看不到上一年調價時的排隊搶購現象。
糧食統購統銷體製由此開始動搖。廣東、福建等沿海地區開始率先一步放開糧食市場。從1988年以來，內蒙卓資縣、四川廣漢市、廣東珠海市、深圳市、海南省都先後放開了市場。1992年11月1日，中國正式宣布，放開糧食購銷價格和經營，維持了40年的統購統銷體製宣告結束。
這是中國由計劃經濟體製進入市場經濟體製最核心的一次改革，也是牽涉麵最廣、影響麵最大的一次改革。農民生產的糧食可以上市自由貿易，而城市居民則從此再沒有象征特權的購糧本保護了。
到第二年初，全國幾乎所有的縣市都全麵放開了糧食價格和經營。購糧本退出流通，被稱為“第二人民幣”的糧票被宣布作廢。
但是，這一次的改革由於有關部門和一些地方領導在思想上認識不清，在行動上方向不明，加上準備不充分，措施不配套，結果不僅沒有達到預期的效果，反而引發一場全國性的糧食漲價風潮。
從1993年的糧食風波，我們可以清楚地看到，中國糧食市場發生巨大波動，很大程度上還不是出在糧食生產上，而是流通體製上。繼續沿習傳統的糧食統購統銷體製顯然行不通了，而以走向市場的名義一放了之也是不現實的。作為最大宗農產品的糧食市場經濟體製的建立與完善，絕不是一件容易的事情，也不是一般人想象的一放了之，相反，加強糧食市場的管理與調控，是建立社會主義市場經濟條件下的糧食流通體製的一個基本內容。這既是市場經濟的普遍要求，而且也是糧食作為特殊商品的特殊所在。當然，這種管理和調控，絕不是過去統購統銷那樣的強迫性管理和行政化調控。根據朱鎔基同誌的構想，主要是遵循價值規律和市場經濟原則，一方麵要確立一個既照顧農民利益又能讓城市居民承受的合理糧價，另一方麵國有糧食部門要掌握足夠的糧源，以確保平衡調節和市場供應。
由於這次糧食流通體製改革的不成功，國家不得不采取嚴格的調控措施，來穩定市場，平抑糧價，很多方麵又恢複到了原來的狀況。一是從取消定購到恢複定購。1993年初宣布把國家定購改為合同定購，而1994年5月，國務院關於深化糧食購銷體製改革的文件又明確把糧食定購作為國家任務、農民義務，各級政府必須完成；二是從取消價格“雙軌製”到重新實行“雙軌製”。1993年糧食收購和銷售都實行一道價，稱之為價格並軌，平價、議價隨之消失，但事隔幾個月，年底首先在糧食銷售上實行國家定價掛牌供應，1994年收購新糧又實行雙軌價格，定購任務按國家定價收購，其他隨行就市收購，國家采用行政手段掌握一部分(70%～80%)的社會商品糧；三是從取消糧票到恢複糧本，憑證限量供應。
1995年：實行“米袋子”省長負責製
1994年的糧食風波後，國務院開始重新部署中國糧食流通體製的改革，大致方針是三個方麵的政策：一是收購政策。繼續保留國家定購糧任務，以統一的基本上反映商品價值的定購價向農民收購糧食，保證國家掌握70%～80%的商品糧；二是供應政策。國有糧食部門要以充足的糧食供應，保障城市居民、部隊和農村急需人口的基本口糧，同時要保持市場價格的相對穩定；三是市場政策。要嚴格加強糧食流通的市場管理，在定購糧收購期間，不許非國有的糧食經營單位和個人到農村直接采購糧食。糧食流通體製改革的目標是逐步建立統一、開放、競爭、有序的與社會主義市場經濟體製相適應的糧食購銷體製，實行在國家宏觀調控下的市場調節，充分發揮市場機製在資源配置中的基礎作用，並使市場行為規範化、法製化。
