隻要把這些太監逮捕審訊，幕後主使人即可現形。萬曆皇帝考慮得更為複雜，既然牽連到太監，追查下去，便是他們的主子。這無論如何是宮闈醜聞，必須淡化處理。但是，審訊的情況早已流傳出去，舉朝官員頓時議論紛紛。人們不約而同地把懷疑的目光投向鄭貴妃及其兄弟鄭國泰身上。但是沒有充分的證據，不敢直犯其鋒。
五月二十一日，刑部右侍郎張問達與有關衙門官員會審張差。張差招供：太監龐保與劉成商量，叫李守才、馬三道對他說：“打上宮去，撞一個，打一個，打小爺（太監稱皇太子為小爺），吃也有你的，穿也有你的。”而龐保、劉成恰恰就是鄭貴妃宮中的太監，人們不能不懷疑鄭貴妃的兄弟鄭國泰是幕後主使人。
然而萬曆皇帝並不想把案情向鄭貴妃方向發展，他一直保持沉默。到了五月二十六日，迫於外廷大臣的強大壓力，他不得不表明態度，一方麵說“梃擊案”不僅“震驚皇太子”，而且“嚇朕恐懼，身心不安”；另一方麵仍然堅持給張差定性為“瘋癲奸徒，蓄謀叵測”。言外之意，這是一樁瘋子闖宮的偶然事件，再三強調“毋得株連無辜”，希望此案不了了之。
五月二十八日，萬曆皇帝接見太子，並且有意向大臣們表明對皇太子的愛護之情。然後，舉起皇太子的手，對下麵的群臣說：“此兒極孝，我極愛惜。”
最後，萬曆皇帝當眾宣布：“瘋癲奸徒張差闖入東宮，打傷內官，龐保、劉成俱係主使。”為“梃擊案”定下調子：凶犯張差是個瘋子，主使人隻追究到龐保、劉成為止。
明眼人一看便知，關於“梃擊案”的處理，已經發生了微妙的變化。皇帝在二十八日召見群臣時，明確宣布：將案犯張差與太監龐保、劉成一並處死。回宮後，突然變卦，要三法司隻處決張差一人，龐保、劉成審明以後再擬罪。事實上，即便不抓住幕後的主謀，太子也得到了自己應得的那些：輿論的重視、群臣的關注、百姓的同情。有了這些，萬曆皇帝也不得不表示太子是自己所喜愛的，通過這種方式，太子的地位穩固了下來，而且已經成了萬曆皇帝的合法繼承人，鄭貴妃和她的兒子福王，則成為眾矢之的。
釜底抽薪：毒殺與垂簾的連環計
皇太子利用梃擊案為自己賺取了大筆的政治支持，於是，在萬曆皇帝去世之後，他順理成章地登上了皇位。他用梃擊的悲情秀，換取了皇位，這種謀略確非常人所能做到。
然而平靜中潛伏著凶險的風波，不願意看到朱常洛登上皇帝寶座的鄭貴妃，麵對既成事實，改變策略，向朱常洛進獻絕色美女，繼而指使親信太監向身體虧損的朱常洛進奉瀉藥，致使其病危，然後又有李可灼進奉紅色丸藥，終於使朱常洛在登上帝位僅僅一個月，就一命嗚呼。
鄭貴妃原先一直希望由她的兒子福王朱常洵登上皇帝寶座，沒有成功；這次又想乘朱常洛之死再一次為朱常洵謀求機會。這一個月，宮廷內部的鬥爭充滿了陰謀與血腥，集中體現在“紅丸案”中。
從萬曆四十八年（1620年）七月二十一日明神宗逝世到八月一日明光宗朱常洛即位的這幾天中，朱常洛已經開始行使皇帝職權，致力於扭轉萬曆朝後期的一係列弊政，例如發內帑（宮內財政）犒勞前線軍隊，以解長期缺餉的燃眉之急；停止礦稅太濫的活動；起用因諫言而遭罷免的大臣；指示吏部：用人毋拘資格，要破格提拔才能卓異者。凡此種種，無不顯示朱常洛即位伊始，力圖有所作為，當一個稱職的皇帝。然而這樣一個平常的願望，還是落空了。