天下之是非
穀應泰編《明史紀事本末》（卷六十六）載有一段著名對話：
錫爵嚐語憲成曰：‘當今所最怪者，廟堂之是非，天下必欲反之。’憲成曰：‘吾見天下之是非，廟堂必欲反之耳！’遂不合。
這段對話，被《明史紀事本末》放到了萬曆二十二年（1594年）之記事。據其語境“先是，國本論起”，另參黃宗羲《明儒學案》載“癸巳（1593年）內計”，可知當在前一年。其時王錫爵為首輔（即首席內閣大學士，相當於今天的國務院總理），顧憲成為考功司主事（屬吏部），後遷文選郎中，二人同殿稱臣，雖然官階懸殊，卻有對話機緣。
此處“天下”之涵義，被王錫爵誇大了，它並不同於顧炎武所言“保國者，其君其臣，肉食者謀之；保天下者，匹夫之賤與有責焉爾矣”之“天下”，據《明史紀事本末》所述，當知其具體所指，乃是“言者”，或曰輿論。“國本論起，言者皆以早建元良為請”，結果卻是“力請不允”。申時行、王錫爵雖婉轉調護，心中不免“以言者為多事”。顧憲成乃是“言者”的代表，故王錫爵會找他理論是非。然而王大人一開口便錯了，他不該把廟堂與天下對立開來，按說，普天之下，莫非王土，率土之濱，莫非王臣，天下者，王之天下也，廟堂之天下也，豈能將廟堂從天下的版圖分割出來呢。哪怕事實如此，卻也不必明說。明說了，就淪為鄭州市規劃局副局長逯軍之流。逯軍曾反問記者：“你是準備替黨說話，還是準備替老百姓說話？”將黨與百姓分開，正如將廟堂與天下分開，無意之間泄露了天機，戳破了謊言。所以說，王錫爵這發言水平，這政治覺悟，換在今日，別說國務院總理，估計連一局之長都幹不長。
王錫爵這麼問，顧憲成隻能這麼答。為天下代言，為天地立心，本是他這種人一生之所係。王錫爵把天下的話語權往他身上推，他怎能不接？即使不推，他也要搶呢。萬曆二十二年，王錫爵退休，顧憲成因為議政觸怒龍顏而被削籍（革職），二人同時離朝，未來卻大不同。他們都回到江蘇的家鄉，王錫爵養老，顧憲成則迎來此生最輝煌的時刻。他是無錫人，無錫原有東林書院，始創於北宋，為程門四大弟子之一、被稱為龜山先生的楊時講道處（關於楊時，有兩個典故，一是“程門立雪”，他即雪中的主角；其二，楊時先後學於二程，待他學成歸去，程頤目送之，感慨曰：“吾道南矣！”），後廢。顧憲成與他的弟弟允成重修之，落成，偕同誌高攀龍、錢一本、薛敷教、史孟麟等講學其中，聞風響附的士人之多，學舍竟容納不下。顧憲成說過：“官輦轂，誌不在君父，官封疆，誌不在民生，居水邊林下，誌不在世道，君子無取焉。”所以他們在講習之餘，往往諷議朝政，裁量人物。“朝士慕其風者，多遙相應和。由是東林名大著，而忌者亦多。”（《明史·顧憲成傳》）用《明史紀事本末》的話說：“憲成講學，天下趨之。”這時他才真正支配起了“天下之是非”。
刀爾登先生有一名言：“事不宜以是非論者，十居七八。”若以政事而論，答案毋寧在十居八九。然而明朝——尤其是晚明——的士人，最喜歡談是非，他們的是非觀之強悍，常常促成他們殺身成仁，其實這倒是小節，有時他們為了是非，為了那“天下隻有一個是”，竟欲殺他人而成仁，由此誤了國事，才令人惋惜。此時之是非觀，已經嚴重狹隘化、僵硬化，以至東林黨人及其後裔批判朝局，不是為了是非而反對，而是為了反對而反對。他們自以為掌握了“天下之是非”，匹夫而為百世師，一言而為天下法，質言之，他們就是是非，就是人世之法則，就是真理之化身。這種致命的自負，這種道德與理性的無限膨大，以是非善惡為界限，劃開了晚明朋黨政治的先河，自東林黨始，“其後更相傾軋，垂五十年”。明朝之亡，耽於是非者，其能免責乎？
《明史紀事本末》約成書於順治十五年（1658年）。此後，黃宗羲撰《明儒學案》（成書於康熙十五年即1676年），寫顧憲成行狀，關於這段是非之爭，另有一番敘事：