嘉靖四十年（1561年），倭寇進攻桃渚、圻頭，戚繼光緊急率兵至寧海，扼守桃渚，大敗倭寇於龍山，並追敵至雁門嶺。後來倭寇乘虛分兵突襲台州，當時在台州聚集之倭尚有萬餘，船隻五百多艘，而戚繼光卻在台州先後九戰皆捷，四月破敵於花街，五月取得“白水洋大捷”，取得如此功績，台州軍民曾刻碑以紀之，而與此同時總兵官盧鏜、參將牛天錫又破倭寇於寧波、溫州，自此浙江東部的倭寇被平定。
嘉靖四十二年（1563年），倭寇大舉進犯福建，當時的寧德城已經屢次被倭寇攻破，在距城十裏有一橫嶼島，四麵皆為水路險隘，倭寇以其作為大營。附近明軍官軍不敢出擊，雙方對峙達一年多。新到的倭寇又一路在牛田（今福清東南）紮營，另一路在興化（今莆田）紮營，東南互為聲援。閩中各地連告急，胡宗憲複檄戚繼光率軍前往剿之。
戚繼光決定先進攻橫嶼，乘潮落水淺，“戚家軍”每人持草一束，填壕而進，大破橫嶼的倭寇巢穴，斬首二千六百。後戚繼光引軍至福清，擊破牛田倭寇，並乘勝追敵直致興化，連克倭寇六十營，斬首千餘人。直到平明大勝入城，興化的軍民才知道“戚家軍”的到來，當地百姓牛酒勞師不絕。
大勝之後，戚繼光回師浙江，在到達福清時，正遇倭寇自東營澳登陸，“戚家軍”於此又斬敵二百餘人。此時廣東總兵劉顯亦屢破倭寇，閩中倭寇已被肅清。同年，從福建敗走的倭寇，進犯台灣雞籠一帶，也被當地高山族人民擊退。
在戚繼光回到浙江之後，毛海峰率倭寇攻下平海衛，此時俞大猷已經被朝廷解禁複出，被任命為福建總兵官，戚繼光副之。
在平海城陷後，總兵劉顯所率軍少，不敢進攻，而此時俞大猷軍也不想進攻，認為需等待大軍合圍平海方可發起進攻。終於在嘉靖四十二年（1563年）四月，戚繼光率領浙江兵至平海，大軍彙集之後，巡撫譚綸將中軍，劉顯在左，俞大猷居右，合力進攻平海。戚繼光為先鋒先行，左右軍隨後而進，此戰斬寇首二千二百級，解救被掠者三千人。
嘉靖四十二年（1563年）二月，倭寇餘黨重新糾集新倭萬餘人，連續圍困仙遊數日。戚繼光率軍出擊，大敗倭寇於仙遊城下，又乘勝追寇而敗之於王倉坪，斬寇首數百級，其餘大多墜崖而死，剩下的數千倭寇逃到漳浦蔡丕嶺，此時戚繼光兵分五哨，率士卒身持短兵攀至崖上，俘斬倭寇數百人。
同年十月，潮州倭寇二萬人與大盜吳平軍相互成掎角之勢以對抗明軍，俞大猷率軍大破敵於海豐，殘餘倭寇奪漁船逃入海中，俞大猷和部將湯克寬又連破吳平數次，迫使吳平歸降。未幾，吳平又重新造反，並於嘉靖四十四年（1564年）秋入犯福建，俞、戚二將“雙劍合壁”，俞大猷率領水軍，戚繼率領陸軍，再次擊敗吳平海寇於南澳，自此大股海寇皆並擊破，危害已久的倭患終被蕩平。
外敵還是黑幫：不得不說的倭寇
“封侯非我意，但願海波平。”這句話是戚繼光將軍說的。詩句中的“但願海波平”，所指的就是希望平定倭寇之患。
真假難辨的外敵與黑幫
元末時天下大亂，就有一些日本武士來到中國沿海地區活動，而明代的倭患也早在明初便已開始。明政府曾在遼東到浙江、福建再直達廣東的漫長沿海築建海防來進行防禦。由於明初的國力“較為強盛”，太祖皇帝對外的態度也比較強硬。自洪武二年（1369年）開始，明廷曾數次向日本派出使節質問當時的日本政府，足利良懷當時還是承認了錯誤，但由於日本內亂，無法徹底解決海寇問題。
明成祖朱棣即位後，雙方協定：“日本十年一貢，人止二百，舟止二艘，不得攜兵器，違者以寇論。”並命令日本政府禁止入寇。永樂初年，室町幕府曾幾次向明朝進貢和幫助剿滅海寇。但好景不長，在永樂十七年（1419年），雙方在遼東發生大規模武裝衝突，此役中明軍都督劉榮率軍取得斬敵七百四十二，生擒八百五十七人的戰績。在宣德年間以後，雙方又重新恢複了邦交關係。日本恢複對明朝的朝貢，但日本的一些貢使和隨員在貢船中夾帶私貨進行販賣，從中牟利，還不斷的與沿海居民發生衝突。而另一方麵，在《大明律》中明確規定：“凡將牛、馬、軍需、鐵貨、銅錢、緞匹、稠絹、絲綿出外境活賣以及下海者杖一百”，“若將人口、軍器出境及下海者絞。”沿海地區的居民和商人下海幾乎都是犯法，別說和國外通商互利了，終於在嘉靖年間，矛盾被不斷激化，由於此時明朝國力衰退，朝廷的奸臣當道，而日本國內也戰亂不斷，明朝的海患達到了頂點。