孫中山萬萬沒有想到，此時的日本政府，突然改變了策略，決定不支持孫中山的革命，禁止武器運出台灣。萬般無奈的孫中山，隻好給鄭士良下達命令：自行決定進退，盡全力保存實力。
此時的鄭士良和他的義軍，因為接連的勝利，鬥誌高昂，接了孫中山的命令，立即渡海返回三洲田，準備盡售家產，以充軍費，然後會合新安、虎門的義軍，再攻廣州。
然而，因為戰亂，沒人購他的房產。沒有了軍費，鄭士良心力交瘁，形神銳減，半夜輒起，仰天歎息。結果終因彈絕糧盡，擋不住清兵的合圍，隻好臨時解散部隊，化整為零，分頭突圍。
鄭士良隻身一人，逃回香港。
史堅如到了廣州不久，正在準備，惠州起義爆發。為減輕惠州起義軍的壓力，史堅如決定炸死清朝置理兩廣總督德壽，來策應惠州起義。他組織人挖一條地道通往德壽的住處，然後將用變賣家產所得的3000元錢購買的200磅炸藥放入地道。10月28日這天，史堅如親自點燃導火線。
結果，德壽未被炸死。29日，史堅如在去香港途中被捕。
南海縣令裴景福軟硬兼施，先是封官許願，而後是嚴刑拷打。史堅如“惟怒目不答，傲睨自若”。1900年11月9日，史堅如在廣州天宇碼頭英勇就義，時年21歲。
辛亥革命勝利後，孫中山先生親自募捐為史堅如修建紀念碑，表彰他是繼陸皓東之後，“為共和殉難之第二健將”，“浩氣英風，實足為後死者模範”。日本革命友人官崎寅藏，則盛讚史堅如為“中國革命之天使”！
繼1900年10月8日孫中山領導的惠州起義之後，孫中山還組織領導了：
1907年5月的潮州黃岡起義；
1907年7月6日的安慶起義；
1907年9月的七女湖起義；
1907年12月的鎮南關起義；
1907年9月的防城起義；
1908年3月27日欽州、廉州起義；
1908年4月的河口起義；
1910年2月的廣州新軍起義；
1911年4月的黃花崗起義。
加上1895年的廣州起義，在短短的十五年中，孫中山組織領導的起義共計高達十一次之多。孫中山為了起共和而終帝製，他奮鬥一身，“愈挫愈奮”。
到1905年8月，孫中山的“興中會”與黃興宋教仁的“華興會”、蔡元培吳敬恒的“愛國學社”、張繼的“青年會”等聯盟，在日本東京成立“中國同盟會”。
大家致推舉孫中山為同盟會總理。
孫中山在同盟會的會刊《民報》的發刊詞中首次提出“三民主義”，即“民族、民權、民生”。繼而，他編定“同盟會革命方略”，正式宣示進行國民革命，力圖創立“中華民國”，並定下“軍法之治、約法之治、憲法之治”三程序。
在以後的革命實踐進程中，三民主義的內容雖然有所補充和更改，但基本框架沒什麼變化。
公允地說，三民主義理論，在當初的一段時間裏，是社會先進的、有戰鬥力的一種思想。孫中山在他的遺囑中這樣寫道：
“餘致力國民革命凡四十年，其目的在求中國之自由平等”。
為此目的，孫中山清楚自己所麵臨的任務遠遠超出民族主義的範疇：政治製度的重建，經濟體係的創立，以及國民素質的培養，都是刻不容緩的。
孫中山堅信隻有這樣：才能振興中華，使中國平等地立於世界民族之林。