毛文龍的東江軍大多數都是從河東難民改編，雖然數量龐大，但真正可戰之兵隻得四五萬，其餘的都是些屯田軍，說白了就是穿著軍衣的農民，沒有半分戰鬥力可言。這些屯田軍主要分布在朝鮮，如義州、安州、黃州等地耕種朝鮮劃出的軍田。
對於收容這十幾萬難民，毛文龍也是迫不得已之事，這些遼東百姓不願做後金的奴隸離開故土，又身無長物，若不收留他們，恐怕大部分都得餓死異國。把他們編入軍隊，他們就能耕種朝鮮人劃出來的軍田，就能有口飯吃。難道那些寧可流離失所也不願做奴才的大明百姓不值得救濟嗎？
親自巡視過東江軍力的給事中王夢尹和編修薑曰廣，也說東江有兵十六萬。可以肯定地說，薑曰廣是很清楚這其中的緣故的，毛文龍是不可能有那麼多士兵的，但為了那些可憐的難民，十六萬是最低的數字了！十六萬軍隊，每年一百二十萬兩軍餉，這已經是很低的了，實際上最後能到毛文龍之手的隻得四十萬。跟袁崇煥那四百八十萬兩相比，真是天差地別，沒人相信毛真的有那麼多軍隊，再加上朝廷常常拖欠軍餉文龍亦常催餉，“朝臣多疑而厭之”。
為了徹底查清楚東江有多少兵，崇禎元年（1628年）四月初四，崇禎派內臣黃中色至東江核查兵數，單單皮島一地，“逐名點查壯實堪戰者三萬六千餘名”，“雲從、鐵山、昌城、滿浦、獐鹿、長山、石城、廣鹿、旅順諸地，”“各地精壯兵丁者合計十五萬餘”。可後來袁崇煥死活不肯相信，堅持按二萬八千人的編製發軍餉，十多萬士卒，二萬八千人的軍餉，你叫東江怎麼活？最為諷刺的是，後來袁殺毛之後自己清點東江士卒，也承認東江兵遠不止二萬八。
戶部以為毛文龍虛冒軍餉，派員前往核實，意欲裁減軍餉。毛文龍上疏皇上，認為這是把皮島一地兵員作為他轄境諸島兵員總數，太昧良心。崇禎皇帝也不同意戶部這種做法，在給毛文龍的批複中說，毛文龍轄境，遼民避難，屯聚海島，荷鋤是民，受甲即兵，不能與內地一概而論。他鼓勵毛文龍乘機奮勇，著有顯效，準得以糜餉為借口。
顯然，皇帝不讚成以糜費軍餉的口實對毛文龍進行鉗製，而主張對遠在海外孤軍奮戰的毛文龍采取特殊政策，不妨在軍餉方麵稍許寬鬆一點，以激勵其奮勇報國之心。何況，毛文龍為了應付皮島等島嶼以及金州駐軍的開支，除了朝廷固定軍餉外，還從經商收入中每月拿出白銀十萬兩盡充軍餉。因此崇禎皇帝所說“準得以糜餉為借口”是言之有理的。但是，新任督師薊遼兼登萊天津軍務袁崇煥卻不如此看問題。
袁崇煥以欽差大臣出鎮行邊督師，毛文龍毫無疑問在他的節製之下。在離京前，他與內閣輔臣錢龍錫談到平定遼東事宜時，並不把收複失地擺在首要地位，而是明確主張“先從東江做起”，集中精力對付毛文龍，所采取的基本態度又是非常冷酷的：可用則用之，不可用則殺之。
作為欽差督師的下馬威，首先在經濟來源上卡住毛文龍，迫使他就範。在這種背景下，他中嚴海禁：不許登州一船出海，凡運往東江（皮島）的物資裝備，一概由寧遠近海的覺華島（今菊花島）經由旅順口轉運至東江；而先前由天津所運的糧料，也改由覺華島起運，必須經督師衙門掛號方許出海。
這一舉措不僅控製了毛文龍糧餉裝備的供給渠道，而且切斷了他海上貿易的命脈，無疑給毛文龍致命一擊。崇禎元年（1628年）十月，朝廷欠東江軍餉達四十四萬之多，後來雖有部分糧餉解至，但仍欠軍餉二十萬兩。到了崇禎二年（1629年）三月，軍餉轉至寧遠轉發，軍糧每年應“津運十萬，所至止滿六七萬，餘俱報以飄沒。”軍糧隻得七成，軍餉更沒一兩解至！士卒“士皆菜色，馬匹甲胃器械全無！”
《明史記事本末》有這麼一句話：“朝廷大臣視東江為贅疣，屢斷餉道！”真是聞者驚心，這個大臣到底是誰？再加之登州禁海，交通貿易往來斷絕，東江軍士悲憤地說：這是攔喉切我一刀！“攔喉切我一刀”，道出了毛文龍對袁崇煥的看法。崇禎皇帝對此沒有表態，他有他的難處。毫無疑問，他是信任毛文龍的，他甚至連毛的天子劍也沒有收回。因為他任命袁崇煥為督師時，已經授予他尚方寶劍，可以全權處置薊遼及登萊天津一切事宜，當然包括東江在內。
在崇禎眼中，毛文龍是一隻牽製袁崇煥的棋子，二者的矛盾肯定是有的。毛文龍見皇上沒有表態，再上一疏，傾訴他孤撐海外的苦衷：責臣虛冒軍餉，是朝臣終於未明，而使臣心終於不白。並非臣冒領軍餉貪圖金錢，隻不過力圖恢複遼土。臣一介末弁，孤處天涯，曲直生死唯命是從，豈敢嘵嘵取憎？實在是文臣誤臣，而非臣誤國。毛文龍似乎已經預感到將要發生的禍變，所以對皇上慨乎言之：諸臣獨計除臣，不計除奴，將江山而快私憤，操戈矛於同室——這是他對袁崇煥此番督師的總體評價。
“將江山而快私憤，操戈矛於同室”，看來並非聳人聽聞之詞，因為毛文龍講此話時已經離死期不遠。事實就是如此。令人費解的是，袁崇煥受命督師遼東，為何不調動一切力量一致對外，而要同室操戈呢？崇禎皇帝隻好充當和事佬，因為他已經承諾隻要袁崇煥實現“五年複遼”的大計，一切可以便宜從事，朝廷不加掣肘，所以他隻得淡淡地答複毛文龍：軍中一切事宜，當從長商榷。