這位皇帝無論如何沒有料到，時隔不久毛文龍就身首異處，再也無法“從長商榷”了！
黨爭式謀殺：毛文龍之死
袁崇煥殺毛文龍是有計劃有預謀的，他在殺毛之後報告說：“自去年十二月，臣安排已定，文龍有生無死矣！”可見袁崇煥要殺毛文龍早已成為定局。他先前所說“可用則用之，不可用則殺之”，前半句不過是一個幌子。“入其軍斬其帥，如古人作手”才是袁崇煥所追求的。進士出身的袁崇煥畢竟比行伍出身的毛文龍工於心計，而且督師的官銜和權力也使他處於主動地位，精心策劃了一個圈套，讓毛文龍來鑽。
為了麻痹毛文龍，他一邊湊發十萬兩軍餉，以緩解毛文龍的怨氣；一邊以麵授方略，商議東西夾擊的軍事計劃為名，邀請毛文龍離開皮島趕赴三岔、旅順間。據日後袁崇煥自己在《薊遼督師袁崇煥題本》中聲稱：“凡此，皆愚之也，（毛）文龍果墮彀中。”對大明忠心耿耿的毛文龍，至死都沒有識破督師大人算計他的圈套，還特地趕到寧遠去參見袁督師，表示對於頂頭上司的禮節。
袁崇煥為何不在寧遠自己的地盤將毛文龍擒殺？那是考慮到毛的部下不能親眼目睹，恐怕激成事變而負隅頑抗，殘局反而不好收拾。他決定深入海島，到穴中擒虎，便與毛文龍約定，在雙島再次會晤，兼帶檢閱東江官兵。
崇禎二年（1629年）五月二十九日，袁崇煥抵達距旅順口陸路十八裏水路四十裏的雙島，次日毛文龍從皮島趕來，雙方拜會與回拜，禮尚往來，絲毫看不出有何異常。
六月初三日，袁崇煥棄舟登上雙島檢閱軍隊，毛文龍率東江將官列隊歡迎。次日，毛文龍設宴為督師大人接風。席間，兩人密談至晚間，袁督師要毛帥交出兵權告老還鄉，毛帥則反唇相譏，大有此地舍我其誰的意思。
六月五日，袁崇煥在雙島召集毛部將士，犒賞隨毛前來的三千五百人。毛文龍進入袁崇煥營帳麵謝，袁崇煥要將官們也進來，逐個詢問姓名，不料都說姓毛，毛文龍在一旁解釋：俱是敝戶小孫。
袁崇煥說：“你們那裏都姓毛，是出於不得已。這樣好漢人人可用，我寧遠前線將官有許多俸祿，士兵有許多糧餉，仍然不能溫飽，你們海外辛苦，俸祿不足以養家糊口，情實酸痛。你們受本部院一拜。為國家出力，自後不愁無餉。”
這一席話既有同情又有煽惑，不加掩飾地流露了要收拾毛文龍，整編其軍隊的意思。眼看時機成熟，袁崇煥便單刀直入向毛文龍興師問罪：本部院與你談了三日，隻道你回頭是遲也不遲。那曉得你狼子野心，總是一片欺誑，到底目中無本部院猶可，方今聖天子英武天縱，國法豈容得你！
不容毛文龍申辯，袁崇煥立即當眾宣布毛文龍十二條當斬之罪：一、九年以來兵馬錢糧不受經略巡撫管核；二、全無戰功，卻報首功；三、剛愎撒潑，無人臣禮；四、侵盜邊海錢糧；五、自開馬市，私通外夷；六、褻朝廷名器，樹自己爪牙；七、劫贓無算，躬為盜賊；八、好色誨淫；九、拘錮難民，草菅民命；十、交結近侍；十一、掩敗為功；十二、開鎮八年，不能複遼東寸土。
即使袁崇煥所說全是事實，這十二條中也隻有二三條夠得上稱為罪狀，其餘各條大多為官場和軍隊的通病，並非毛文龍所獨有，如果以此定“當斬之罪”，那麼當斬的官僚、將領多得很，何必非斬毛文龍不可？
況且，毛文龍畢竟有牽製後金軍隊的功勞，這是令毛文龍和旁觀者難以心服口服的，然而此時已經沒有討價還價的餘地了。袁崇煥說完十二條罪狀之後，麵向京城方向請命：“縛文龍，去冠裳！”
一向桀騖不遜的毛文龍豈肯在自己的地盤就範。袁崇煥申斥道：你道本部院是個書生，本部院是朝廷一個首將。爾欺君罔上，冒兵克餉，屠戮遼民，殘破高麗，擾登萊，爾罪豈不應死？接著向在場的毛部將士大聲說：今日殺了毛文龍，本部院不能恢複全遼以還朝廷，願試尚方（劍）以償爾命。毛文龍如此罪惡，爾等以為應殺不應殺？若我屈殺文龍，爾等就來殺我。
其實他早已命隨行的參將布置停當，毛部將士已無反抗的可能。眾將官相視失色，叩頭哀告。毛文龍以為處死他是皇上的旨意，隻得求饒：文龍自知死罪，隻求恩赦。袁崇煥毫不鬆口：你不知國法久了，若不殺你，東江一塊國土非皇上所有。說罷，朝西叩頭請旨：臣今誅文龍，以肅軍政，鎮將中再有如文龍者，亦以是法誅之。臣五年不能平奴，求皇上亦以誅文龍者誅臣。結果，袁崇煥靠著崇禎皇帝所賜的尚方寶劍，把毛文龍“先斬後奏”了。