根據以上的思路和原則，從1994年開始，我國的糧食流通體製進行了以下三方麵的探索。
第一，實行“米袋子”省長負責製。這是1994年，國務院在《關於深化糧食購銷體製改革的通知》文件中提出來的：“實行省、自治區、直轄市政府領導負責製，穩定糧食產量、穩定糧食庫存、靈活運用地方糧食儲備進行調節，保證糧食供應和糧價穩定，負責本地區糧食總量平衡。”概括起來說，凡是省長、市長、自治區主席要負責本省、市、區糧食的供需平衡。本省需要多少糧食，盡最大努力能種多少，產多少，能收購多少，購銷相抵，是多餘還是有缺口，有缺口就到產區批發市場去購買或者進口，多餘了就賣給銷區或國家，為實現全國總量平衡做貢獻。因此“米袋子”省長負責製也叫地區自求平衡。各省為了履行好這項責任，必須穩定糧食播種麵積，增加糧食產量，建立地方糧食儲備。實行這項改革的目的，就是要發揮中央和地方兩個積極性，共同努力解決好我們這個人口大國的吃飯問題。
從全國的情況看，“米袋子”省長負責製取得了較理想的效果。一是農業基礎地位加強了，糧食生產得到迅速發展；二是糧食收購落到了實處，增加了有效供給；三是穩定了糧食市場，保障了糧食供應；四是加強了糧食的地方儲備。有鑒於此，1998年的全麵糧改和2004年的新糧改都繼續保持了這項行之有效的措施。
第二，糧食部門實行政策性業務和商業性經營“兩線運行”。1995年6月10日，國務院發出關於糧食部門實行“兩線運行”的15號文件，並隨之在7月18日召開了全國糧食部門“兩線運行”的改革工作會議。
把糧食部門政策性業務和商業性經營分開，建立兩條線運行機製，單獨核算，這是對幾十年傳統糧食流通體製的一次深刻變革，是整個經濟體製改革的重要組成部分。它觸及了糧食財務掛賬這一棘手的問題。過去政策性虧損與經營性虧損混為一起，經營虧了，也掛在政策性賬本裏，而應進行政策補貼的部分，有的地方又長期不落實，結果又拖累的商業性經營。這次國務院痛下決心，一方麵將二者嚴格分開，而且要求堅決製止和消化曆史掛賬。
第三，建立國家儲備糧油垂直管理體製。包括國家儲備和地方儲備。國家的糧食儲備則包括戰略儲備、專項儲備、市場供應儲備和基本消費儲備。國家有了充足的糧食儲備，就能有效地對市場進行調節。在糧食供過於求，價格大幅度大跌的情況下，通過保護價收購，增加儲備，保護農民的生產積極性；在糧食供求比較緊張，價格上漲幅度較大時，通過儲備糧的拋售，緩解供求矛盾，抑製糧價上漲。
從近幾年實踐的效果來看，以上三項改革是比較成功的，糧食市場趨於穩定，糧食秩序逐漸理順，一些體製方麵的深層次矛盾也在逐漸解決，這一切，都為1998年的全麵糧改打下了良好的基礎。
1998年：推行“四分開一完善”的全麵改革
“米袋子”省長負責製、國有糧食企業“兩線運行”、按保護價收購農民餘糧等一係列改革措施，對初步理順糧食流通體製起了較大的作用，但是，以上這些改革都還是比較零散的局部改革，缺乏完整性和係統性。而目前中國的糧食流通體製需要的是整體的改革、全麵的改革、徹底的改革。因此，新一輪的糧改開始在黨中央和國務院的醞釀之中了。
早在1996年10月，當時任國務院副總理的朱鎔基就在大連召開的部分地區糧食工作會議上指出，糧食流通體製到了非改不可、不改過不下去的時候了。
