李斯當然不會坦言正是中央政府派出的官員的種種劣跡使得新法不得人心，而是將齊魯不安的情形全歸諸古書以及那些鑽研、教授古籍的儒生。
李斯最後的警語是：再不查禁古籍，再不禁止儒生私人辦學和結社，很快中央集權的新製度就會遭到質疑和挑戰，尤其是孟軻“民為重”的鬼話，更直接動搖皇帝的統治權威。
李斯的奏議正說到了秦始皇的痛處，始皇帝當即頒布聖旨，依李斯的奏議，全國焚書！
從遼東到南海，自東海至臨洮，隻要是大秦統治權能及的地方，隻要是中原文化所流到的處所，這30天內，大地上不分晝夜地升起了青煙。
在炫目的火光下，幾千年來先聖、先賢的智慧結晶，無數工匠巧藝體力的付出，全化成飛煙灰燼！
焚書的青煙更為秦朝的天空籠上了一層黑幕：清廉的官吏含著眼淚忍著心痛執行命令，貪官汙吏們則正好借此機會大發焚書財。收賄賂可以睜隻眼閉隻眼，沒錢送，目不識丁的人家也可以整個翻過來。更恐怖的是各級政府厲行檢舉及連坐措施，檢舉者有重賞，知情不報者同罪。於是鄰居檢舉鄰居，同事告發同事已不算稀奇，父親舉發兒子，兒子舉發父親，兄弟互相告發的情形也不能算作新聞了。
大秦帝國，籠罩在一片恐怖之中！
竹帛煙銷帝業虛，關河空鎖祖龍居。
坑灰未冷山東亂，劉項原來不讀書。
唐代詩人章碣的一首《焚書坑》，寫出了秦朝焚書實為統治力急劇下降的證明。商鞅變法之後的秦國政策，是以中央集權來集結各種力量，使秦國國力迅速增強，進而統一天下。但統一後的秦皇室卻因幅員過大，環境太複雜，喪失了執行政策的掌握力，進而造成統治上的無效和混亂。但是作為當事者的秦始皇和李斯，雖感到問題的壓力，卻看不到問題的核心。以焚書政策來做思想的統一，已充分顯示出秦國當權者已經無力對當時的環境作出有效的反應，根本看不到自己的問題，秦帝國崩潰的危機已到了不可挽救的地步。
然而，秦始皇對這種危機一無所知。焚書之後，無書可看，無事可幹的儒生謾罵成一片。當這些地下的言論傳到了秦始皇的耳朵中後，贏政拍案而起，怒火衝天，一次比焚書更令人發指的行動，徹底將大秦帝國拖入了泥沼！
儒家思想的黑夜
秦始皇的焚書之舉激起了普天下儒生的強烈不滿，但在朝廷的高壓之下，沒有儒生敢以身試法，直接麵陳反對意見。淳於越原想讓秦始皇放棄過於嚴厲的法治而以封建製度來解決各地區問題，特別是組織結構一向複雜的齊地，沒想到卻換來了如此嚴重的後果。如果再有不識相者說三道四，那結果可不敢想像。
但話不吐不快，“書呆子”們雖不敢公開謾罵，背地裏卻在一泄憤懣。然而他們沒想到的是，這種地下活動反而使批評力量傳播得更快！秦始皇在民間的耳目眾多，這些流言蜚語很快便傳到了始皇帝的耳朵中。秦始皇和儒生的關係，也因此而迅速惡化。
焚書的第二年，為突顯秦始皇在皇室中的地位，決定為正在修建過程中的阿房宮加建“始皇登天台”。由於此事與宗教有關，始皇便再度要求已經不用去釣魚的盧生為其工作，主持修建登天台。
之前盧生曾被秦始皇派去求取不老丹，但他卻將自己煉丹的配方謊稱是不老藥的配方交給了秦始皇。秦始皇按方煉丹並服用之後，根本看不出有什麼長生不老的跡象，白胡子還是一天比一天多，由此對該配方的真實性產生了懷疑。幸好盧生用三寸不爛之舌保住了小命，但秦始皇對他的不滿也日益加深了。
這次在阿房宮修建登天台，其用意不外乎秦始皇想站在台上接見前來訪問的仙人，而盧生的任務，則是以一個外交官的身份去邀請仙人下凡。這對盧生來說，可是個難上加難的任務：出海尋仙，沒有外人跟著，可以隨心所欲地去釣魚，去遊玩，就當作公費旅遊了；這回始皇帝要親眼目睹仙人的真容，盧生傻了眼，到哪找仙人去？就算找來一些仙風道骨的人，也不可能讓他們跟普通人一樣爬著樓梯上台吧？真正的仙人可是會飛的，任盧生再能說會道，也不能把人給吹上天吧。
盧生琢磨了好久，終於想出一個好主意，他先給秦始皇打上預防針，等事情發展到最後，自己也好借著這根救稻草撿回小命。
經過七八年的密切相處，盧生已經能相當準確地掌握秦始皇的心理，對一向缺乏安全感又好疑的皇帝來說，最害怕的便是別人窺視他私底下的言行，於是盧生便抓住這點來借題發揮：“臣等為陛下求取靈芝仙藥但總是空手而回，是因為有什麼東西傷害了仙人，所以他們不願給。我認為，陛下要經常秘密出行才能驅逐惡鬼，惡鬼避開了，神仙真人才會到來。陛下住的地方如果讓臣子們知道了，就會妨害到仙人。真人是入水不濕，入火不傷的，並且能夠乘駕雲氣四處遨遊，壽命和天地共久長。現在陛下治理天下，還沒能做到清靜恬淡。因此，希望皇上日常所居及言行切勿隨便為人所知，然後不死的仙藥才能順利獲得。”盧生這些話，秦始皇不見得相信，但正好讓他有足夠理由來刻意掩飾其私下的言行，同時也可以避開刺客的暗殺。因此對他的這些胡話表示了讚同，並說：“朕極其仰慕你所說的那些真人，從此之後，朕自稱‘真人’，其他人也隻能以此來稱呼本真人！”