“可憐無補費精神”，在分寸的把握上，申時行要超過張居正，這跟他所處的時代和際遇有關，但也恰恰是這個機遇和時代，構成了他的以“回籍調養”為結束的從政經曆的深層原因。
“王師未奏康居捷，農扈誰占大有年？袞職自慚無寸補，惟應投老賦歸田！”這是他關於自己無能的謙虛表達，也是他的痛哭無奈的失意流露。隻是他還有深深的困惑：“上下否鬲，中外睽攜，自古國家未有如此而能長治久安者。”他對萬曆年代及其後的國家發展不放心啊！他多麼渴望時局能夠“永綏列聖之神靈，預卜萬年之兆域”，“民眾歡呼而趨事”，但世事偏偏不遂其願，“壽終正寢”的他結局並不孤獨，但無疑也不無遺憾，那時的明朝幾乎無藥可救了。
每況愈下的遼東防線
萬曆皇帝駕崩之前，後金首領努爾哈赤公布了“七大恨”，向明朝正式宣戰。為什麼努爾哈赤能夠在明朝的遼東防衛下崛起，並且成為一支能夠和明朝對抗的力量？說到這個問題，就不能不提明朝的遼東防線，更不能不提萬曆年間主要負責遼東防衛的大將李成梁。
萬曆前期，明朝在北部和遼東的邊事都取得了很大成績。北部的安定主要得益於俺答封貢和戚繼光鎮薊，北部邊陲在數十年裏基本上沒有戰事發生。而遼東則幾乎年年有戰事，歲歲動刀兵。雖然戰事頻仍，但明朝在遼東取得了一係列軍事勝利。取得這些勝利的最大功臣就是遼東總兵李成梁。
李成梁前後兩次任遼東總兵，第一次22年，第二次8年，一共30年時間。《明史·李成梁傳》裏說李成梁“英毅驍健，有大將才”，李成梁鎮遼期間，特別是萬曆十六年（1588年）以前，屢獲戰功，“師出必捷，威振絕域”。
自隆慶四年（1570年）任遼東總兵至萬曆十九年（1591年）由於禦史彈劾而解任，前後共22年時間。在這22年中，李成梁率領明軍，取得了一係列的勝利。
從李成梁的曆次大捷來看，當時明軍在遼東的主要敵人是韃靼、土蠻各部和部分女真部落。雖有多次土蠻聯軍號稱數萬，甚至有時號稱十萬，但每次戰鬥的規模並不大，大都為殲敵一千以內。
殲敵一千以上的基本都是“搗巢”行動，即攻破城堡、山寨後取得的戰果。這樣就容易令人生疑，因為攻破對方大本營後，斬首的數目未必都是對方的兵將，也許包括不少非戰鬥人員。另外，土蠻部和早期的女真部落實際上由大大小小數十個部落構成，這些部落組成的聯軍，有時人數雖眾，但戰力卻並不強。與後來的努爾哈赤的後金軍是不可同日而語的。
關於李成梁的戰績，《明史》提出了這樣的質疑，“其戰功率在塞外，易為緣飾。若敵入內地，則以堅壁清野為詞，擁兵觀望；甚或掩敗為功，殺良民冒級。”這就是說，他取得的一些戰績中可能有所欺瞞，勝仗有可能有所誇大，敗績則有時會“掩敗為功”，甚至殺平民以冒充軍功。
萬曆十六年（1588年）以後，李成梁在戰場上基本上沒有取得什麼大的勝利，而且還屢遭敗績。如萬曆十七年（1589年）三月，女真部落進犯義州，攻入太平堡，自把總硃永壽以下全軍盡沒。同年九月，韃靼東西二部侵犯遼東，李成梁率兵抵禦，明軍大敗，備禦李有年、把總馮文升皆戰死，被殲八百人。
萬曆十九年（1591年）二月，韃靼五萬餘騎再次入侵遼東，李成梁派兵出塞，遇伏死者千人。後來李成梁虛報軍功，稱斬首二百八十，獲得了朝廷的賞賜。再後來土蠻十萬騎深入海州。李成梁不敢出擊，土蠻軍擄掠數日而去。