1996年大連會議後，國務院成立了糧改領導小組，專門負責對糧食流通體製改革方案的起草、修改和製定。領導小組本著慎重、穩妥、務實的指導思想，組織各方人士多次座談，廣泛征求意見，經過上百次的修改，到1997年底，基本上形成了以“四分開一完善”為主要內容的糧食流通體製改革整體方案。
1998年3月19日，新任國務院總理朱鎔基在中外記者招待會上，正式把糧食流通體製改革作為新一屆政府“五項改革”的第一項改革推出。從此以後，糧食流通體製改革成為新一屆政府最引人注目的行動，緊鑼密鼓地開始了。
4月27日到29日，全國糧食流通體製改革工作會議在北京召開。這次會議是新一屆政府組成後召開的第一次全國性工作會議。朱鎔基指出：糧食流通體製改革已經到了非改不可、不改不行、刻不容緩的時候了。以此次會議為標誌，1998新糧改在全國正式拉開大幕。
5月10日，國務院以“國發[1998]15號文件發布《關於進一步深化糧食流通體製改革的決議》，作為這次新糧改的行動綱領。
6月6日，國務院發布244號令，正式實施《糧食收購條例》。8月5日，為了規範糧食購銷市場，懲處糧食購銷活動中的違法行為，維護糧食市場秩序，國務院第249號令發布施行《糧食購銷違法行為處罰辦法》。
10月14日，黨的十五屆三中全會把深化糧食流通體製改革寫入了《中共中央關於農村工作若幹重大問題的決定》：“當前，各地和有關部門要按照中央的部署，統一認識，堅決貫徹按保護價敞開收購農民餘糧、糧食收儲企業實行順價銷售和糧食收購資金封閉運行三項政策，加快國有糧食企業自身改革，確立自主經營、自負盈虧的新機製，確保糧食流通體製改革順利實施，達到預期的目標。”
11月7日，國務院發布經中央政治局常委會議討論同意的《當前推進糧食流通體製改革的意見》，著重從健全機製、完善配套政策和抓好組織落實三個方麵，進一步明確了糧改的有關政策措施。
11月13～15日，全國糧食流通體製改革工作座談會在北京召開。朱鎔基到會講話。他再一次強調，各地區各部門要堅定不移地把糧食流通體製改革推向深入。
在一年的時間裏，連續召開了4次全國性的專題會議，出台了兩個條例法規，並由國務院發布了十餘個相關文件，國務院總理親自部署督查，七八個部委配合落實，如此規模和力度，在中國的改革史上還是不多見的，由此可見新一屆政府對糧食流通體製改革的重視，也從中可以看出糧食流通體製改革確實也是到了“非改不可、不改不行”並且是“刻不容緩”的時候了。
中央對於這一次的糧改，確定了“三項政策”和“一項改革”。“三項政策”是以保護價對農民手中餘糧敞開收購，以高於收購價的價格順價銷售，用於糧食收購的貸款資金封閉運行；“一項改革”則是國有糧食企業自身的改革。這三項政策和一項改革，實際上是環環相連、絲絲相扣的：執行第一項政策，把住收購關，真正掌握糧源；執行第二項政策，順價銷售，杜絕出現新虧損；執行第三項政策，確保收購資金封閉運行，嚴格監管，保證資金及時足額到位和適時收回。這三項政策和糧食企改革又是相互配套、相互補充的。
此次糧改確定的改革原則，便是“四分開一完善”，即實行政企分開、中央與地方責任分開、儲備與經營分開、新老財務掛賬分開，完善糧食價格機製，以更好地保護農民的生產積極性和消費者的利益，真正建立起適應社會主義市場經濟要求、符合我國國情的糧食流通體製。
