在此清學蛻分與衰落期中，有一人焉能為正統派大張其軍者，曰：餘杭章炳麟。炳麟少受學於俞樾，治小學極謹嚴；然固浙東人也，受全祖望、章學誠影響頗深，大究心明清間掌故，排滿之信念日烈。炳麟本一條理縝密之人，乃其早歲所作政談，專提倡單調的“種族革命論”，使眾易喻，故鼓吹之力綦大。中年以後，究心佛典，治俱舍唯識，有所入。既亡命日本，涉獵西籍，以新知附益舊學，日益閎肆。其治小學，以音韻為骨幹，謂文字先有聲然後有形，字之創造及其孳乳，皆以音衍。所著《文始》及《國故論衡》中論文字音韻諸篇，其精義多乾嘉諸老所未發明；應用正統派之研究法，而廓大其內容延辟其新徑；實炳麟一大成功也。炳麟用佛學解老莊，極有理致，所著《齊物論釋》，雖間有牽合處，然確能為研究“莊子哲學”者開一新國土。其《菿漢微言》，深造語極多；其餘《國故論衡》《檢論》《文錄》諸篇，純駁互見。嚐自述治學進化之跡，曰：
“少時治經，謹守樸學，所疏通證明者，在文字器數之間，雖嚐博觀諸子，略識微言，亦隨順舊義耳。……繼閱佛藏，涉獵《華嚴》《法華》《涅槃》諸經，義解漸深，卒未窺其究竟。及囚係上海，專修慈氏世親之書，此一術也，以分析名相始，以排遣名相終，從入之途，與平生樸學相似，易於契機。……”
“……講說《許書》，一旦解寤，的然見語言文字本原，於是初為《文始》……由是所見與箋疏瑣碎者殊矣。……”
“為諸生說《莊子》，旦夕比度，遂有所得，端居深觀而釋《齊物》，乃與《瑜伽》《華嚴》相會。……”
“自揣平生學術，始則轉俗成真，終乃回真向俗……秦漢以來，依違於彼是之間，局促於一曲之內，蓋未嚐睹是也。……”《菿漢微言》卷末
其所自述，殆非溢美，蓋炳麟中歲以後所得，固非清學所能限矣。其影響於近年來學界者亦至巨。雖然，炳麟謹守家法之結習甚深，故門戶之見，時不能免。如治小學排斥鍾鼎文龜甲文，治經學排斥“今文派”，其言常不免過當。而對於思想解放之勇決，炳麟或不逮今文家也。