“聽說你非常愛國，你自己是怎麼看的？”
孫中山還以為此番前來定會遭到一頓訓斥，何啟竟然是用這樣的話來作開場白。
“我非常愛我的國家，我做夢都希望她強盛，如果能為她的強盛做一些事，我死不足惜。”
何啟聽了，臉上沒一點表情，靜靜地看著眼前這位比自己小八歲的年輕人，沉思了一會又問：“你既然非常愛國，決定學醫，為何選擇西醫而不選擇中醫呢？”
“中醫源遠流長，是我國文化精華之一，幾千年來為中華民族所信仰，隻是近年來我親眼看到西醫解決了困擾國人多時的鼠疫等問題，不由不對西醫心存信慕。”說到這兒，孫中山停下話來，眼望著何啟。
“就這個理由？”
“還有，因為西醫解決了中醫解決不了的問題，這使我納悶不解，也就鑽研了一些有關方麵的書籍，這才發現，中醫有個顯而易見的弊病。”
“哦，說說看。”
“中醫理論，原於道教，理論基礎自於陰陽八卦，沒有物質基礎作為理論支撐，又因為中醫是產生在科學誕生之前，沒有科學的研究方法和理論歸納能力，也沒有統計學論證。”
“說得好！”
“還有就是，巫師常常與中醫師合二為一，使一些醫師變得亦醫亦巫，讓人莫名其妙。”
“說得真是太好了！那麼，你對西醫有什麼看法呢？”
“西醫發展時間到現在雖然還隻有100多年的曆史，可人體解剖學的成果卻積累奠定了現代醫學的形態學基礎，人體物質世界的奧秘逐漸被發現和探索，這樣就容易找到病源，使治療起來有很強的針對性，效果自然就更明顯一些。”
何啟聽了，擊掌稱讚，滿臉的興奮。
何啟很早就接觸了西方國家的政治與科學，深感清朝政治腐敗、經濟落後，主張學習西方的科學技術，大力改革、推行新政。早在一八七二年，他就與人創辦了《華字日報》、《篁日報》等報紙，向人們報道世界大事。他本人，也發表了《中國之改革新政論議》、《中國改革之進步論》等有關革新、救國的論述。
正因為如此，從此以後，他既是孫中山的老師，更是孫中山的同誌和大力支持者。何啟後來不僅掩護了興中會在香港設立的據點，還直接參與了孫中山籌劃的廣州起義，並擔任革命軍的發言人。
1911年11月武昌起義成功，孫中山邀請何啟返廣東，任廣東省都督胡漢民的總顧問。孫中山特別囑咐胡漢民，凡外交事務，一定要請教何啟。
這是後話。得到何啟的支持，孫中山對自己更有信心，從此便“以學堂為鼓吹之地，”常與誌趣相投的同學議論時政，倡言“改良社會”、“無敬朝廷”。另一方麵，他更加勤奮地學習深入地思考，除了醫學知識，對歐美的政治、曆史、經濟、農業乃至天文、地理，一一努力去涉獵。
這段時期，孫中山非常信服達爾文的進化論，還很喜歡閱讀法國大革命史的有關書籍。由於他博學多識，甚至被同學們喻為“通天曉”。
1892年7月，26歲的孫中山參加香港西醫書院的畢業考試，在12門課程中，他的成績有10門為“優等”，有兩門為“及格”，屬“最優異”的成績，因而以首屆畢業生中第一名的成績畢業，並獲當時香港總督威廉·羅便臣親自頒獎。
還值得一提的是：在孫中山還沒有在西醫書院畢業時，就已經被人稱為良醫，高超的醫術在澳門廣為流傳。