晚清思想界有一伏流曰：佛學。前清佛學極衰微，高僧已不多，即有，亦於思想界無關係。其在居士中，清初王夫之頗治相宗，然非其專好。至乾隆時，則有彭紹升、羅有高，篤誌信仰；紹升嚐與戴震往複辨難《東原集》，其後龔自珍受佛學於紹升《定庵文集》有《知歸子讚》，知歸子即紹升，晚受菩薩戒。魏源亦然，晚受菩薩戒，易名承貫，著《無量壽經會譯》等書。龔、魏為“今文學家”所推獎，故“今文學家”多兼治佛學。石埭楊文會少曾佐曾國藩幕府，複隨曾紀澤使英；夙棲心內典，學問博而道行高。晚年息影金陵，專以刻經弘法為事；至宣統三年武漢革命之前一日圓寂。文會深通“法相”“華嚴”兩宗，而以“淨土”教學者；學者漸敬信之。譚嗣同從之遊一年，本其所得以著《仁學》；尤常鞭策其友梁啟超，啟超不能深造，顧亦好焉；其所著論，往往推挹佛教。康有為本好言宗教，往往以己意進退佛說。章炳麟亦好法相宗，有著述。故晚清所謂新學家者，殆無一不與佛學有關係，而凡有真信仰者率皈依文會。
經典流通既廣，求習較易，故研究者日眾。就中亦分兩派，則哲學的研究，與宗教的信仰也。西洋哲學既輸入，則對於印度哲學，自然引起連帶的興味；而我國人曆史上與此係之哲學因緣極深，研究自較易；且亦對於全世界文化應負此種天職，有誌者頗思自任焉。然其人極稀，其事業尚無可稱述。社會既屢更喪亂，厭世思想，不期而自發生；對於此惡濁世界，生種種煩懣悲哀，欲求一安心立命之所；稍有根器者，則必遁逃而入於佛。佛教本非厭世，本非消極；然真學佛而真能赴以積極精神者，譚嗣同外，殆未易一二見焉。
學佛既成為一種時代流行，則依附以為名高者出矣。往往有夙昔稔惡或今方在熱中奔競中者，而亦自托於學佛；今日聽經打坐，明日黷貨陷人。淨宗他力橫超之教，本有“帶業往生”一義；稔惡之輩，斷章取義，日日勇於為惡；恃一聲“阿彌陀佛”，謂可湔拔無餘，直等於“羅馬舊教”極敝時，懺罪與犯罪，並行不悖。又中國人中迷信之毒本甚深。及佛教流行，而種種邪魔外道惑世誣民之術，亦隨而複活；乩壇盈城，圖讖累牘；佛弟子曾不知其為佛法所訶，為之推波助瀾；甚至以二十年前新學之巨子，猶津津樂道之。率此不變，則佛學將為思想界一大障，雖以吾輩夙尊佛法之人，亦結舌不敢複道矣。
蔣方震曰：“歐洲近世史之曙光，發自兩大潮流，其一：希臘思想複活，則‘文藝複興’也；其二：原始基督教複活，則‘宗教改革’也；我國今後之新機運，亦當從兩途開拓；一為情感的方麵，則新文學新美術也；一為理性的方麵，則新佛教也”《歐洲文藝複興時代史》自序。吾深韙其言。中國之有佛教，雖深惡之者終不能遏絕之；其必常為社會思想之重要成分，無可疑也。其益社會耶，害社會耶，則視新佛教徒能否出現而已。
更有當附論者，曰基督教。基督教本與吾國民性不近，故其影響甚微。其最初傳來者，則舊教之“耶穌會”一派也；明士大夫徐光啟輩，一時信奉，入清轉衰；重以教案屢起，益滋人厭。新教初來，亦受其影響。其後國人漸相安，而教力在歐洲已日殺矣。各派教會在國內事業頗多，尤注意教育；然皆竺舊，乏精神；對於數次新思想之運動，毫未參加，而間接反有阻力焉。基督教之在清代，可謂無咎無譽；今後不改此度，則亦歸於淘汰而已。