一是政企分開。政企不分不僅造成國有糧食企業吃財政和銀行大鍋飯的狀況，而且是造成糧食流通不暢、體製不順等諸多弊端的一個重要原因。政企分開，就是通過分離人、財、物，使糧食主管部門與糧食企業真正脫鉤，使企業成為真正的經濟實體。糧食行政主管部門代表政府，應對全社會糧食流通進行管理，要與糧食企業在人財物等方麵徹底脫鉤，不得參與糧食經營，不得直接幹預企業的經營活動。所有國有糧食企業，包括鄉鎮糧庫，都要麵向市場，實行獨立核算，降低生產經營費用，增強競爭力，成為自主經營、自負盈虧、自我約束、自我發展的經濟實體，不承擔糧食行政管理職能。
二是中央與地方的糧食責權必須明確劃分。糧食工作實行中央統一領導、分級負責的體製。中央政府集中抓好全國糧食供求總量的宏觀調控，地方政府則對本地區糧食生產和流通全麵負責，發展糧食生產，搞好糧食收儲，保證糧食供應，穩定糧食價格。
三是糧食儲備和經營必須分開。中央和地方的儲備糧與企業經營周轉糧要在管理上分開，真正做到儲得進、調得動、用得上，並節約儲存成本費用。要加快完善中央和地方兩級糧食儲備體係。無論是產區和銷區（特別是銷區）的政府都必須保證有充足的合理糧食儲備。
四是將新老財務掛賬分開，並由中央和地方財政共同分擔，限期歸還。中央財政將負擔除少數主銷區以外的虧損掛賬在限期內的全部利息。糧食企業要通過減員增效、改善經營、降低費用、提高效益，尤其是堅持順價銷售的原則，保證不發生新的虧損，在還本限期內，從經營利潤中逐步歸還虧損掛賬的本金。為確保今後不再出現新的掛賬，要切實做到收購資金封閉運行。
五是進一步完善糧食價格形成機製。在正常情況下，糧食價格主要由市場供求決定，糧食企業按市場價格經營糧食。為了保護生產者利益，政府製定糧食收購保護價敞開收購農民的餘糧；為了保護消費者的利益，政府製定糧食銷售限價，作為調控目標。當市場糧價低於保護價或超出銷售限價時，依靠儲備糧吞吐等經濟手段，通過調節市場供求，促使市場糧價穩定在合理水平。
毫無疑問，這是1985年啟動糧改後步子最快、力度最大、效果也最為明顯的一次糧食流通體製改革。在以後的幾年裏，黨中央、國務院又根據糧食生產和流通出現的新形勢，在實踐中不斷完善與深化了有關的政策措施。
1999年5月和11月，根據我國糧食總量供大於求、庫存積壓、保護價範圍偏大、糧食超儲補貼辦法不盡合理等新問題，國務院分別下發了《關於進一步完善糧食流通體製改革政策措施的通知》和《關於進一步完善糧食流通體製改革政策措施的補充通知》，提出要適當調整糧食保護價收購範圍，完善糧食收購價格政策，促進順價銷售，完善糧食超儲補貼辦法，實行中央對地方糧食風險基金包幹等政策措施。
為了促進農業和糧食生產結構的戰略性調整，優化糧食品種結構，2000年2月，國務院辦公廳下發了《關於部分糧食品種退出保護價收購範圍有關問題的通知》，提出從2000年起，北方春小麥、南方早秈稻、江南小麥、長江流域及其以南地區的玉米要退出保護價收購範圍。同時，拓寬了糧食購銷渠道，規定了退出保護價收購範圍的收購貸款和財政政策。同年5月，國務院召開了全國糧食生產和流通工作會議，6月下發了《國務院關於進一步完善糧食生產和流通有關政策措施的通知》，提出要大力推進農業和糧食生產結構的戰略性調整、認真落實按保護價敞開收購農民餘糧政策、適當增加糧食風險基金規模、擴大國家儲備糧庫建設規模、進一步拓寬糧食購銷渠道、加快國有糧食購銷企業改革等措施。
