秦始皇是使用如此簡單、殘暴的舉動，而且毀滅了許多珍貴的文化典籍，令許多後代史家對先秦曆史無處可查，情急之下破口大罵，令贏政本人在史籍中聲名狼藉。而且此舉對當時的政治環境也造成了惡劣的影響，“坑灰未冷山東亂，劉項原來不讀書”，章碣的詩正是對焚書坑儒事件最好的詮釋。
儒家思想自孔子首創以來，至此跌入了低穀。黑夜直到漢武帝時董仲舒“罷黷百家，獨尊儒術”後才漸漸散去。而那時，已經距焚書坑儒事件有74年了。
在司馬遷的《史記》中，坑儒悲劇在此告一段落了，但在東漢衛宏的（《詔定古文尚書序》中，秦始皇繼成陽坑儒460多人之後，再次坑儒700餘人於驪山！
（秦始皇）患若天下不從所更改法，而諸生到者拜為郎，前後七百人。乃密令冬種瓜於驪山坑穀中溫處。瓜實成，詔博士諸生說之，人人不同。乃命就視之，為伏機。諸生賢儒皆至焉．方相難不決，因發機，從上填之以土，皆壓，終乃無聲。
這段曆史是真是假，至今仍無定論，但也可以試著分析一下。
如果這場悲劇是真實的，那麼司馬遷不可能不記載於《史記》之中。司馬老爺子本來就對坑儒事件極度反感，這次秦始皇竟然坑殺了700餘人，數目遠超過第一次的460人；而且還是用卑鄙的欺騙手段，這對一直對秦始皇帶有偏見（寫他是私生子）的司馬遷來說，是一個更大的罪證，如不大寫特寫，怎麼能對得起自己的筆刀呢？如果說他並不知道此事，所以沒有寫進去，那東漢的衛宏又是從何得知的呢？要知道，司馬遷生活的年代距秦朝並不遙遠，而東漢卻和秦朝差了二百五六十年之久。
因此，可以初步認定，這段記載並不是曆史事實，而是出於當時政治的統治需要杜撰罷了。
坑儒事件的事實至此似乎已經無可非議了，但近年來又有一些專家提出了不同的觀點：秦始皇到底坑沒坑儒？
有學者提出，秦始皇“焚書”有之，“坑儒”則無，所謂“坑儒”實是“坑方士”之訛。當時秦始皇主要針對方術之士大開殺戒，儒生被坑殺者雖有，但為數不多。從曆史上看，儒家在秦朝的地位，比以往大有提高，秦始皇的“坑方士”行動，對秦代儒生的社會政治地位，並未造成大的影響。因此，當時以至漢初的儒家學者，對這一事件不甚介意，極少有言及者，直至西漢中期才為人們注意，稱之為“坑殺術士”。
西漢始元六年（前81），才有桑弘羊最先提出秦始皇“坑儒”這一說法，這時距秦始皇崩逝已有100多年了，而且尚是“罷黷百家，獨尊儒術”炒得最熱鬧的時候。此後，曆代儒家學者為了弘揚孔孟仁義之說，都把“焚書坑儒”作為反麵教材，進行抨擊。即便如此，儒學家中仍不乏持保留態度者。如唐代韓愈、北宋司馬光，對？坑儒”之說采取回避態度，而稱“坑殺學士”，或謂“屠術士”。可見，秦始皇的“坑儒”並不是一樁“鐵案”，事情的真相到底如何，還有待進一步的考證。當真相大白的那天，我們也許會發現：秦始皇白白地擔當了中國學術史上的罪人，承受了2000多年的唾罵。
無論事情的真相到底如何，秦始皇這種簡單粗暴的執政措施都讓秦朝的統治力進一步下降，他在百姓心目中的暴君形象也進一步深化，最終達到了一個不可收拾的地步：一個個關於大秦帝國即將滅亡的詛咒，像陰魂一樣在秦始皇的身邊揮之不去，甚至躲無可躲！
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焚書坑儒之後的秦始皇在人民心裏已經是一個十足的暴君，人們莫不希望他趕快一命歸西。但刺殺行動在多次失敗之後已經讓秦始皇萬分戒備，故技重施也隻能是徒勞無功，反而會激得秦始皇再次大開殺戒。但他們又不甘心就這樣成為魚肉。既然行動不能威脅到你，那麼就從心理上摧毀你的防線。
你秦始皇不是怕死嗎？那我們就偏詛咒你死。靈不靈是次要的，就像是癩蛤蟆上腳麵，咬不死你也要惡心死你。
秦始皇三十六年（前211），天現異像：火星侵入心宿（心宿二，天蠍座的主星，全天第十五亮星，紅色。中國古代又稱大火，屬東方蒼龍七宿的心宿，用來確定季節。傳說中國在4000多年前顓頊時，就設立了火正的官職專門負責觀測這顆星。因此它在星相學中被看作是皇帝的象征），這種天象象征著帝王有災。秦始皇因此而變得憂心忡忡。現代人都知道，這不過是天體的運行規律而已每隔一段時間就會出現，跟上天示警根本扯不上。但在那個科技水平極其低下的時代，天人合一的說法占據了主導地位，人們更願意相信這是上天的預警，更何況已經對鬼神之事深信不疑的秦始皇了呢？