萬曆十七年（1589年）十二月，大理寺左評事雒於仁上了一疏，疏中批評神宗縱情於酒、色、財、氣，並獻“四箴”。對皇帝私生活這樣幹涉，使神宗非常惱怒。幸好首輔大學士申時行婉轉開導，說皇帝如果要處置雒於仁，無疑是承認雒於仁的批評是確有其事，外麵的臣民會信以為真的。最後，雒於仁被革職為民。
在處理這件事的過程中，神宗曾召見申時行等人於毓德宮中，“自辨甚悉”。神宗對內閣大學士們說：“他說朕好酒，誰人不飲酒？……又說朕好色，偏寵貴妃鄭氏。朕隻因鄭氏勤勞，朕每至一宮，她必相隨。朝夕間她獨小心侍奉，委的勤勞……朕為天子，富有四海之內，普天之下，莫非王土，天下之財皆朕之財……人孰無氣，且如先生每也有僮仆家人，難道更不責治？”
看來，神宗根本不承認雒於仁的批評。的確，明末社會好酒成風。清初的學者張履祥記載了明代晚期朝廷上下好酒之習：“朝廷不榷酒酤，民得自造。又無群飲之禁，至於今日，流濫已極……飲者率數升，能者無量……飲酒或終日夜。朝野上下，恒舞酣歌。”意思是說，明代後期對於酒不實行專賣製度，所以民間可以自己製造酒，又不禁止群飲，飲酒成風。喝酒少的能喝幾升，多的無限量，日夜不止，朝野上下都是如此。
神宗的好酒，不過是這種飲酒之風的體現罷了。神宗在17歲的時候，曾經因為醉酒杖責馮保的義子，差點兒被慈聖太後廢掉帝位。這件事他倒是承認。
至於說到好色，神宗雖然不及他的祖父，但卻一點也不遜色於他的父親。他在萬曆十年（1582年）的三月，就曾效仿他的祖父世宗的做法，在民間大選嬪妃，一天就娶了“九嬪”。而且，神宗竟然還玩起同性戀的勾當，即玩弄女色的同時，還玩弄小太監。當時宮中有10個小太監，“給事禦前，或承恩與上同臥起”，號稱“十俊”。所以，雒於仁的奏疏中有“幸十俊以開騙門”的批評。這一點，神宗與當初荒唐的武宗有一點類似。
至於貪財一事，神宗在明代諸帝中可謂最有名了。他在親政以後，查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配。為了掠奪錢財，他派出礦監、稅監，到各地四處搜刮，民間連養隻雞也要繳稅。
酒色的過度，使神宗的身體極為虛弱。萬曆十四年（1586年），24歲的神宗傳諭內閣，說自己“一時頭昏眼黑，力乏不興”。禮部主事盧洪春為此特地上疏，指出“肝虛則頭暈目眩，腎虛則腰痛精泄”。萬曆十八年（1590年）正月初一，神宗自稱“腰痛腳軟，行立不便”。萬曆三十年（1602年），神宗曾因為病情加劇，召首輔沈一貫入閣囑托後事。
從這些現象看來，神宗的身體狀況實是每況愈下。因此，神宗親政期間，幾乎很少上朝。他處理政事的主要方法是通過諭旨的形式向下麵傳遞。萬曆三大征中邊疆大事的處理，都是通過諭旨的形式，而不是大臣們所希望的“召對”形式。在三大征結束之後，神宗對於大臣們的奏章的批複，似乎更不感興趣了。
神宗荒怠的情形，還真有前後兩個階段：前一階段是不願意上朝聽政；後一階段是連大臣們的奏章也不批複，直接“留中”不發。但是，按照明朝的製度，皇帝是政府的唯一決策者。一旦皇帝不願處置但又不輕易授權於太監或大臣，整個文官政府的運轉就可能陷於停頓。由於神宗不理朝政，官員空缺的現象非常嚴重。
萬曆三十年（1602年），南、北兩京共缺尚書3名、侍郎10名；各地缺巡撫3名，布政使、按察使等官66名、知府25名。按正常的編製，南、北二京六部應當有尚書12名，侍郎24名，這時總共缺了近三分之一。
到萬曆四十一年（1613年）十一月，南北兩京缺尚書、侍郎14名。地方的行政管理，有時必須由一個縣的知縣兼任鄰縣的知縣。由這樣的情形，我們可以想見萬曆後期政府運作的效率。
神宗委頓於上，百官黨爭於下，這就是萬曆朝後期的官場大勢。官僚隊伍中黨派林立，門戶之爭日盛一日，互相傾軋。東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨，名目眾多。
整個政府陷於半癱瘓狀態。正如梁啟超說，明末的黨爭，就好像兩群冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒。
這樣的惡果，未嚐不是由神宗的荒怠造成的。所以，《明史》對於明神宗的蓋棺論定是這樣表述的：“明之亡，實亡於神宗。”
“罷工”主因：國本問題
萬曆帝本來是有勵精圖治之決心的，除了從小敬畏的張居正並不那麼居正帶來的打擊之外，使萬曆消極怠工的主要因素還是“國本之爭”，也就是立哪個兒子做太子的爭論。
這實在是令人歎息的一件事情。曾子《大學》雲“修身齊家治國平天下”，論的正是帝王之道。家不能齊，必然禍起蕭牆。萬曆朝實在是一個家庭悲劇和性格的悲劇。
首先大臣們太過於食古不化，王宮人和皇長子並不是有強有力的外戚作為支撐，立皇長子並不是於他們有什麼好處，偏是大臣們死抱著“立長不立幼”的古訓，和皇帝力爭。