元首餘威加海內，偏師直搗下衡陽。
寄汝征南諸將士，此行關係國存亡。
經過這件事，段祺瑞對吳佩孚更加欣賞了，他還多次“越級”與吳佩孚通電，表示提拔之意。然而，吳佩孚似乎對這些並不感冒。段祺瑞沒辦法，隻能破格把吳佩孚的上司曹錕提升為四省經略使，“順便”提拔吳佩孚。段祺瑞以為，通過這一係列的舉動就能成功拉攏吳佩孚，卻沒想到吳佩孚始終站在曹錕這邊。吳佩孚給曹錕分析道：“段祺瑞在南方勢力越來越大，這次又提拔你為四省經略，很明顯是要把曹錕收為自己的部下，這樣一來，他就可以順理成章地收編直係的部隊了。”現在，北洋政府實際控製在段祺瑞的皖係手裏，為了擺脫段祺瑞的控製，兩人商議決定，是時候主張和平統一，對抗段祺瑞了。
8月初，吳佩孚突然公開致電江西督軍李純，對北洋政府的現狀大發牢騷。吳佩孚在電報中指責北京政府聽信小人之言，堅持對南方施以武力，甚至視西南為帝國，他們得隴望蜀的行為實在和分裂國家無異。他痛斥徐樹錚的“安福國會”是偽造民意的機構，他說，“政府以金錢大施運動，排斥異己，援引同類，被選議員半皆惡劣”。同時，他還含沙射影地斥責某些“宵小奸謀”堅持武力統一，實在是意圖亡國。在通電的最後，吳佩孚還特別聲明，以上這些觀點是全體官兵的心聲。
這次通電，打得段祺瑞措手不及。段祺瑞明知道吳佩孚暗指自己，卻又不好直接發作。沒想到，沒過幾天，吳佩孚又致電馮國璋，請他馬上發布停戰的命令，南北合力一致對外。他聲明自己做這一切並不是為了爭名奪利，並且聲明“今生今世不做督軍，不住租界，不結交外國人，不舉外債”，還倡導“文官不貪汙賣國，武官不爭地盤”。第二天，全國各家報紙都登出了這篇通電的原文，全國上下幾乎一邊倒地支持吳佩孚的正義愛國精神。
吳佩孚的論述絲絲入扣，有理有據，段祺瑞無從反駁，隻能以“軍人應盡服從天職”、“師長職位卑小，不應對時局發議論”等為理由進行反駁，顯得蒼白無力。對於段祺瑞的指責，吳佩孚理直氣壯地還擊。他表示自己直接服從於曹錕，間接服從於總統馮國璋，無論馮國璋還是曹錕，都極力主和。自己之所以反對戰爭，正是服從了他們的意願。對於段祺瑞所說的職位低微，他則說，西南征戰節節勝利全靠自己，自己雖然職位不高，但實際上掌握著西南的兵權，怎麼沒有資格對國事發表議論呢？
對於吳佩孚的言論，段祺瑞無可奈何。後來，徐世昌在安福國會的操縱下當上了大總統，吳佩孚堅決反對，甚至對徐世昌說，如果他就職大總統，將是國家分裂的開始。吳佩孚不顧反對勢力的辱罵，繼續對段祺瑞進行口誅筆伐，得到了南方各省的支持，在輿論上占了上風。
1919年馮國璋病逝後，直係的控製權掌握在曹錕和吳佩孚的手裏。為了扳倒段祺瑞的皖係政府，這年年底，曹錕組織七個省份，成立了反對段祺瑞的軍事同盟。第二年，吳佩孚以軍費不足、官兵疲勞為理由，向北京請示撤離湖南，段祺瑞知道其用意是想帶兵北歸，好威脅自己的政權，便橫加阻止，甚至以政府和陸軍總部的名義禁止吳佩孚和曹錕擅自行動。
段祺瑞並沒能阻止曹、吳，他們聯合奉係軍閥張作霖，硬是回到了北京，趕走了徐世昌，逼得段祺瑞辭職。這樣一來，北洋政府就落在直係和奉係的手裏。在組閣問題上，張作霖和曹錕發產生了分歧，最後，他們決定采用折中的方法，讓前任內閣總理靳雲鵬繼續任職。靳雲鵬其實是個倒黴鬼，直、奉兩邊都不討好，曹錕、吳佩孚對他遲遲不給直係發軍餉很是不滿，認為他有意偏向奉係；奉係這邊，張作霖一心想推舉梁士詒擔任內閣總理，所以他一到北京，就到處罵靳雲鵬軟弱無能。靳雲鵬見自己裏外不是人，一氣之下帶著內閣集體辭職。