萬曆十九年（1591年）三月，李成梁派副將李寧等出鎮夷堡潛襲板升，殺二百八十人。大軍回師時遇敵，大敗，陣亡者達數千人。萬曆十九年（1591年）十一月，在禦史的彈劾下，李成梁卸任遼東總兵，“以寧遠伯回朝”。從所謂的百戰百勝到漸嚐敗績，李成梁這個遼東大帥是有責任的。李成梁在前期為了“封拜”之功，奮揚蹈厲，銳意進取。而在“位望日隆”後，耽於富貴，就“貴極而驕”了。“軍貲、馬價、鹽課、市賞，歲幹沒不貲，全遼商民之利盡籠入己。以是灌輸權門，結納朝士，中外要人，無不飽其重賕，為之左右。”
如若督撫、監司都官員不合他的意，就會被排擠調走。此時，李成梁已經完全從一代名將轉變為稱霸遼東的“軍閥”了。
萬曆二十九年（1601年）三月，在大學士沈一貫的建議下，李成梁老樹開花，以75歲高齡，再次出任遼東總兵一職，在遼東又鎮守了8年。此時，李成梁已經不複當年“英毅驍健”之勇，又治軍乏術，已無力重振軍威。
這一期間，李成梁在邊事上以安撫為主，盡量避免與努爾哈赤的建州女真發生衝突，所以，邊事一直較為“平穩”。而這一個時期，努爾哈赤已經統一了建州女真，正一步步蠶食海西女真，力量不斷壯大起來。所以，李成梁的撫綏策略也被稱為“養寇”。
由於努爾哈赤的勢力越來越大，李成梁決定放棄毗鄰建州女真的寬甸六堡所轄區域，使得六堡成為孤城。早在萬曆元年（1573年），由於建州女真不斷侵犯，明朝為了加強對建州女真的控製和防禦，除繼續修築遼東邊牆外，並采納李成梁、汪道昆的建議，開始修築寬甸六堡。
六堡位於鴨綠江以西，毗連建州女真，是防禦女真的前哨，戰略地位十分重要。放棄六堡區域是一個嚴重的決策失誤，明朝三十多年的苦心經營，廢於一旦。李成梁的這個錯誤決定所帶來的後果，就是努爾哈赤逐漸聚集力量，等待著可以揭竿而起的那一天。
三大案：華麗登場的鬧劇
在萬曆時代，如果說有一件事情能夠讓“罷工”的皇帝和“怠工”的朝廷都興奮起來，那麼這件事一定就是立誰為太子的事情了。一個倔強的皇帝，一群偏執的大臣，聯袂上演了這場鬧劇，而這場鬧劇的最後，則是中國曆史上最為滑稽的一頁：三大案。
坐不穩的太子位
萬曆皇帝由於寵信鄭貴妃，想立鄭貴妃所生的皇三子朱常洵為皇儲，不願意冊立王恭妃所生的皇長子朱常洛為太子。這一事件，在外廷大臣看來是不合祖宗法度的，因此屢屢向皇帝諫諍，盡快冊立皇長子為太子，稱為“爭國本”。
皇帝卻尋找種種借口拖延，借口之一，皇長子的生母是宮女出身。當外廷對此事議論得沸沸揚揚之時，宮中的慈聖皇太後李氏（萬曆皇帝的生母）也有所聞，她是喜歡恭妃王氏的，也心疼她的長孫。有一天，萬曆到慈寧宮向母親請安，母子之間發生了這樣一場對話：太後對兒子說：“外廷諸臣多說該早定長哥（宮中稱呼太子為長哥），如何打發他？”
兒子回答：“他是都人（宮中稱呼宮女為都人）的兒子。”
太後聽了心中不快，正色訓斥道：“母以子貴，寧分差等？你也是都人的兒子。”