袁世凱複辟帝製，遭到全國輿論的討伐。起初，曹錕聽從袁世凱的命令到處鎮壓起義軍隊，到了後來，全國輿論都倒向袁世凱的對立麵，這讓曹錕無所適從。他隻好去找吳佩孚尋求建議。吳佩孚為他分析了當前的局勢，得出的結論是袁世凱複辟一定會失敗。於是，他建議曹錕表麵聽從袁世凱的指揮，敷衍作戰，暗地裏與南方反袁勢力聯係，表明自己的反袁立場，這樣一來，不管最後勝利的是誰，曹錕都能落得個好名聲。曹錕一聽，果然有道理，便按照吳佩孚的建議去做。通過一係列事件，吳佩孚漸漸成了曹錕的左膀右臂和智囊團，曹錕越來越離不開他了。
支持五四運動，聲望劇增
得到曹錕的賞識，是吳佩孚一生中最重要的轉折點。因為脾氣相投，吳佩孚和曹錕表麵上是上下級關係，實際上則成了關係非常融洽的兄弟。有一次，吳佩孚在湖南打了勝仗，得到湖南一個都督的賞識，這個都督就請曹錕吃飯，借機會打聽吳佩孚，想要把吳佩孚調到自己手下。曹錕自然不肯。回到營地，他立即宣布提拔吳佩孚，當時，吳還是一個默默無聞的統帶，突然受到曹錕這樣的重視，讓他既感動又惶恐。他當即向曹錕表示，自己願意誓死效忠曹大帥。
袁世凱死後，段祺瑞和黎元洪之間發生府院之爭，直接引發張勳複辟的鬧劇。張勳軍隊攻入北京城，逼走了黎元洪，黎元洪走之前，通電任馮國璋為代理大總統。段祺瑞心胸是非常狹窄的，他不能容忍黎元洪把大總統位子讓給了馮國璋，又轉而向馮國璋發難。張勳複辟後，南方幾個省先後宣布獨立，段祺瑞主張武力統一南北，就聯合幾名軍閥，逼著馮國璋同意討伐西南。無奈之下，馮國璋隻好任命曹錕為南征第一路軍司令，段祺瑞則以參戰督辦的身份負責對南征戰事宜。
曹錕當了司令，本來很高興，他把這件事告訴吳佩孚，本來想得到他的祝賀，沒想到吳佩孚給他潑了一盆冷水：“馮國璋這個糊塗蟲，他把參戰督戰的職缺給了段祺瑞，實際上是把調度全國軍隊的權利給了他！這次南下風險太大了！段祺瑞這個老狐狸，一定會趁機收編咱們的部隊！”曹錕一聽，不知如何是好。吳佩孚說：“馮總統上台後極力主和，老哥可向總統建議，先以武力震懾南方軍隊，再找機會和談，斷了段祺瑞的念想。”曹錕覺得，先戰後和不失為一個好辦法，就任命吳佩孚為第三師師長，先到漢口駐紮，再聽候命令進攻湖南。
身為軍人的吳佩孚已經脫胎換骨，再也不是年輕時候那個麵色白皙的文弱書生了。他“個子長而且瘦”，兩眼炯炯有神，威風凜凜，帶兵打仗的時候總是騎著戰馬衝在隊伍最前列。吳佩孚的身先士卒，極大地鼓舞了士氣，一時間，吳佩孚的“不怕死”在軍隊中傳為佳話，吳佩孚的聲望也越來越高。
根據作戰計劃，北洋軍兵分兩路，一路由曹錕指揮，從湖北進攻湖南嶽陽；一路由張懷芝、張敬堯指揮，從江西進攻湖南醴陵、平江，兩路軍隊同時進軍，對湘、粵、桂三省聯軍形成夾擊之勢。
戰役開始後，張懷芝的部隊因為軍紀渙散，士兵無心作戰，還有不少臨陣脫逃，所以行軍速度非常緩慢。曹錕這邊，吳佩孚帶領第三師、三個混成旅進攻嶽陽。吳佩孚善於鼓舞士氣，常常親自督戰，遇到臨陣脫逃的士兵就立地處死，經過一番治理後，吳佩孚的軍隊一路殺氣騰騰，節節勝利。駐守在嶽陽的軍隊統領是譚浩明，他見吳佩孚兵力強大，還沒等吳軍進入嶽陽就棄城逃跑了，吳佩孚來到嶽陽時，嶽陽已經成了一座空城。吳佩孚是讀過書的人，擔心譚浩明使的是空城計，當晚沒敢入城。第二天，他派探子進城打探，確認譚浩明部隊確實已經撤離，才帶領軍隊進了嶽陽。
攻下了嶽陽，接下來就要向長沙進軍了。吳佩孚熟讀兵書，善於使詐，在嶽陽城裏，他命人大肆宣揚自己一舉攻破嶽陽的事跡，把譚浩明的部隊描繪得不堪一擊。駐守在長沙的三省聯軍見譚浩明的軍隊被打得落花流水，不敢再貪戀長沙城，紛紛棄城逃跑。就這樣，攻破嶽陽後的第八天，吳佩孚又一次不費一兵一卒攻占了長沙城。