2001年，國務院針對糧食產銷區的不同情況，加快了糧食購銷市場化改革步伐。同年7月，下發了《國務院關於進一步深化糧食流通體製改革的意見》，8月召開了全國糧食工作會議，將該文件精神高度概括為“放開銷區、保護產區、省長負責、加強調控”。會後，各省（區、市）政府根據會議和文件精神，結合本地區實際情況，積極部署貫徹落實。從2001年開始，浙江、廣東等8個糧食主銷省（市）已經先後實行糧食購銷市場化，全麵放開糧食收購市場。從2002年4月1日起，產銷平衡地區的雲南、貴州、廣西、重慶等4個省（區、市），也逐步實行糧食購銷市場化。糧食主產區繼續堅持“三項政策、一項改革”，堅持按保護價敞開收購農民餘糧政策，切實保護農民利益，充分發揮糧食生產的比較優勢。
以上這一係列政策的出台，實際上也是以市場為取向的糧食流通體製改革的不斷深化，這為逐步建立和完善適應社會主義市場經濟發展要求和符合我國國情的糧食流通體製奠定了基礎，為2004年的全麵糧改鋪平了道路。
三、全麵放開糧食市場：中國糧改攻堅戰
糧改邁出關鍵一步
1998年開始的糧食流通體製改革取得了明顯的成效，這是毫無疑問的，但也存在著一些問題，這也是我們毋庸諱言的。究其原因，許多專家、學者都認為在糧改政策設計上存在著種種矛盾和缺陷。
1．按保護價敞開收購農民餘糧的政策難以貫徹到位，並與削減財政補貼的目標相矛盾。敞開收購一方麵給財政帶來巨大負擔，補貼難以及時足額到位，使企業麵臨巨額潛虧，另一方麵又給企業收購新糧帶來庫容不足的壓力，主產區不得不大量露天存放糧食。在這種情況下，就出現了兩個結果：一是地方政府迫於財政壓力，不斷調低保護價水平；二是購銷企業為避免收得越多虧得越多，或變相限收、拒收，或壓級壓價克扣農民，從而形成了“敞開不收購”和保護價“不保護”的現象。
2．國有糧食購銷企業難以壟斷糧源。壟斷糧源是新糧改的一個重要政策目標和手段，也是整個“三項政策”體係發揮作用的前提和基礎。但是，即使購銷企業完全做到敞開收購，要實現對糧源的壟斷也很難。原因主要有三個方麵：一是禁止私商糧販和其他糧食企業進入農村收購糧食是一項監督成本極高、根本無法實施的政策；二是存在大量的農民自儲糧食，又不能限製農民自由出售自己生產的糧食，而這一部分糧食入市的數量、時間及出售渠道是個變數，很難預料和控製，對整個市場的潛在影響相當大；三是農村集市貿易的存在，主產區倉容不足、糧滿為患的矛盾，使國家壟斷糧源的可能性變小。
3．政企分開、自主經營與主渠道職能相矛盾。新糧改試圖通過改革企業與政府的關係，實現政企分開，減少補貼漏洞，將國有糧食企業建設成為“獨立核算，自主經營，自負盈虧”的經濟實體，但又規定國有糧食購銷企業必須承擔主渠道職能，堅持按保護價敞開收購農民餘糧。這實質上又賦予了企業一定的行政職能，也從本質上剝奪了企業一定的自主經營權。當一個企業沒有權利決定自己按什麼價格收糧、收多少糧，賣多少糧、按什麼價格賣，不能決定自己經營活動的融資辦法和融資數額時，它怎麼能成為一個獨立的經濟主體呢？它僅是一個政策工具。正因為如此，國有糧食企業改革遲緩，政企不分、人浮於事等痼疾沒有得到根治。在不少地方，糧食部門和企業觀念陳舊，“等、靠、要”思想嚴重，糧食行政管理部門仍在幹預或直接從事企業經營，部門與企業仍然是“兩塊牌子、一套人馬”，企業經營機製和管理方式基本還是老一套，冗員多、負擔重、效率低，缺乏競爭能力。國務院要求企業職工“三年減半”和不得發生新的虧損掛賬的目標都沒有實現，而且國有糧食購銷企業虧損還有加劇之勢，新一輪糧食財務虧損掛賬已是在所難免。
