小澤一郎在他的《日本改造計劃》一書中居然把日本與台灣稱做“命運共同體”，主張積極推進日台“政府間的交流”。1994年10月，日本政府不顧中國政府的強烈抗議，批準台“行政院副院長”徐立德出席廣島亞運會開幕式。1995年下半年，日本政府以協商台方出席APEC人選為借口，派出三名部長級幹部訪問台灣。台灣方麵，“立法院長”劉鬆藩、“經濟部長”蕭萬長、國民黨秘書長章孝嚴等高級政要，均訪問過日本。1998年1月，日本自民黨要人尾山靜六秘訪台灣，與李登輝晤談。4月，日本政府一改25年來不承認台灣護照的做法，對所謂“中華民國護照”直接加蓋入境許可證，其用心之不良已昭然若揭。東京都知事石原慎太郎多次到台灣活動，與李登輝、陳水扁會談，並將台灣稱為“國家”。日本外相川口順子在國會答複議員質詢時，也多次將台灣稱為“國家”。2003年12月，日本前首相森喜朗不顧中方嚴正交涉，訪問台灣，刻意提升日台關係。陳水扁就職後，日本右翼團體“日華關係議員懇談會”“青嵐會”“日華親善協會”紛紛向日本政府提出建議書，要求加強日台關係，措施包括：迅速就簽訂“日台自由貿易協定”舉行談判；設立“日台安全保障論壇”，提高日台交流級別；積極推動台灣加入各種國際組織等等。接二連三的反常消息，使人不得不嚴重注意日台關係的未來走向。
日本與台灣之間的關係不僅局限於政治層麵，還引人注目地向軍事領域發展。2004年3月31日至4月14日，台灣海軍實施“康平”魚雷作戰演習，將台灣自行研製的“萬象二號”魚雷用於實彈驗證。值得注意的是，台軍首次邀請曾任掃雷艦長的日本海上自衛隊退役少將隨艦觀察，演習模式也采取與日本海上自衛隊相近的做法。這隻是日台軍事勾結的冰山一角。長期以來，日台軍事交流日趨緊密，日本防衛廳對於這種交流的興趣“頗為高昂”。幾年前，台灣曾派遣了一個包括三位現役將領在內的軍事訪問團秘密訪問日本，與日本退役將領進行戰略對話，總共實施了兩次，對話內容除了廣泛交換雙方對於東亞戰略態勢的看法之外，也有相當具體的建議，包括雙方進行海上搜救演習。雙方規劃演習以“巧遇”方式進行：台方海巡署艦艇與日本海上保安廳的船隻在琉球海域不期而遇，然後就開始實施演習。雖然這次演習因故胎死腹中，但日方對於日台軍事交流的興趣由此可見一斑。
日本不僅從政治上公開為台獨張目，為中國的和平統一設置障礙，而且從法律、軍事兩方麵對介入台海軍事衝突預做準備。2003年6月6日，日本國會通過的“有事法製三法案”實際上是針對中國的一項軍事法案。三法案規定，一旦某國對日本支援美軍的行動提出譴責，並在日本領土附近集結軍隊，日本政府就可以據此判斷為“有事法製”中的“武力攻擊預測事態”，並進而啟動自衛隊作戰機製。這意味著，日本政府實際上已經突破了憲法對“行使集體自衛權”的製約，可以隨時啟動戰爭機製。因為中國是日本的鄰國，人民解放軍隻要集結軍隊，日本就可以視為在“日本領土附近”集結軍隊而找到戰爭的借口。
2004年5月20日，在陳水扁宣誓就職之際，日本國會下院趁機通過了7項法案，允許日本自衛隊在日本周圍區域發生軍事危機時向美軍提供支持。所謂“軍事危機”顯然是指台海危機。這7項法案中最關鍵的條款之一，是針對向“進攻日本”的國家運輸貨物的船隻，日本艦船有權“檢查和限製”其行動。這實際上是超出軍事領域的一項舉措，意味著一旦某國進攻日本領土，日本軍艦可以擊沉其民用運輸船隻，還意味著日本海上自衛隊可以不受限製地參與海戰，這是第二次世界大戰以來從未有過的。通過上述法案，是基於日本軍方的一種預測：日本陸上自衛隊在它的一份白皮書中提到“X國”可能進攻“D國”（X指中國，D指中國台灣），進攻發起後，為防止三麵受敵，中國可能會攻擊衝繩（琉球）群島軍事基地，以阻止美日軍隊從靠近台灣的基地向解放軍發動襲擊。為此，日本防衛廳甚至製定了“台灣海峽保衛戰”的詳細計劃，規定一旦台海戰爭爆發，日本海上自衛隊潛艇有可能對中國船隻發起猛烈攻擊。
根據2003年11月修訂的日本《防衛計劃大綱》，日本防衛廳陸上幕僚總監部（陸軍總參謀部）還製定了一項向衝繩派遣7200名自衛隊隊員的計劃，以應對台海兩岸可能的軍事衝突。該計劃預測，一旦台海戰爭爆發，中國人民解放軍為遏製日美幹預，會首先進攻離台灣約110公裏的日本宮古、與那國和石垣三島，日本有必要事前在三島部署自衛隊，並把駐紮在日本千葉縣習誌野市的第一空降旅編為“緊急狀況對應集團”，以備“不測”。