兩路大軍共有十四萬人，大小戰艦四千四百艘，堪稱十三世紀世界上最龐大的艦隊。獅子搏兔用全力，忽必烈這一回是橫下心要滅亡日本了，要知道，元軍滅宋戰爭一共也不過動用二十萬軍隊。誌在必得的元軍戰船裏，甚至裝載了大批農具和種子，做好了邊屯田邊作戰的長期準備。
大軍臨行前，忽必烈告誡眾將：“取人家國，欲得百姓土地，若盡殺百姓，徒得地，何用？又有一事朕實憂之，恐卿輩不和耳，假若彼國人至，與卿輩有所議，當同心協謀，如出一口，答之。”一是不要濫殺百姓，二是將領要團結，應該說忽必烈很清楚自己軍隊的兩大弱點，但是事後證明，他告誡的話一點沒起作用。
5月，率先出發的東路軍九百餘艘戰艦橫跨朝鮮海峽，首先攻陷了對馬島和壹岐島，因為遭遇守軍的殊死抵抗，惱羞成怒的元軍大開殺戒，300多島民被屠戮。
東路軍占領壹岐島後，按照計劃，應該在此等候江南軍在6月中旬會師，共同登陸進攻。但是，統帥忻都自恃熟門熟路，加上搶功心切，根本沒有等江南軍，命令艦隊率先駛往博多灣，準備登陸作戰。
這時的博多灣太宰府前，從九州和四國聚集而來的四萬日本武士，早已嚴陣以待，前線指揮還是鎮西奉行藤原經資。經曆了“文長之役”血的洗禮，日本武士早已全民皆兵，十幾歲的少年也拿起了竹槍，連藤原經資年過八十的老父親，都披上了甲胄從軍。
黑壓壓的元軍艦隊終於開進了博多灣！忻都威風凜凜地站在巨艦船頭，大有“前度劉郎今又來”的架勢。不過，首先映入忻都眼簾的赫然是一堵望不到邊的高大石牆，石牆後無數日本武士彎弓搭箭等待廝殺！五年前這裏還是一片空曠的灘頭，陡然冒出來的石牆，當然“盡是劉郎去後栽”了。
麵對出乎預料的障礙，忻都不敢貿然揮軍登陸，於是艦隊在海中停泊下來，經過偵察，元軍開始選擇迂回進攻，攻擊守衛薄弱的誌賀島。
不過，誌賀島也不是塊好啃的骨頭。
誌賀島是位於博多灣南部的一個狹長半島，麵積隻有12平方公裏，海潮退時，露出的海灘可以直通陸地。但是，狹長崎嶇的地形根本不適合元軍的大部隊作戰，相反，日軍倒是可以充分發揮單兵能力強的特點，於是，戰鬥在小規模的弓矢對射、刀槍互斫中殘酷進行，死屍堆滿了小小的荒島。
最令元軍苦惱的是日本敢死隊的夜襲。第一次夜襲來自海賊出身的鬆浦黨武士草野氏，熟習海戰的草野氏率部下乘著兩艘小船，偷襲停泊的元艦並縱火焚燒，乘亂斬首二十一級。其他武士紛紛效法，徹夜不斷的駕駛小船冒死襲擊。元軍無奈，隻好把艦隊集中停泊，用大船擋在外圍，欺負日本船小難以進攻，徹夜點起火把燈籠，一旦發現偷襲，就用弓弩亂射。
兩軍在小小的誌賀島對峙了一周，元軍還是無法進展到陸地。此時，不諳海戰的元軍已在海船上生活了快兩個月，擁擠的船艙、盛夏的高溫加上水土不服，3000餘人死於疫病。
忻都直到這時，才對單獨搶灘登陸博多失去了信心，決定撤回壹岐島，等待江南軍的十萬大軍會師。
一連等了10天，海麵上還是不見片帆，隻攜帶3個月糧食的東路軍上下心急如焚：江南軍為何遲遲不來？
2. 大風起兮舟飛揚
原定6月中旬會師的江南軍，此時才剛上路。
因為出了事：總指揮阿剌罕途中突然病故。
阿剌罕是元軍著名大將，轉戰南北功勳卓著，所以忽必烈任命他為兩路元軍的總指揮。沒料到隨江南軍剛剛出發，阿剌罕就病死在船上。這下，江南軍的統帥範文虎隻好停船，運送屍體、上報朝廷。忽必烈得報後，改任阿塔海為總指揮。但是阿塔海久等不至，範文虎怕延誤戰機，實在不敢再等，於6月18日命令全軍東渡。
到了7月初，江南軍的3500艘戰艦才抵達壹岐島。盡管姍姍來遲，但望眼欲穿的東路軍還是歡喜甚於埋怨，因為他們即將斷糧了。
兩路大軍會師後，原計劃是在博多灣登陸作戰，但冒險強攻石牆實在沒有勝算。於是，日本沿岸的偵察兵看到，一連幾天，元軍艦隊沿著九州的海岸線漫無目的地遊弋，最後向北鬆浦郡的鷹島駛去，不過走走停停，晚上停泊時則用鐵鏈將戰艦連著，弓弩兵嚴加守衛。
誰也不知道這些天中，元軍的諸位將領到底為什麼遲疑不決。