4．“順價銷售”政策可行性較差。實現順價銷售必須有購銷價格差存在。在定購價和保護價既定的情況下，隻有使過低的市場糧價上揚才能實現順價。要實現這一點，首先，從理論上說，國有糧食部門必須完全壟斷糧源、控製市場，這實際上也是“三項政策”設計的邏輯思維。但正如前麵所分析的，這幾乎是不可能的。既然壟斷糧源做不到，順價銷售當然也就成了問題。其次，順價銷售政策與“超儲補貼”政策相矛盾。“超儲補貼”使購銷企業不銷售就可坐吃補貼，缺乏促銷的動力，以致出現“順價不銷售”的怪現象。
為什麼我們下了那麼大的力氣，但改革的效果還是不理想呢？最為關鍵的原因，就在於我們沒有徹底打破在糧食流通體製方麵的計劃模式，沒有完全按照市場經濟的原則進行運作。比如，許多商品的價格放開了，但糧食的收購價格還在由糧食部門製定；許多商品的市場放開了，但糧食的收購市場還不準私商糧販進入。結果是殘餘的計劃模式與新生的市場機製經常發生摩擦，發生衝突，最終影響了改革的順利進行。顯然，我們不徹底放棄計劃模式，放開糧食市場，糧食流通體製改革就有可能功虧一匱。
當然，對於糧食這種關係到國計民生的特殊商品的流通體製改革，我們不能不采取慎之又慎的態度，否則就有可能引起市場的震蕩，引起社會的不穩定，1992年突然放開糧食市場引發糧食風潮就是前車之鑒。然而，經過1985年以來近20年的一係列糧食流通體製改革，市場力量在我國的糧食流通市場已成為了主導力量，現在我們還繼續維持一些計劃的模式，這無論是對糧食的生產還是流通都是一種阻礙，一種製約，既不符合市場經濟原則，也不符合我國國情。全麵放開糧食市場，實行購銷價格與經營市場化，作為糧食流通體製改革的核心攻堅戰擺在了我們的麵前，不攻破這個堡壘，不打贏這場戰爭，我們的糧食流通體製就無法得到徹底的改革，我們的糧食生產與糧食流通就無法得到正常的發展。
汲取1992年的教訓，對於放開糧食市場的改革，我們采取了先銷區、後產區，先試點、後全國的策略，盡量把改革的震蕩減少到最低的程度。2001年，首先是北京、天津、上海、江蘇、浙江、福建、廣東、海南等8個銷區省市放開；初試市場獲得成功後，2002年放開了廣西、雲南、重慶、青海等4省區；2003年6月前又放開了貴州、安徽、內蒙、新疆等4省區。在一些糧食主產區、購銷平衡區，也試點放開了部分縣市的糧食購銷市場。如湖南有10個市、湖北有63個縣、四川有100個縣、江西有3個市、河北有6個市、山東有9個市、河南有5個市放開，山西省玉米全部放開。截至2003年年底，全國31個省、自治區、直轄市放開糧食價格、購銷和市場的，已達16個，超過半數。從放開市場的情況看，普遍都呈現出市場穩定、購銷兩旺的好勢頭。
有鑒於此，2004年，中國正式打響了以全麵放開糧食市場為核心的糧食流通體製改革攻堅戰一
2004年的中央一號文件明確提出：從2004年開始，國家將全麵放開糧食收購和銷售市場，實行購銷多渠道經營。為保護種糧農民利益，要建立對農民的直接補貼製度。
