1873年2月23日，同治帝大婚親政，日本派遣外務卿副島種臣及外務權大丞柳原前光來中國祝賀並互換《中日修好條規》。柳原前光先到總理衙門就台灣事件提出質問，總署大臣毛昶熙、董恂答道：“‘番民’殺琉球民之事已經聞得，但害貴國人則未聞。台、琉兩島均是我屬土，屬土之人相殺，裁決在我。我恤琉人自有措置，與貴國無涉，不煩過問。”
柳原前光爭辯道：“琉球向來是日本的藩國，其國王尚泰為日本的藩王，列於華族，怎能說與我國無關呢？再者，貴國既知撫恤琉人，為何不懲台‘番’呢？”毛、董兩人說：“殺人者皆‘生番’，故且置之化外。日本之蝦夷，美國之紅番，皆不服王化，此亦萬國之所時有。”柳原前光說：“‘生番’害人，貴國放棄不管，而我國卻要向島人問罪，因兩國盟好，故事先告知。”毛、董說：“‘生番’既然是我國化外之民，伐與不伐，貴國自裁。”柳原前光聽到打不打台灣由日本自己決定這句話，不禁大喜，連忙告辭，退出總署，趕緊回國。
1874年4月，日本政府在長崎設立台灣事務局，任命參議大隈重信為局長，陸軍中將、陸軍省大輔西鄉從道為都督，陸軍少將穀幹城、海軍少將赤鬆則良為參軍，聘請美國原駐廈門領事李仙得為參謀，具體策劃武裝侵台活動。美國反對侵台，並令美國駐廈門領事逮捕李仙得。英國公使也反對日本侵台。於是日本內閣急令權少內史金井之恭、內務卿大久保利通先後趕到長崎，阻止出兵。
但是西鄉從道不遵命令，將輪船還給英美，另外以16萬元購得輪船兩艘，準備出發。日本駐廈門領事福島九成給廈門道一封信，轉送浙閩總督李鶴年，聲稱假道至台灣向“生番”問罪。李鶴年複信說：“台灣全島為我所管領，‘土番’犯禁，我自有處置，為何要借日本兵力？至於貴國的4名遇害者，曾受我台灣府吏的救護，怎能以怨報德！請速收兵，勿啟兩國之釁。”西鄉從道一意孤行，怎會聽李鶴年的勸告？
同年6月15日，日軍1600人乘“日進”“孟春”和“三國”號3艘輪船從長崎出發，直撲台灣。16日抵達台灣，輪船停泊於社寮澳，當日登陸完畢。高山族聞訊，組織族人前來誘敵。日軍聞報，立即以槍射擊，打死一人，其餘逃奔叢林。日軍在龜山安營紮寨。7月5日，日軍從車城社入山，攻打竹社、鳳口、石門諸社。高山族在石門天險壘石力拒。日軍繞道出其背後，殺高山族30餘人。此時，西鄉從道率兵3000人乘“高砂”號軍艦前來增援。日軍在西鄉從道指揮下，分三路進攻，盡燒村落，越過四溪，深入到牡丹社。高山族伏於叢林，進行遊擊戰。日軍疲於奔命，無計可施，隻得退守龜山，在這裏造都督府，設醫院，修橋梁，築道路，開荒屯田，作長久之計。
浙閩總督李鶴年得悉日軍入台之後，立即向朝廷報告，清政府命船政大臣沈葆禎為欽差，督率福建水師赴台觀察動靜。沈葆禎抵台後，派福建藩司潘尉雨、台灣道夏獻綸去和西鄉從道談判。7月14日，潘、夏兩人到車城客館，與西鄉從道談判，雙方反複辯論，相持不下。7月20日，最後雙方達成三條協議：一是中國賠償日本軍費；二是中國嚴格管束高山族，不使日本漂流民受到損害；三是立約後日軍全部退出台灣。
當初，西鄉從道入侵台灣的時候，日本政府派柳原前光來到北京，就台灣問題與總署談判未成，遂進行開戰準備。日本立即向諸道征兵，購買兵艦，準備大戰。中國則在澎湖列島建造炮台，在台灣敷設海底電纜，向德國購置毛瑟槍3萬支，向丹麥訂購鐵甲艦，福建巡撫王凱泰帶兵25000人渡台。日本見中國大規模備戰，大驚，內務卿大久保利通偕李仙得來談判。大久保要求賠款300萬元，軍機大臣文祥、巡視台灣大臣沈葆禎堅決不答應。然而總署諸大臣堅持對日妥協，與日達成如下協議：一、日本此次出兵是保民義舉，無可非議；二、中國賠銀50萬兩，其中10萬兩為難民家屬的撫恤金，40萬兩為日軍留台設施的補償金；三、中國應對高山族妥為約束，以期永保旅客安全。至10月20日雙方蓋印換約，日軍從台灣回國。
再說日本吞並琉球。早在1872年日本就將琉球變為藩國，國王尚泰列為華族，並在東京賜府第令其居住。但尚泰心向中國，稱病拒赴東京，仍與中國保持貢屬關係。日本為結束琉球兩屬狀態，斷其與中國的關係，於1875年進兵琉球，命令其撤銷在福州的琉球館，貿易業務撥歸廈門日本領事館，禁止向清政府進貢及參加祝典。次年，日本強行接管琉球的司法權和警察權。尚泰不忍琉球為日本所吞，偷偷請求清政府助其複國，但李鴻章以琉球朝貢本無大利為由，對日本采取容忍、妥協態度，最後導致尚泰被擄，琉球被日本吞並。1879年琉球改為衝繩縣。
侵略朝鮮，吞並琉球，染指台灣，隻不過是日本政府實施“大陸政策”的序幕，更大的吞並計劃和侵略行動還在後頭。