皇太極見又遇勁敵袁崇煥，心中又恨又怕，決定利用崇禎帝多疑猜忌的性格，借崇禎帝之手除去心頭大患。他首先假擬了兩封所謂的“密信”，讓部下有意“丟失”在明軍經常出沒的地方，信中以自己的口氣約袁崇煥私下議和。
此信一傳開，京城中人心惶惶，怨謗紛起。那些往日與袁崇煥有隙的朝臣也趁勢“誣其引敵協和，將為城下之盟”。崇禎帝正在半信半疑之際，兩名從後金營中逃回來的宦官又報告說在後金軍中親耳聽見將士議論，稱袁崇煥已與後金國主議和，不久將不戰而獻北京。崇禎帝至此深信不疑，當即傳令袁崇煥入見，趁其不備將他逮捕下獄。崇禎三年（1630年）八月十六日，以“謀叛欺君罪”將袁崇煥處以磔刑。
直到後來後金軍入關後，人們方知所謂的袁崇煥通敵不過是皇太極的反間計，那兩名逃回的宦官是後金軍有意識讓他們聽到議論後又故意放歸的。崇禎帝輕率疑臣，自毀長城，致使袁崇煥忠心報國卻含恨九泉。
長城被毀的思索
袁崇煥無力改變當時明朝政治的腐敗，而且抗擊後金根本就是治標不治本。但是袁崇煥不可能什麼也不做，他還是有可能在自己能力範圍內做到訓練士兵，將後金控製在北方，甚至如果皇帝信任，假以時日，消滅後金也不無可能。
看皇帝的戰略，需要看到政治的高度，需要看的是吏治、政策、管理、用人。就一個將帥而言，要看的就是他在自己能力和權力範圍內的作為，尤其是在極端不利的情況下的作為。
袁崇煥初到遼東的時候，局麵很艱難。明軍已經是幾番慘敗，頗有軍事才能的熊廷弼也被無端逮捕，士氣低落。背後是昏聵糊塗的皇帝、屈殺忠良的權奸、嫉功妒能的言官；手下是一批饑餓羸弱的兵卒和馬匹，將官不全，兵器殘缺，領不到糧，領不到餉。當時明軍一切守禦設施都集中在山海關。
山海關是“天下第一關”，防守京師的第一大要塞，然而它沒有外圍陣地。後金兵若是來攻，立刻就衝到關門之前。袁崇煥提出了將防線向北移的戰略，不久他到達了寧遠，寧遠在山海關外二百餘裏。袁崇煥到後，當即築城，次年完工，城高牆厚，成為關外的重鎮。這座城牆把後金重兵擋在山海關外達二十一年之久。
袁崇煥指揮明軍打贏了兩次寧遠大戰，都是血戰險勝。但是這兩次的勝利都是屬於防守性質的，什麼時候開戰、什麼時候撤走，都取決於後金，後金兵有了這樣的機動性和靈活性，可以掌握戰機，不利的時候就撤退，所以並沒有給後金兵造成實力上的致命一擊，而且明軍野戰能力極弱，防守已經是十分勉強，更不用說追擊。這兩次大捷，其實都是後金兵的戰略撤退，而不是潰敗。
其間，袁崇煥上了一道奏章，提出守遼的基本戰略。其中主張：用遼人守遼土，以遼土養遼人，以守為主，等待機會再出擊。他提出了戰術的基本原則：“兵不利野戰，隻有憑堅城、用大炮一策。”而且袁崇煥還提出和皇太極議和。
當時議和是對雙方麵有利的事情。後金方麵，努爾哈赤新死，滿洲內部人心動蕩。皇太極的權位還不鞏固。在經濟上，因為與明朝開戰，人參、貂皮等特產失去了市場。滿洲當時是奴隸製，擄掠漢人農耕，生產力低。但軍隊大量擴充，此時已達十五萬人，軍需補給發生很大問題，偏偏又遇上嚴重的天災，遼東發生饑荒。向關內進犯，又打不破袁崇煥這一關。
明朝方麵，明方需要的是練兵、築城、屯田。明朝需要精銳的野戰軍，需要建設防禦極強的城池，更主要的是，朝廷長期拖欠軍餉，不得已要屯田來保障補給的供應。明方的議和是攻勢的，最後目標是消滅滿清，收複全部遼東失地。後金方的議和主要是守勢，目的在鞏固已得的土地，要明方承認雙方的現有疆界，雙方和平共處，進行貿易。後金所提的要求是經濟性的，皇太極自知人口與兵力有限，經不起長期的消耗戰，對於締結盟約具有極大誠意。
可是明朝朝廷瞧不起金國，對方來信一概不答，隻由地方官和對方通信，而且對於議和一概不予理會。並且有大臣為此一再彈劾袁崇煥。不久袁崇煥在魏忠賢的壓力下被迫辭職。直到崇禎殺死魏忠賢後，才重回寧遠擔當大任。袁崇煥堅持了“以遼人守遼土，以遼土養遼人”，以守為主的戰略。他第二次督師寧遠，主要戰略就是解決兩個問題。
其一，軍餉問題。
當時為了軍餉問題已經發生了多次軍變。寧遠這樣的國防第一要地，欠餉達四個月之久。袁崇煥殺了幾個為首的軍官，暫時平息了局勢。可是軍餉遲遲不到，士兵又嘩變。朝廷一次又一次的欠餉，袁崇煥提出了發“內帑”，“內帑”是皇帝私家庫房的錢。崇禎為此很不高興，不願把自己的錢拿出來，最後才很不情願地拿出錢來。
其二，議和問題。
袁崇煥回任之後，與皇太極開始和談，用以拖延時間。皇太極對和談極有興趣，立即作出有利反應。