2月25日，國務院常務會議研究部署進一步深化糧食流通體製改革工作。鑒於這項改革的艱巨性和複雜性，中央提出“必須堅持有利於發展糧食生產，有利於種糧農民增收，有利於糧食市場穩定，有利於國家糧食安全”的原則，在推進改革過程中要求處理好“四個關係”：一要處理好放開收購市場與加強和改善宏觀調控的關係，二要處理好放開收購市場與加強市場監管的關係，三要處理好放開收購市場與推進國有糧食購銷企業改革的關係，四要處理好放開收購市場與保證國家糧食安全的關係。
對農民實行直接補貼，是深化糧食流通體製改革的一個核心內容。3月29日，中共中央政治局會議強調，要在上半年把對主產區種糧農民的直接補貼基本兌現到戶，在播種前把國家對重點產區農民的良種補貼發放到農民手中。對重點糧食品種實行最低收購價格製度，確保種糧農民增加收入。
放開糧食收購和價格，建立統一、開放、競爭、有序的糧食市場體係，則是深化糧食流通體製改革的另一個核心內容。5月19日，國務院常務會議提出了深化糧食流通體製改革工作六個重點，第一就是要積極穩妥地放開糧食收購市場，建立統一、開放、競爭、有序的糧食市場體係。
5月31日至6月1日召開的全國糧食流通體製改革工作會議，對2004年全麵放開糧食收購市場，進一步深化糧食流通體製改革進行了全麵、係統與整體的部署。
6月7日，國務院總理溫家寶簽署第407號國務院令，頒布實施《糧食流通管理條例》。2004年的新糧改由此進入全麵實施的階段。
《條例》規定，國家鼓勵多種所有製市場主體從事糧食經營活動，促進公平競爭。依法從事的糧食經營活動受國家法律保護。嚴禁以非法手段阻礙糧食自由流通。
《條例》規定，糧食價格主要由市場供求形成。國家加強糧食流通管理，增強對糧食市場的調控能力。糧食經營活動應當遵循自願、公平、誠實信用的原則，不得損害糧食生產者、消費者的合法權益，不得損害國家利益和社會公共利益。
對比1998年6月6日頒布的《糧食收購條例》，我們便可以發現，這次改革的突破之大。《糧食收購條例》規定：收購糧食必須嚴格執行國家的價格政策……隻有經縣級人民政府糧食行政管理部門依照本條例第六條規定條件批準的國有糧食收儲企業，方可按照國家有關規定從事糧食收購活動。未經批準，任何單位和個人不得直接向農民和其他糧食生產者收購糧食。而這一次實施的《糧食流通管理條例》明確規定，國家鼓勵多種所有製市場主體從事糧食經營活動。這意味著，國家糧食部門壟斷了50多年的糧食收購市場，從此向外開放了。民營企業、個體戶也可從事糧食經營，並且價格可以隨行就市。
政令一出，全國響應。各省、市、區都根據各自地區的實際情況，出台了進一步深化糧食流通體製改革的實施意見，並紛紛從2004年新糧上市起放開糧食收購市場和糧食收購價格。
這一次以放開糧食市場為核心的糧食流通體製全麵改革，是在2003年糧食產量減少、價格暴漲的情況下推行的，許多人曾經擔心會加劇市場的波動。事實卻恰恰相反，市場相當平靜，農民心情舒暢，種糧積極性高漲；市民心態平和，沒有搶購現象；國有糧食企業著力改革，重新尋找自己的位置……這說明放開糧食市場的改革得到了社會的認同，是一項水到渠成、瓜熟蒂落的改革。
值得我們重點指出的是，放開糧食收購市場和收購價格，並不意味著政府對糧食安全撒手不管，而要正確處理好放開糧食收購市場和加強市場監督的關係。《條例》規定，要健全糧食市場準入製度，從事糧食收購的企業，須經縣級或縣級以上糧食行政管理部門審核入市資格，並在工商行政管理部門注冊登記後，方可從事糧食收購和經營活動。糧食行政管理部門應當切實轉變職能，加強對糧食流通的行政管理和監督。工商、質檢、衛生等有關部門應當在職責範圍內加強糧食市場管理，依法取締違法經營，嚴格查處攙雜使假、合同欺詐、囤積居奇、哄抬物價等各種違法、違規行為，保護糧食消費者合法權益，切實做到糧食市場放得開、管得好。
