接著，秦始皇按照盧生的說法，命令鹹陽四邊200裏內的270座宮觀都用天橋、甬道相互連接起來；把帷帳、鍾鼓和美人都安置在其中，全部按照所登記的位置不得移動；他所到的地方，如有人說出去，就馬上拉出去砍頭！
秦始皇以為，死命令一下，再無人敢犯龍顏了。但令他沒想到的是，沒過幾天，這道殺人旨意真就付諸實施了。
有天秦始皇在新建成的梁山宮山上看到山下經過的李斯的車騎陣容龐大，心中十分不滿，便發了幾句牢騷。侍從人員便將此事告訴李斯，李斯立刻減少跟隨車騎。想不到秦始皇知道這件事後勃然大怒：這說明有人泄露了他私下裏的言行，便將當時在場的太監及侍從人員全部處死。雖然這件事所牽連的大多是宮內的奴才們而已，但所有的重臣和近臣都因而大感不安，再也不敢過分地親近秦始皇了。
最感到害怕的，卻是始作俑者的盧生，他和始皇間秘密的事情最多，萬一哪天天機泄露，那腦袋肯定就得換個地方安家落戶了。因此他和諸儒生商量道：“皇上天性剛愎自用，並吞諸侯取得天下後，更是意得欲從，自以為功業冠古今。他重用獄吏及執法人員，雖有博士70人，也隻不過是留著備用罷了。丞相等大臣也僅有接受命令、執行命令的權力，一切以皇命為主。皇上還喜歡以刑殺為威，天下人因為害怕犯罪，更想保持祿位，根本不敢真正盡忠。他從未聽過批評，所以日益驕傲，下麵的人隻好以欺瞞掩飾來取得皇上歡心。秦法規定，一個方士不能兼有兩種方術，如果方術不能應驗，就要處死。然而占侯星象雲氣以測吉凶的人多達300，都是正直之士，卻因為害怕獲罪，就得避諱奉承，不敢直接了當地說出皇上的過錯。天下事大小均取決於皇上，他每天處理公事要以石（120公斤）計算，日夜不得休息，貪圖權勢如此，是不可能幫助他求得仙藥的。我已經盡了人力，不能再伺候他了！”
這雖僅是盧生逃避責任的借口，但從這裏也可以看出，到了晚年的秦始皇，由於受盧生等方土的影響，變得非常孤獨；再加上工作量龐大，日夜不得休息，更使他成了緊張兮兮的神經病。在這樣的精神狀態下，會做出怎麼樣的事情，已經很難預料了。
盧生這段話，自然很快在儒生及方士間傳開，很多人更表示，連最親密的戰友盧生都跑了，始皇帝的確已到眾叛親離的地步了。
得知盧生在罵了自己一頓便逃跑之後，秦始皇勃然大怒：“前些日子本真人下令搜集諸子百家書籍，不中用的全燒毀，又召集如此多的文學方術之士到此，主要想讓天下能興盛太平！本真人是何等地禮遇盧生他們，現在卻這樣誹謗本真人，到處說本真人的壞話！”他馬上下旨，“立刻去追查成陽城內的儒生，哪個和盧生有來往，還有那些口出狂言、擾亂民生的，無論是何方神聖，都馬上查辦。”
秦始皇派遣禦史審問在成陽的各個儒生。這些手無縛雞之力，又膽小如鼠的儒生在恐懼之下，相互告密，總共牽引出460餘位和盧生有關係的黨徒。秦始皇下令，全部活埋坑殺！這便是曆史上最有名的慘劇——坑儒事件。
由於秦始皇這時已處在相當不正常的情緒下，因此沒有人敢表示任何意見。隻有始皇的長子扶蘇，基於人道主義立場，向始皇規勸道：“天下初定，遠方百姓的向心力尚且不夠；諸生都是口誦孔子的門徒，真人降以重罪，恐怕會使齊、楚間的百姓更為不安呢！希望真人明察。”
尚在暴怒中的秦始皇自然無法接受扶蘇不斷地進諫：什麼時候老子輪到被兒子教訓了？等我死了之後你再來摻和吧！為了避免在眼前看了生氣，他下令扶蘇到邊疆去監督蒙恬的北征軍團。