為了配合這一次的糧改，2004年7月，國務院七部委（國家發展和改革委員會、國家糧食局、農業部、商務部、國家工商行政管理總局、國家質量監督檢驗檢疫總局、國家統計局）聯合發文，合力清理糧食流通市場。通知要求，所有從事糧食收購、批發、零售、儲存、加工的糧食經營者以及飼料、工業用糧企業，應當建立糧食經營台賬製度，如實記錄糧食購進、銷售、庫存等經營情況，並及時向糧食行政管理部門報告。通知還特別指出，各級糧食、物價、工商部門要規範糧食經營者的行為，引導經營者合法經營。“對糧食經營者囤積居奇、造謠惑眾、哄抬價格、短斤少兩、擾亂市場等不法行為要依法從嚴查處，對無照經營、超範圍經營糧食的要依法取締，維護糧食市場正常流通秩序。”
如果說1998年的糧改是全麵推進的改革，2004年的這次糧改則是全麵放開的改革，它既是在新形勢下對1998年以來糧改政策的進一步完善，又有實質性的突破，影響重大，意義深遠。其目標是建立適應社會主義市場經濟發展要求和符合我國國情的糧食流通體製和運行機製，在國家糧食宏觀調控下，充分發揮市場對糧食資源的基礎性配置作用。這既是在原有體製上的深刻變革，又是一次脫胎換骨式的體製創新和製度創新。這是非常關鍵的一步，是十分重要的一步，它既關係到糧食生產者、經營者、消費者的切身利益，也關係到改革的大局，社會穩定的大局。我們沒有現成的模式，缺少實踐經驗，麵臨的問題又錯綜複雜，但我們不能回避、不能退縮，隻能充分認識到改革的艱巨性，精心組織、周密部署，做好應對可能出現各種複雜情況的預案，以確保改革順利實施。
糧食直補：好處直接給糧農
2004年，春暖花開的時候，農民在播種前聽到了一個振奮人心的好消息——國家要給糧食直接補貼了。
2004年2月25日，溫家寶主持召開國務院常務會議，研究部署糧食流通體製的改革工作。會議通過了對種糧農民直接補貼的實施意見，原則上由中央財政出資對主要產糧區種糧農民直接補貼，各省市對本地的種糧農民實行直接補貼。這些意見隨後寫入了溫家寶的《政府工作報告》。
隨後，財政部長金人慶宣布，國家把通過流通環節的間接補貼改為對糧食主產區種糧農民的直接補貼，2004年13個糧食主產省，從糧食風險基金中拿出100億元安排對種糧農民直接補貼。3月31日，財政部發出緊急通知，要求各地盡可能在春播之前兌付部分直補資金，並在上半年把全部補貼資金基本兌現到農戶。一場糧食直補行動，由此在全國各地暖洋洋地展開了。直接補貼就是要把國家以糧食風險基金的形式建立起來的糧食補貼資金，由原來補貼糧食流通環節（經營者）改為直接補貼糧食生產環節（生產者），補貼資金一竿子到農戶，不容許再有中間環節截留、克扣。因此，直補的直接受益者是種糧農民，種糧多的多補貼，不種糧的不補貼，以此促進農戶擴大糧食規模經營，推動糧食產業化的快速發展，實現糧食生產經營的規模效益。
對農民實行直接補貼，是這一次糧食流通體製改革的一個核心內容，它標誌著我國對種糧農民的直接補貼機製開始建立。這不僅對維護農民利益、促進農民種糧積極性具有極其重要的作用，而且對於改變傳統的農業補貼模式具有極其重要的示範意義。